A bélrendszer mikrobiális jelekre adott válaszreakciói

Csak a 18 év feletti felnőttek szerepelnek. Két kohorsz kerül bele: CD-betegek egy csoportja (beleértve az ismert és újonnan fellépő CD-s és utazó CD-betegek meghatározott alcsoportjait, valamint a posztoperatív CD archivált patológiás mintáit, összesen n= 300) és kontrollcsoport (egészséges egyének és CD-betegek családtagjai, összesen n=200). Széklet- és vérmintákat, valamint bélbiopsziás és/vagy reszekciós mintákat veszünk CD-betegektől, valamint vér-, széklet- és bélbiopsziás mintákat egészséges egyénektől és tünetmentes rokonoktól, akiknél a vizsgálattal nem összefüggő okokból (pl. szűrő kolonoszkópia) kerül sor kolonoszkópiára. ).

A beleegyezés aláírása után székletmintát és vérmintát (20 cm3) veszünk. Az enterális fertőzéseket a székletkultúrák, a paraziták, köztük az entameba és a C. difficile vizsgálat kizárja. A gyulladásos markereket (CRP a vérben, kalprotektin a székletben) vizsgálják. A vérminták immunkarakterizáláson mennek keresztül, beleértve az immunsejtek aktiválásával végzett in vitro tesztelést, a citokinszekréciós méréseket és a sejtfelszíni markerek FACS-analízisét. Dononként két ürülékmintát (egyenként 3 g vagy 3 ml) tiszta edényekbe gyűjtünk szobahőmérsékleten, frissen lefagyasztjuk -20 °C-on, majd 72 órán belül -80 °C-on tároljuk. A kolonoszkópia során négy biopsziát is kapunk gyulladt és nem gyulladt csípő- és vastagbélnyálkahártyából (összesen 8 biopszia). Minden egyéntől mintákat osztanak szét a Sheba-i elemzéshez és az átvitelhez. A székletet Prof. Elinavhoz szállítják a Weizmann Intézetbe, hogy elvégezze a mikrobióm puska metagenomikáját. A bélbiopsziát és/vagy az archivált reszekciós mintákat (szövettan) átvisszük Stappenbeck professzorhoz, a Washington Egyetemen (St. Louis, USA) a veleszületett immunsejtek szövettani elemzésére, valamint a paneth sejt morfológiai elemzésére H&E és immunhisztokémiai módszerekkel.

Az ileális és rektális biopsziákat azonnal összegyűjtik és tárolják az RNAlaterben. Minden helyről biopsziát vesznek (akár gyulladt, akár nem gyulladt, összesen 8 biopsziát), és RNS-hez és mikrobiális DNS-kinyeréshez használjuk fel. Az RNS-t a szövet mRNSseq-jához, a DNS-t pedig a mikrobiális jellemzéshez használjuk. Az mRNAseq-vizsgálatot az NIH által támogatott emésztési egészségügyi központ (DHC) magjában, a Cincinnati Children Hospital Medical Centerben (CCHMC) végezzük, ahol több mint 700 mRNSseq különböző IBD kohorszból, köztük RISK CD és PROTECT UC kohorszokból már jó eredménnyel futottak. A székletből és a biopsziából kivont DNS mikrobiális 16S amplikon szekvenálása a korábban leírtak szerint történik.

Mindkét kohorsz betegei környezeti és étrendi expozíciós felmérésen vesznek részt. A környezeti expozícióhoz az IBD Nemzetközi Szervezete (IOIBD) által kidolgozott kérdőívet használjuk, némi módosítással. A kérdőív 87 kérdésből áll, amelyek 25 különböző témát fednek le a CD és/vagy UC környezeti kockázati tényezőiként. Ezt a kérdőívet korábban már használták az IBD kiváltó okait vizsgáló epidemiológiai vizsgálatokban, többek között Délkelet-Ázsiában és Kínában is. A kérdések öt fő különböző területre vonatkoznak: (i) Gyermekkori tényezők 20 éves korig, beleértve a szoptatást, vakbélműtétet, mandulametszést, ekcémát, védőoltásokat (tuberkulózis, pertussis, kanyaró, rubeola, diftéria, tetanusz, gyermekbénulás), gyermekkori fertőzések (kanyaró, pertussis) , rubeola, bárányhimlő, mumpsz, skarlát) és kisállattartás; ii. étkezési szokások, beleértve a gyümölcs, zöldség, tojás, gabonafélék, kenyér, gabonapelyhek, kávé, tea, gyümölcslé, cukor és gyorsételek napi, heti vagy ritkábban történő fogyasztását; (iii) dohányzási szokások (jelenlegi dohányos, nemdohányzó, volt dohányos); iv. egészségügyi feltételek, például házon belüli vízcsap, melegvízcsap vagy vízöblítésű WC rendelkezésre állása; és (v) egyéb tényezők, beleértve a napi fizikai aktivitást, az orális fogamzásgátló tablettát és a diagnózis előtti stresszes eseményeket. Az IOIBD kérdőívet kiegészítjük a 15 éves kor előtti és utáni antibiotikum-használattal, a fogkrémhasználattal és az amalgám fogtömés jelenlétével kapcsolatosan a gyermekkorban vagy későbbi életkorban.

Az étkezési szokások feltérképezéséhez egy képzett dietetikus által készített interjút alkalmazunk a validált strukturált FFQ (Food Frequency Questionnaire) segítségével. Ez az eszköz több mint 600 élelmiszert rögzít, amelyeket a szokásos étrendben előre meghatározott gyakoriságuk alapján rangsorol. A személyzetet az étrendi interjú módszerére képezik ki. Az FFQ eredményeket tovább importálják a számítógépes FFQ verzióba, amely automatikusan származtatja és normalizálja a tápanyagtartalmat az egyes betegek étrendjéből az Országos Statisztikai Intézet ismert Izrael élelmiszer-elemek tápanyagadatbázisa alapján. Amint az egy példaértékű páciens számára készült, érzékeny szoftverből készült képernyőképen látható, minden színes sáv az egyén adott tápanyag-fogyasztását jelöli (pl. fehérje, oligoszacharidok stb.), valamint annak eltérését a WHO által normalizált fogyasztástól (zöld színtartomány). . Az FFQ-módszert egy, a SmartPhone által tervezett háromnapos diétás útiterv validálása egészíti ki. A résztvevők elektronikus képeket készítenek a három nap alatt elfogyasztott élelmiszerekről. A fényképek feltöltésre kerülnek az elektronikus vizuális adatbázisba, az élelmiszerek azonosítása, rögzítése és ellenőrzése a visszamenőleges FFQ alapján történik.

Annak érdekében, hogy a számos környezeti/étrendi tényező között fontossági sorrendet állítsunk fel, szisztematikus áttekintést és metaanalízist végzünk a CD környezeti kockázati tényezőivel kapcsolatos publikációkban. Minden változóhoz összevont esélyhányadost és pontbecslést fogunk számolni, és véletlen hatásmodell segítségével meghatározzuk a változók közötti súlyozott hatásokat. Ez lehetővé teszi azoknak a tényezőknek a boncolását és azonosítását, amelyek a legmegismételhetőbben és legerőteljesebben összefüggésbe hozhatók a CD előfordulásával. Ezután fokozatosan rangsoroljuk ezeket a változókat a mikrobióm, a transzkriptom és a PCP perturbációkkal kapcsolatos környezeti tényezők elemzéséhez.