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Multimodal Liquid-Biopsy Omics Biomarkers of Treatment Response in Breast Cancer

2026年11月9日 更新者：Chen Kai、Sun Yat-Sen Memorial Hospital of Sun Yat-Sen University

Exploration of Treatment-Response Biomarkers in Breast Cancer Based on Integrated Liquid-Biopsy Multimodal Omics Features

This single-center cohort study integrates humoral immune response profiling (Phage ImmunoPrecipitation Sequencing, PhIP-seq) with circulating cell-free DNA (cfDNA) genomic and epigenomic features, exosome transcriptomics, and plasma metabolomics to discover and validate liquid-biopsy biomarkers of treatment response in breast cancer.

The study comprises four cohorts: (1) a retrospective pan-cancer cohort of approximately 1,000 patients with solid malignant tumor, using archived residual serum/plasma to construct a pan-cancer antigen repertoire and cfDNA mutational/methylation atlas, with priority given to patients who had available Whole Exome Sequencing (WES) data; (2) a prospective cohort of 800 women with non-metastatic (M0) breast cancer receiving standard neoadjuvant chemotherapy (NAC); (3) a prospective cohort of 100 women with metastatic (M1) breast cancer receiving standard systemic therapy; and (4) a control group of 100 individuals, including patients with benign breast disease (breast fibroadenoma) and healthy volunteers.

The primary objective is to identify biomarkers-autoantibody repertoires, cfDNA mutation clearance, methylation reprogramming, exosome transcripts, and metabolic signatures-associated with pathological complete response (pCR) to NAC, and to develop predictive models where feasible.

調査の概要

状態

状態

現在の募集状況やアクセス拡大状況を示します。
募集

条件

条件

研究されている疾患、障害、症候群、病気、またはけが。 ClinicalTrials.gov では、条件には、寿命、生活の質、健康上のリスクなど、他の健康関連の問題も含まれる場合があります。

詳細な説明

Peripheral blood (20 mL) is collected at protocol-defined time points. Serum/Plasma autoantibody repertoires are profiled by PhIP-seq(phage-display immunoprecipitation sequencing); cfDNA methylation is measured by bisulfite-free methylome profiling; exosome RNA is profiled by strand-specific RNA sequencing; and untargeted plasma metabolomics is performed by liquid chromatography-tandem mass spectrometry. The study endpoints include clinical response and pathological complete response after NAC, together with survival follow-up. The study is conducted in accordance with the Declaration of Helsinki and Chinese regulations for investigator-initiated research, and has been approved by the institutional ethics committee.

Ambispective - a retrospective pan-cancer cohort (archived samples, 2020 Jan - 2026. Sep) combined with prospective breast cancer cohorts (enrollment 2026. Oct -2029)

研究の種類

研究の種類

臨床研究の性質について説明します。研究の種類には、介入研究 (臨床試験とも呼ばれます)、観察研究 (患者登録を含む)、および拡張アクセスが含まれます。
観察的

入学 (推定)

入学

臨床試験の参加者数。 「予想される」登録は、研究者が研究に必要とする参加者の目標数です。
2000

連絡先と場所

このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。

研究連絡先

研究連絡先

臨床試験の登録に関する質問に回答できる担当者の名前と連絡先情報。研究が実施されている各場所には、これらの質問により適切に回答できる特定の連絡先がある場合もあります。

研究場所

  • 中国
    • Guangdong
      • Shanwei、Guangdong、中国、516601
        • 募集
        • Shenshan Medical Center, Sun Yat-sen Memorial Hospital, Sun Yat-sen University
        • コンタクト：

参加基準

研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。

適格基準

適格基準

臨床研究への参加を希望する人々が満たさなければならない重要な要件、または彼らが持つべき特徴。適格基準は、包含基準 (人が研究に参加するために必要な基準) と除外基準 (人が研究に参加するのを妨げる基準) の両方で構成されます。適格基準のタイプには、研究が健康なボランティアを受け入れるかどうか、年齢または年齢グループの要件があるかどうか、または性別によって制限されるかどうかが含まれます。

就学可能な年齢

18年～80年 (大人、高齢者)

健康ボランティアの受け入れ

はい

受講資格のある性別

全て

サンプリング方法

非確率サンプル

調査対象母集団

Study participants will be selected from three main sources: (1) healthy female volunteers recruited for this study; (2) patients receiving clinical treatment at our institution; and (3) patients undergoing relevant diagnostic or clinical examinations at our institution.

説明

Inclusion Criteria:

Retrospective pan-cancer cohort:

  1. Aged 18 to 80 years;
  2. Both genders
  3. Clinically and histopathologically confirmed diagnosis of solid malignant tumors, including but not limited to non-small cell lung cancer, colorectal cancer, gastric cancer, hepatocellular carcinoma, or breast cancer.
  4. Complete clinical data available, including definitive TNM stage and established treatment plan;
  5. Archived peripheral blood samples (serum/plasma) collected during routine clinical care.

Prospective neoadjuvant chemotherapy (NAC) breast cancer cohort:

  1. Female, aged 18 to 80 years (inclusive);
  2. Clinically and pathologically confirmed non-metastatic (M0) breast cancer;
  3. Planned standard NAC at the study site, with complete pre-treatment ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results available;
  4. Voluntary participation with signed written informed consent.

Prospective metastatic breast cancer cohort:

  1. Female, aged 18 to 80 years (inclusive);
  2. Clinically and pathologically confirmed metastatic (M1) breast cancer;
  3. Planned standard systemic therapy at the study site, with complete ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results available;
  4. Voluntary participation with signed written informed consent.

Benign/Healthy control group:

  1. Healthy female volunteers, or female patients with breast fibroadenoma undergoing minimally invasive biopsy during the same period;
  2. Voluntary participation with signed written informed consent.

Exclusion Criteria:

For prospective breast cancer cohorts:

  1. History of mastitis, or systemic rheumatic/autoimmune diseases (e.g., systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis);
  2. Acute or chronic infectious diseases within the past 6 months (e.g., pneumonia, pulmonary tuberculosis, active hepatitis);
  3. Long-term use of glucocorticoids, immunosuppressants, biologic agents, or psychotropic medications (short-term or as-needed use excepted);
  4. Inability or refusal to provide informed consent.

研究計画

このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。

研究はどのように設計されていますか？

デザインの詳細

  • 観測モデル：COHORT
  • 時間の展望：OTHER

コホートと介入

グループ/コホート

グループ/コホート

生物医学的または健康上の結果について評価される観察研究の参加者のグループまたはサブグループ。
Retrospective Pan-Cancer Cohort

Patients aged 18-80 years with histologically confirmed solid malignant tumors( e.g. non-small cell lung cancer, colorectal cancer, gastric cancer, hepatocellular carcinoma, or breast cancer), diagnosed at the study site between January 2020 and Sep 2026, with complete clinical data (TNM stage and treatment plan) and archived residual serum/plasma samples. Approximately 1,000 cases.
Prospective Neoadjuvant Chemotherapy (NAC) Breast Cancer Cohort

Women aged 18-80 years with clinically and pathologically confirmed non-metastatic (M0) breast cancer who plan to receive standard NAC at the study site, with complete pre-treatment ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results. Planned enrollment: 800. Peripheral blood (20 mL) is collected before, during, and after NAC (pre-surgery), in addition to routine clinical data.
Prospective Benign/Control Group (Breast Fibroadenoma or Healthy Volunteers)

Patients with breast fibroadenoma undergoing minimally invasive biopsy during the same period, serving as benign controls to calibrate background signals of circulating antigens and liquid-biopsy analytes. Healthy female volunteers will also be enrolled. Planned enrollment: 100.
Prospective Metastatic Breast Cancer Cohort

Women aged 18-80 years with clinically and pathologically confirmed metastatic (M1) breast cancer who plan to receive standard systemic therapy at the study site, with complete ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results.Planned enrollment: 100. Serial peripheral blood samples are collected before, during, and after treatment.

この研究は何を測定していますか？

主要な結果の測定

主要な結果の測定

臨床研究のプロトコルにおいて、介入/治療の効果を評価するために最も重要な、計画された結果の尺度。ほとんどの臨床研究には 1 つの主要な結果の測定値がありますが、複数の測定値を持つものもあります。
結果測定
メジャーの説明
時間枠
Pathological Complete Response (pCR) Rate
時間枠：At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

Proportion of patients achieving pCR after completion of neoadjuvant chemotherapy, defined as ypT0/is ypN0 (no invasive cancer in the breast and ipsilateral axillary lymph nodes; ductal carcinoma in situ may be present), consistent with RCB-0.
At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

二次結果の測定

二次結果の測定

臨床研究のプロトコルにおいて、介入の効果を評価するための主要な結果測定ほど重要ではないが、依然として重要な計画された結果測定。ほとんどの臨床研究には、複数の副次的アウトカム指標があります。
結果測定
メジャーの説明
時間枠
Residual Cancer Burden (RCB) Class
時間枠：At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

RCB class (RCB-0, RCB-I, RCB-II, RCB-III) quantifying residual tumor in the breast and lymph nodes after neoadjuvant therapy, calculated using the internationally validated MD Anderson Cancer Center RCB calculator based on standardized pathological assessment of surgical specimens.
At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)
Invasive Disease-Free Survival (iDFS)
時間枠：From enrollment until event or study end, assessed every 6 months (up to approximately 5 years)

Time from enrollment to the first occurrence of any of the following: ipsilateral invasive breast cancer recurrence, contralateral invasive breast cancer, distant metastasis, second primary non-breast invasive malignancy, or death from any cause (conservative definition including all deaths), per established consensus definitions. Follow-up includes clinical visits and imaging (breast ultrasound/MRI, chest-abdominal CT, bone scan as risk-stratified) every 6 months.
From enrollment until event or study end, assessed every 6 months (up to approximately 5 years)
Progression-Free Survival (PFS)
時間枠：From enrollment until event or study end (up to approximately 5 years)

Time from enrollment to the first radiographically confirmed disease progression (per RECIST 1.1) or death from any cause. This outcome is only available for M1 patients.
From enrollment until event or study end (up to approximately 5 years)
Overall Survival (OS)
時間枠：From enrollment until death or study end (up to approximately 5 years or longer)

Time from enrollment to death from any cause. Death events are confirmed by death certificates, hospital records, or national vital registration systems. Patients lost to follow-up are censored at the date of last contact.
From enrollment until death or study end (up to approximately 5 years or longer)

協力者と研究者

ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。

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研究を開始し、研究に対する権限と管理権を持つ組織または個人。
Sun Yat-Sen Memorial Hospital of Sun Yat-Sen University

協力者

協力者

臨床研究を支援する治験依頼者以外の機関。このサポートには、資金調達、設計、実装、データ分析、またはレポートに関連する活動が含まれる場合があります。
Shenshan Medical Center of Sun Yat-sen Memorial Hospital

研究記録日

これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。

主要日程の研究

研究開始 (実際)

研究開始

最初の参加者が臨床試験に登録された実際の日付。 「予想される」研究開始日は、研究者が研究開始日になると考える日付です。
2026年10月12日

一次修了 (推定)

一次修了

臨床研究の最後の参加者が検査された、または主要な結果測定のための最終データを収集するための介入を受けた日付。治験がプロトコルに従って終了したか終了したかは、この日付には影響しません。完了日が異なる複数の主要評価項目を含む臨床研究の場合、この用語は、すべての主要評価項目のデータ収集が完了した日付を指します。 「予想される」一次完了日は、研究者がその研究の一次完了日になると考える日付です。
2030年6月30日

研究の完了 (推定)

研究の完了

臨床研究の最後の参加者が検査された、または介入/治療を受けて、主要な結果の尺度、副次的な結果の尺度、および有害事象の最終データを収集した日付 (つまり、最後の参加者の最後の訪問)。 「予想される」研究完了日は、研究者が研究完了日になると考える日付です。
2034年12月30日

試験登録日

最初に提出

最初に提出

治験依頼者または治験責任医師が初めて治験記録を ClinicalTrials.gov に提出した日付。通常、最初の提出日と ClinicalTrials.gov での記録の利用可能日 (最初の投稿日) の間には数日の遅延があります。
2026年10月11日

QC基準を満たした最初の提出物

QC基準を満たした最初の提出物

研究スポンサーまたは治験責任医師が、国立医学図書館 (NLM) の品質管理 (QC) 審査基準と一致する研究記録を最初に提出した日付。治験依頼者または研究者は、NLM の QC 審査基準が満たされるまでに、研究記録を 1 回または複数回修正して提出する必要がある場合があります。研究記録がNLM QC審査基準と一致していることを確認するのは、治験依頼者または治験責任医師の責任です。
2026年10月11日

最初の投稿 (実際)

最初の投稿

国立医学図書館 (NLM) の品質管理 (QC) レビューが終了した後、ClinicalTrials.gov で研究記録が最初に利用可能になった日付。通常、治験依頼者または治験責任医師が治験記録を提出した日と最初に投稿された日との間には数日の遅延があります。
2026年10月19日

学習記録の更新

投稿された最後の更新 (実際)

投稿された最後の更新

ClinicalTrials.gov で、研究記録が変更された最新の日付。研究のスポンサーまたは治験責任医師によって変更が ClinicalTrials.gov に提出されたとき (最終更新が提出された日) と最終更新が投稿された日との間に遅延が生じる場合があります。
2026年11月12日

QC基準を満たした最後の更新が送信されました

QC基準を満たした最後の更新が送信されました

治験依頼者または治験責任医師が、国立医学図書館（NLM）の品質管理（QC）審査基準と一致する治験記録の変更を提出した最新の日付。研究記録がNLM QC審査基準と一致していることを確認するのは、治験依頼者または治験責任医師の責任です。
2026年11月9日

最終確認日

最終確認日

治験依頼者または治験責任医師が、ClinicalTrials.gov で臨床治験に関する情報が正確かつ最新であることを確認した最新の日付。募集ステータスが募集中の研究の場合。まだ募集していません。過去 2 年以内に募集が確認されていない場合、研究の募集状況は不明として表示されます。
2026年11月1日

詳しくは

本研究に関する用語

キーワード

追加の関連 MeSH 用語

その他の研究ID番号

その他の研究ID番号

NCT 番号以外の識別子または ID 番号で、治験依頼者、資金提供者、その他によって臨床治験に割り当てられたもの。これらの番号には、他の治験登録機関や国立衛生研究所の助成金番号からの一意の識別子が含まれる場合があります。
  • 2026-SSKY-048
  • 2026-SSKY-048 (その他の識別子：Shenshan Medical Center, Sun Yat-sen Memorial Hospital, Sun Yat-sen University)

個々の参加者データ (IPD) の計画

個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?

未定

IPD プランの説明

De-identified individual participant data may be made available upon reasonable request to the corresponding investigator after publication of the primary results, subject to institutional and ethics committee approval.

医薬品およびデバイス情報、研究文書

米国FDA規制医薬品の研究

いいえ

米国FDA規制機器製品の研究

いいえ

この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。

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