Avanserte terapier for levermetastaser (LiMeT)

Bakgrunn og begrunnelse - CRC og PDAC er henholdsvis den andre og fjerde vanligste årsaken til kreftdød. Pasienter som rammes av disse kreftformene dør av lever-MTS. Konvensjonelle terapier er aktive i begge primærtumorer, men mislykkes ved metastatisk sykdom. Effektiviteten av immunterapi ved blokkering av immunsjekkpunkt og adoptiv celleterapi med tumorspesifikke T-celler er bare delvis eller midlertidig ved MTS fra solide svulster, på grunn av lokale immunsuppressive mekanismer. Dette er spesielt relevant for hepatisk MTS, der et naturlig tolerogent miljø ytterligere kan opprettholde immunsuppresjon indusert av kreftceller og infiltrerende immunceller, slik som tumorassosierte makrofager (TAM), myeloid-avledede suppressorceller (MDSC), nøytrofiler og regulatorisk T. eller B-celler.

I denne forbindelse tyder bevis på at progresjon av primær eller metastatisk CRC korrelerer med dårlig immuninfiltrasjon og betennelse. Dessuten støtter våre publiserte resultater i primær PDAC en korrelasjon mellom tumorprogresjon og en sterk type 2 antiinflammatorisk/immunsuppressiv signatur. Effekten av kjemoterapi er kjent for å stole også på reaktivering og/eller repolarisering av tumormålrettede immunresponser. Pre-kirurgisk kjemoterapi kan indusere gunstige effekter og potensielt målrettede endringer i immunprofilen til CRC eller PDAC MTS.

Etterforskerne antar at en kombinasjon av: i) direkte kreftcelledrap ved adoptivt overførte tumorspesifikke T-celler og ii) indirekte kontroll av tumorprogresjon via omprogrammering av tumormikromiljøet vil kontrollere lever-MTS av CRC og PDAC.

Derfor foreslår etterforskerne en grundig karakterisering av det metastatiske miljøet i disse to krefttypene for rasjonelt å forme, på grunnlag av likheter og forskjeller, innovative ATMPer.

Eksperimentelle resultater oppnådd fra biologiske prøver vil bli korrelert: i) med kliniske data fra pasienter på tidspunktet for registrering og under oppfølgingen av dem; og ii) for en undergruppe av pasienter, med biokjemiske og immunologiske data fra perifere blodprøver rutinemessig samlet inn som en del av deres kliniske oppfølging, med det ekstra målet å identifisere nye biologiske parametere og/eller signaturer for å hjelpe stratifiseringen av pasienter og skreddersøm av behandlinger.

Mål - Etterforskerne ønsker å studere:

1. tumormutasjonsbyrden og sammensetningen av det metastatiske tumormikromiljøet i leveren;
2. de hemmende veiene som begrenser immunitet i lever-MTS;
3. den antigene og klonale bredden av anti-tumor T-celleresponser;
4. de romlige-temporelle variasjonene av effektor- og regulatoriske immunceller ved terapi;
5. egenskapene til tumorceller og deres mikromiljø i lever MTS versus (vs) primær tumor;
6. de longitudinelle variasjonene av kliniske parametere samt blodavledede biologiske og immunologiske markører under medisinsk oppfølging av pasienter.
7. I tillegg ønsker de å samle inn og biobanke pasientprøver for å støtte valideringen og utvalget av de nye ATMPene utviklet av de andre partnerne i translasjonsprogrammet.

Hovedmålene vil være:

1. å identifisere immunundertrykkende/utmattelsesveier
2. å utvikle et bibliotek med tumorspesifikk TCR (N≥5/tumortype) og identifisere nye CAR-mål (N≥1/tumortype) i CRC og PDAC MTS

Studiedesign - Denne kliniske protokollen tar sikte på å dypt karakterisere MTS-tumorceller og deres mikromiljø, inkludert muligens informative dynamiske modifikasjoner fra pro-tumor til anti-tumor-profiler som kan følge kjemoterapi, som administreres før kirurgi (neo-adjuvans) til en betydelig brøkdel av pasientene. PDAC- og CRC MTS-pasienter vil derfor bli preget av enten tverrsnitts- eller longitudinelle undersøkelser på kjemoterapi-naive vs -behandlede pasienter.

I tillegg tar etterforskerne sikte på å sammenligne hepatisk MTS med primærtumor, for å fremheve dynamiske kvalitative modifikasjoner i kreftceller, immuninfiltrater og ikke-immun mikromiljø som kan lette sykdomsprogresjon mot metastatisk spredning. Disse modifikasjonene kan tilby en mulighet for optimal anvendelse av våre ATMP-er. Til dette formålet vil primære ikke-metastatiske PDAC-pasienter som gjennomgår kirurgisk reseksjon bli registrert i denne studien og følges opp for å overvåke utviklingen av metakron lever-MTS, som, når det er mulig, vil bli karakterisert og sammenlignet med deres matchede/ikke-matchede, tidligere innsamlede primærtumorprøver. Perifere blodprøver på tidspunktet for lever-MTS-diagnose vil også bli samlet inn og analysert. Også hos de CRC MTS-pasientene som gjennomgår synkron reseksjon av primær CRC og lever-MTS, vil sammenlignende analyser bli utført på tumor fra begge steder, noe som tillater intra- og interpasientprofilering av begge tumornisjer.

Dessuten vil resultater fra forskningsanalyser på flere nivåer være korrelert med kliniske data samlet inn fra alle pasienter på tidspunktet for registrering i studien og under deres kliniske oppfølging, når det er mulig i opptil 2 år, med tanke på PDAC-pasienter, og 3 år , med tanke på CRC.

Spesielt for metastaserende CRC-pasienter vil den kliniske oppfølgingen være assosiert med samtidig innsamling av blodprøver ved serietidspunkter, som vil bli prospektivt biobanket for ytterligere analyser rettet mot: i) å studere biologiske og immunologiske korrelater av pasientens kliniske status; ii) å evaluere nøkkeldiskriminanter som tidligere er identifisert i blodprøver analysert på tidspunktet for lever-MTS-operasjon, for å tjene som tidlige prediktorer for leverprogresjon eller -residiv og muligens som indikatorer for terapeutisk stratifisering.

Etterforskerne forventer å samle inn vev/blodprøver og kliniske data fra minst:

• 200 metastatiske CRC-pasienter (enten synkrone eller metakrone);
• 150 ikke-metastatiske PDAC-pasienter;
• 75 synkrone PDAC MTS-pasienter og ca. 20 metakrone PDAC MTS-pasienter, sistnevnte opprinnelig registrert som primære ikke-metastatiske pasienter for den longitudinelle studien, for totalt 95 metastatiske PDAC-pasienter;
• 30 friske frivillige, som negative kontroller.

Ulike biologiske prøver (perifert blod, primært og/eller metastatisk tumorvev, portalblod) vil bli samlet inn i løpet av standard diagnostisk og terapeutisk behandling av disse pasientene, og vil delvis bli direkte analysert og delvis biobanket for videre studier . Parallelt vil det samles inn kliniske data fra pasienter på tidspunktet for registrering i studien og, når det er mulig, for en oppfølgingsperiode på opptil 2 år, for PDAC-pasienter, og 3 år, for CRC-pasienter.

Den statistiske analysen av innsamlede data vil bli utført gjennom hele den kliniske studien, med start 6 måneder etter innrullering av den første pasienten til 6 måneder etter avsluttet pasientoppfølging, i totalt 7 år. Studiet vil vare i 7 år.

Ulike biologiske prøver (perifert blod, primært og/eller metastatisk tumorvev, portalblod) vil bli samlet inn i løpet av standard diagnostisk og terapeutisk behandling av disse pasientene, og vil delvis bli direkte analysert og delvis biobanket for videre studier . Parallelt vil det samles inn kliniske data fra pasienter siden registreringstidspunktet i studien for en oppfølgingsperiode på 2 år, for PDAC-pasienter, og på 3 år, for CRC-pasienter.

Den statistiske analysen av de innsamlede kliniske og eksperimentelle dataene vil bli utført under hele den kliniske studiens varighet, med start 6 måneder etter innrulleringen av den første pasienten til slutten av pasientens oppfølging, i totalt 7 år. Studiet vil vare i 7 år.

Forskningsaktivitetene vil bli organisert og integrert i 6 arbeidspakker (WPs):

1. Innsamling og biobanking av materialet fra pasienter med CRC og PDAC MTS til leveren og med primær ikke-metastatisk resektabel PDAC.
2. Definisjon av tumormutasjonsbyrden, epigenetisk og genekspresjonsprofil til CRC og PDAC metastatisk lever på bulk og på enkeltcellenivå.
3. Evaluering av den molekylære og cellulære sammensetningen av CRC og, hvis mulig, PDAC-lever MTS ved hjelp av romlige transkriptomiske teknologier (NICHE-seq og Visium).
4. Karakterisering av immunlandskapene til CRC og, hvis mulig, PDAC-lever MTS ved høydimensjonal flowcytometri.
5. Validering av de molekylære resultatene oppnådd i 2) og 4).
6. Definisjon av det antigene landskapet og TCR-repertoaret til CRC og PDAC lever MTS.

Resultatene oppnådd av de ovennevnte WPene vil bli krysset med kliniske oppfølgingsdata og tjene til å kalibrere programaktivitetene fokusert på utvikling av nye ATMPs.