Intestinale reactiepatronen op microbiële signalen

Alleen volwassenen>18 jaar zullen worden opgenomen. Er zullen twee cohorten worden opgenomen: een cohort van coeliakiepatiënten (inclusief specifieke subcohorten van gerekruteerde bekende en nieuw ontstane coeliakie en reizende coeliakiepatiënten en gearchiveerde pathologische specimens van postoperatieve coeliakie, totaal n= 300) en een cohort van controles (gezonde personen en familieleden van CD-patiënten, totaal n=200). We zullen ontlastings- en bloedmonsters en darmbiopten en/of resectiemonsters verkrijgen van coeliakiepatiënten, en bloed-, ontlastings- en darmbiopsiemonsters van gezonde personen en a-symptomatische familieleden die colonoscopie ondergaan om redenen die geen verband houden met het onderzoek (bijv. ).

Na ondertekening van de geïnformeerde toestemming wordt ontlastingsmonster en bloedmonster (20cc) verkregen. Darminfecties worden uitgesloten door ontlastingsculturen, parasieten waaronder entameba en C. difficile-assay. Ontstekingsmarkers (CRP in bloed, calprotectine in ontlasting) worden getest. Bloedmonsters zullen immuunkarakterisering ondergaan, inclusief in vitro testen door activering van immuuncellen, metingen van cytokinesecretie en analyse van celoppervlaktemarkers door FACS. Twee fecale monsters per donor (elk ≥3 g of 3 ml) worden verzameld in schone containers bij kamertemperatuur, vers ingevroren bij -20 °C en vervolgens binnen 72 uur bewaard bij -80 °C. We zullen ook bij colonoscopie vier biopsieën nemen van ontstoken en niet-ontstoken ileum- en colonmucosa (totaal 8 biopsieën). Van elk individu worden monsters verdeeld voor analyses bij Sheba en voor overdracht. Stool zal worden overgedragen aan prof. Elinav in het Weizmann Institute om shotgun-metagenomica van het microbioom uit te voeren. Darmbiopsie en/of gearchiveerde resectiespecimens (histologie) zullen worden overgedragen aan prof. Stappenbeck aan de Washington University, St. Louis, VS, voor histologische analyse van aangeboren immuuncellen en paneth-celmorfologieanalyse door middel van H&E en immunohistochemie.

Ileale en rectale biopsieën worden verzameld en onmiddellijk opgeslagen in RNAlater. Van elke locatie zullen biopsieën worden genomen (ontstoken of niet ontstoken, in totaal 8 biopsieën) en worden gebruikt voor RNA- en microbiële DNA-extractie. RNA zal worden gebruikt voor mRNAseq van weefsel en DNA voor microbiële karakterisering. mRNAseq zal worden uitgevoerd in de kern van het door de NIH ondersteunde digestieve gezondheidscentrum (DHC) in het Cincinnati Children Hospital Medical Center (CCHMC), waar al meer dan 700 mRNAseq van verschillende IBD-cohorten, waaronder RISK CD en PROTECT UC-cohorten, met goede resultaten werden uitgevoerd. Microbiële 16S amplicon-sequencing van uit ontlasting en biopsie geëxtraheerd DNA zal worden uitgevoerd zoals eerder beschreven.

Patiënten uit beide cohorten zullen ook een onderzoek naar de blootstelling aan het milieu en de voeding ondergaan. Voor milieublootstelling gebruiken we de vragenlijst ontwikkeld door de Internationale Organisatie van IBD (IOIBD), met enige aanpassingen. De vragenlijst bestaat uit 87 vragen over 25 verschillende onderwerpen die worden voorgesteld als omgevingsrisicofactoren voor CD en/of CU. Deze vragenlijst is eerder gebruikt in epidemiologische onderzoeken naar triggers van IBD, waaronder een uitgevoerd in Zuidoost-Azië en China. De vragen hebben betrekking op vijf hoofdgebieden: (i) Factoren bij kinderen tot 20 jaar, waaronder borstvoeding, appendectomie, tonsillectomie, eczeem, vaccinaties (tuberculose, kinkhoest, mazelen, rubella, difterie, tetanus, polio), infecties bij kinderen (mazelen, kinkhoest). , rubella, waterpokken, bof, roodvonk) en het bezit van huisdieren; (ii) voedingsgewoonten, waaronder dagelijkse, wekelijkse of minder frequente consumptie van fruit, groenten, eieren, ontbijtgranen, brood, ontbijtgranen, koffie, thee, sap, suiker en fastfood; (iii) rookgewoonten (huidige roker, niet-roker, ex-roker); (iv) hygiënische omstandigheden zoals de beschikbaarheid van een eigen watertappunt, warmwatertappunt of spoeltoilet; en (v) andere factoren zoals dagelijkse lichamelijke activiteit, orale anticonceptiepil en stressvolle gebeurtenissen vóór de diagnose. We zullen aan de IOIBD-vragenlijst ook items toevoegen die betrekking hebben op antibioticagebruik voor en na de leeftijd van 15 jaar, gebruik van tandpasta en aanwezigheid van amalgaamtandvulling tijdens de kindertijd of later in het leven.

Voor het in kaart brengen van voedingsgewoonten maken we gebruik van een interview afgenomen door een getrainde diëtist en gebruikmakend van de gevalideerde gestructureerde FFQ (Food frequency Questionnaire). Deze tool legt meer dan 600 voedingsmiddelen vast, geprioriteerd op basis van hun vooraf gedefinieerde frequentie in het normale dieet. Het personeel zal worden getraind in de methode van het dieetgesprek. De FFQ-resultaten zullen verder worden geïmporteerd in de geautomatiseerde FFQ-versie, die automatisch het gehalte aan voedingsstoffen afleidt en normaliseert van het dieet van een individuele patiënt op basis van de bekende Israëlische voedselbestanddelen-voedingsstoffendatabase van het National Institute of Statistics. Zoals te zien is in de schermafbeelding van deze responsieve software voor een voorbeeldpatiënt, geeft elke kleurenbalk een specifieke voedingsstofconsumptie door het individu aan (bijv. Eiwitten, Oligosacchariden, enz.), Samen met de afwijking van de door de WHO genormaliseerde consumptie (groen gekleurd bereik) . De FFQ-methodologie zal worden aangevuld met een validatie van een prospectieve driedaagse opname van het voedingsschema door SmartPhone. Deelnemers maken elektronische foto's van alle etenswaren die gedurende deze drie dagen worden geconsumeerd. Foto's worden geüpload naar een elektronische visuele database en voedselitems worden geïdentificeerd, geregistreerd en geverifieerd aan de hand van de retrospectieve FFQ.

Om prioriteit te geven aan de verschillende omgevings-/voedingsfactoren, zullen we een systematische review en meta-analyse uitvoeren van alle publicaties met betrekking tot omgevingsrisicofactoren voor de ziekte van Crohn. We zullen gepoolde odds ratio's en puntschattingen voor elke variabele berekenen, en de gewogen effecten tussen variabelen definiëren met behulp van een willekeurig effectmodel. Dit zal het mogelijk maken factoren te ontleden en te identificeren waarvan is vastgesteld dat ze het meest reproduceerbaar en robuust zijn geassocieerd met het optreden van CD. Vervolgens zullen we deze variabelen stapsgewijs prioriteren voor de analyse van omgevingsfactoren die samenhangen met microbioom-, transcriptoom- en PCP-verstoringen.