Modèles de réponse intestinale aux signaux microbiens

Seuls les adultes> 18 ans seront inclus. Deux cohortes seront incluses : une cohorte de patients atteints de MC (y compris des sous-cohortes spécifiques de patients atteints de MC connus et d'apparition nouvelle recrutés et de patients atteints de MC voyageant et d'échantillons pathologiques archivés de MC postopératoire, total n = 300) et une cohorte de témoins (personnes en bonne santé et membres de la famille de patients atteints de MC, total n = 200). Nous obtiendrons des échantillons de selles et de sang et des échantillons de biopsie et / ou de résection intestinale de patients atteints de MC, ainsi que des échantillons de sang, de selles et de biopsie intestinale d'individus en bonne santé et de parents asymptomatiques subissant une coloscopie pour des raisons non liées à l'étude (par exemple, coloscopie de dépistage ).

Après avoir signé le consentement éclairé, un échantillon de selles et un échantillon de sang (20cc) seront obtenus. Les infections entériques seront exclues par les cultures de selles, les parasites, y compris l'entameba, et le test de C. difficile. Les marqueurs inflammatoires (CRP dans le sang, calprotectine dans les selles) seront testés. Des échantillons de sang subiront une caractérisation immunitaire, y compris des tests in vitro par activation des cellules immunitaires, des mesures de la sécrétion de cytokines et une analyse des marqueurs de surface cellulaire par FACS. Deux échantillons fécaux par donneur (≥3g ou 3 mL chacun) seront prélevés dans des contenants propres à température ambiante, frais congelés à -20°C puis conservés à -80°C dans les 72h. Nous obtiendrons également à la coloscopie quatre biopsies de muqueuses iléales et coliques enflammées et non enflammées (total 8 biopsies). De chaque individu, des échantillons seront divisés pour analyses à Sheba et pour transfert. Les selles seront transférées au professeur Elinav de l'Institut Weizmann pour effectuer une métagénomique de fusil de chasse du microbiome. La biopsie intestinale et/ou les spécimens de résection archivés (histologie) seront transférés au professeur Stappenbeck de l'Université de Washington, St. Louis USA, pour l'analyse histologique des cellules immunitaires innées et l'analyse de la morphologie des cellules paneth par H&E et immunohistochimie.

Les biopsies iléales et rectales seront collectées et stockées immédiatement dans RNAlater. Des biopsies seront obtenues à partir de chaque emplacement (enflammé ou non enflammé, total 8 biopsies) et utilisées pour l'ARN et l'extraction d'ADN microbien. L'ARN sera utilisé pour le mRNAseq des tissus et l'ADN pour la caractérisation microbienne. Le mRNAseq sera effectué au centre de santé digestive (DHC) soutenu par les NIH au Cincinnati Children Hospital Medical Center (CCHMC), où plus de 700 mRNAseq de différentes cohortes de MICI, y compris les cohortes RISK CD et PROTECT UC, ont déjà été exécutés avec de bons résultats. Le séquençage de l'amplicon microbien 16S de l'ADN extrait des selles et de la biopsie sera effectué comme décrit précédemment.

Les patients des deux cohortes feront également l'objet d'une enquête sur l'exposition environnementale et alimentaire. Pour l'exposition environnementale, nous utiliserons le questionnaire élaboré par l'Organisation internationale des MICI (IOIBD), avec quelques modifications. Le questionnaire se compose de 87 questions couvrant 25 sujets différents proposés comme facteurs de risque environnementaux de MC et/ou de CU. Ce questionnaire a déjà été utilisé dans des études épidémiologiques sur les déclencheurs des MICI, dont une menée en Asie du Sud-Est et en Chine. Les questions portent sur cinq principaux domaines différents : (i) Facteurs de l'enfance jusqu'à 20 ans, y compris l'allaitement, l'appendicectomie, l'amygdalectomie, l'eczéma, les vaccinations (tuberculose, coqueluche, rougeole, rubéole, diphtérie, tétanos, poliomyélite), les infections infantiles (rougeole, coqueluche , rubéole, varicelle, oreillons, scarlatine) et possession d'un animal de compagnie ; (ii) les habitudes alimentaires, y compris la consommation quotidienne, hebdomadaire ou moins fréquente de fruits, de légumes, d'œufs, de céréales, de pain, de céréales, de café, de thé, de jus, de sucre et de restauration rapide ; (iii) habitudes tabagiques (fumeur actuel, non-fumeur, ex-fumeur) ; (iv) les conditions sanitaires telles que la disponibilité d'un robinet d'eau interne, d'un robinet d'eau chaude ou de toilettes à chasse d'eau ; et (v) d'autres facteurs, y compris l'activité physique quotidienne, la pilule contraceptive orale et les événements stressants avant le diagnostic. Nous ajouterons également au questionnaire de l'IOIBD des items portant sur l'utilisation d'antibiotiques avant et après l'âge de 15 ans, l'utilisation de dentifrice et la présence d'amalgame dentaire pendant l'enfance ou plus tard dans la vie.

Pour cartographier les habitudes alimentaires, nous utiliserons un entretien mené par un diététicien qualifié et utilisant le FFQ structuré validé (questionnaire de fréquence alimentaire). Cet outil capture plus de 600 aliments, classés par ordre de priorité en fonction de leur fréquence prédéfinie dans le régime alimentaire normal. Le personnel sera formé à la méthode des entretiens diététiques. Les résultats du FFQ seront ensuite importés dans la version informatisée du FFQ, qui dérive et normalise automatiquement la teneur en nutriments du régime alimentaire d'un patient individuel sur la base de la base de données connue des nutriments des aliments israéliens de l'Institut national des statistiques. Comme le montre la capture d'écran de ce logiciel réactif pour un patient exemplaire, chaque barre de couleur indique une consommation spécifique de nutriments par l'individu (par exemple, protéines, oligosaccharides, etc.), ainsi que sa divergence par rapport à la consommation normalisée de l'OMS (plage de couleur verte) . La méthodologie FFQ sera complétée par une validation prospective de l'itinéraire alimentaire sur trois jours par SmartPhone. Les participants prendront des photos électroniques de tous les aliments consommés pendant ces trois jours. Les photos seront téléchargées dans une base de données visuelle électronique et les aliments seront identifiés, enregistrés et vérifiés par rapport à la rétrospective FFQ.

Afin de hiérarchiser les multiples facteurs environnementaux/alimentaires, nous effectuerons une revue systématique et une méta-analyse de toutes les publications relatives aux facteurs de risque environnementaux de la MC. Nous calculerons le rapport de cotes groupé et les estimations ponctuelles pour chaque variable, et définirons les effets pondérés entre les variables à l'aide d'un modèle à effets aléatoires. Cela permettra de disséquer et d'identifier les facteurs qui se sont avérés les plus reproductibles et les plus robustes associés à l'apparition de la MC. Nous hiérarchiserons ensuite ces variables de manière progressive, pour l'analyse de l'association des facteurs environnementaux avec les perturbations du microbiome, du transcriptome et de la PCP.