WGS di NTM dall'espettorato di pazienti affetti da malattie polmonari da NTM e dai loro ambienti (NTM_HOME)
10 maggio 2018 aggiornato da: Jae-Joon Yim, Seoul National University Hospital
Sequenziamento dell'intero genoma del micobatterio non tubercolare (NTM) derivato da campioni di espettorato di pazienti con malattie polmonari da NTM che vivono insieme e dai loro campioni ambientali
Lo scopo dello studio è identificare la vicinanza genetica di NTM derivata da pazienti conviventi e dal loro ambiente circostante e tracciare la relazione temporale tra di loro.
Panoramica dello studio
Stato
Sconosciuto
Descrizione dettagliata
Dopo che l'isolamento di NTM è stato effettuato utilizzando la coltura, dai campioni di espettorato/broncoscopico dei pazienti e dai loro campioni ambientali, sarà condotto il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) per tutti gli isolati di NTM.
L'analisi filogenetica sarà effettuata sulla base del polimorfismo a singolo nucleotide (SNP) su ciascun NTM.
Tipo di studio
Osservativo
Iscrizione (Anticipato)
6
Contatti e Sedi
Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.
Luoghi di studio
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Seoul, Corea, Repubblica di, 110-744
- Reclutamento
- Division of Pulmonology and Critical Care Medicine, Department of Internal Medicine and Lung Institute of Medical Research Center, Seoul National University College of Medicine
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Contatto:
- Jae-Joon Yim, MD
- Numero di telefono: +82-2-2072-2059
- Email: yimjj@snu.ac.kr
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Criteri di partecipazione
I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
18 anni e precedenti (Adulto, Adulto più anziano)
Accetta volontari sani
No
Sessi ammissibili allo studio
Tutto
Metodo di campionamento
Campione non probabilistico
Popolazione di studio
Tra i pazienti che hanno visitato la clinica ambulatoriale del Seoul National University Hospital, sono state arruolate coppie di pazienti adulti con malattia polmonare da NTM che vivevano insieme al momento della diagnosi.
Descrizione
Criterio di inclusione:
- L'adulto di età superiore ai 18 anni
- Il paziente che presenta sintomi respiratori compatibili con NTM, come tosse cronica, espettorato ed emottisi, che presenta risultati positivi per NTM alla TC e che presenta identificazione di NTM in due o più colture di espettorato o in una o più colture broncoscopiche/di tessuto . (Linee guida ATS/IDSA del 2007)
- Coppie di pazienti che vivono nella stessa famiglia dalla diagnosi di malattia polmonare da NTM
- Consenso al prelievo di campioni ambientali presso la residenza del paziente.
Criteri di esclusione:
- Se il paziente non è d'accordo o si ritira.
Piano di studio
Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
|---|
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Gruppo di pazienti NTM
Pazienti con malattie polmonari NTM che vivono insieme
|
Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Somiglianza genetica di NTM (Mycobacterium non tubercolare)
Lasso di tempo: Linea di base
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Concordanza di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) da NTM derivati da pazienti e dai loro ambienti
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Linea di base
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Collaboratori e investigatori
Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.
Investigatori
- Investigatore principale: Jae-June Yim, MD, Division of Pulmonology and Critical Care Medicine, Department of Internal Medicine and Lung Institute of Medical Research Center, Seoul National University College of Medicine
Pubblicazioni e link utili
La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.
Pubblicazioni generali
- Bryant JM, Grogono DM, Greaves D, Foweraker J, Roddick I, Inns T, Reacher M, Haworth CS, Curran MD, Harris SR, Peacock SJ, Parkhill J, Floto RA. Whole-genome sequencing to identify transmission of Mycobacterium abscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet. 2013 May 4;381(9877):1551-60. doi: 10.1016/S0140-6736(13)60632-7. Epub 2013 Mar 29.
- Fournier PE, Dubourg G, Raoult D. Clinical detection and characterization of bacterial pathogens in the genomics era. Genome Med. 2014 Nov 29;6(11):114. doi: 10.1186/s13073-014-0114-2. eCollection 2014.
- Roach DJ, Burton JN, Lee C, Stackhouse B, Butler-Wu SM, Cookson BT, Shendure J, Salipante SJ. A Year of Infection in the Intensive Care Unit: Prospective Whole Genome Sequencing of Bacterial Clinical Isolates Reveals Cryptic Transmissions and Novel Microbiota. PLoS Genet. 2015 Jul 31;11(7):e1005413. doi: 10.1371/journal.pgen.1005413. eCollection 2015 Jul. Erratum In: PLoS Genet. 2017 Apr 14;13(4):e1006724.
- Bryant JM, Grogono DM, Rodriguez-Rincon D, Everall I, Brown KP, Moreno P, Verma D, Hill E, Drijkoningen J, Gilligan P, Esther CR, Noone PG, Giddings O, Bell SC, Thomson R, Wainwright CE, Coulter C, Pandey S, Wood ME, Stockwell RE, Ramsay KA, Sherrard LJ, Kidd TJ, Jabbour N, Johnson GR, Knibbs LD, Morawska L, Sly PD, Jones A, Bilton D, Laurenson I, Ruddy M, Bourke S, Bowler IC, Chapman SJ, Clayton A, Cullen M, Daniels T, Dempsey O, Denton M, Desai M, Drew RJ, Edenborough F, Evans J, Folb J, Humphrey H, Isalska B, Jensen-Fangel S, Jonsson B, Jones AM, Katzenstein TL, Lillebaek T, MacGregor G, Mayell S, Millar M, Modha D, Nash EF, O'Brien C, O'Brien D, Ohri C, Pao CS, Peckham D, Perrin F, Perry A, Pressler T, Prtak L, Qvist T, Robb A, Rodgers H, Schaffer K, Shafi N, van Ingen J, Walshaw M, Watson D, West N, Whitehouse J, Haworth CS, Harris SR, Ordway D, Parkhill J, Floto RA. Emergence and spread of a human-transmissible multidrug-resistant nontuberculous mycobacterium. Science. 2016 Nov 11;354(6313):751-757. doi: 10.1126/science.aaf8156.
Studiare le date dei record
Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.
Studia le date principali
Inizio studio (Anticipato)
1 maggio 2018
Completamento primario (Anticipato)
1 maggio 2019
Completamento dello studio (Anticipato)
1 maggio 2019
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
10 maggio 2018
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
10 maggio 2018
Primo Inserito (Effettivo)
22 maggio 2018
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
22 maggio 2018
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
10 maggio 2018
Ultimo verificato
1 maggio 2018
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- NTM_HOME
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?
NO
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
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