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Multimodal Liquid-Biopsy Omics Biomarkers of Treatment Response in Breast Cancer

9. November 2026 aktualisiert von: Chen Kai, Sun Yat-Sen Memorial Hospital of Sun Yat-Sen University

Exploration of Treatment-Response Biomarkers in Breast Cancer Based on Integrated Liquid-Biopsy Multimodal Omics Features

This single-center cohort study integrates humoral immune response profiling (Phage ImmunoPrecipitation Sequencing, PhIP-seq) with circulating cell-free DNA (cfDNA) genomic and epigenomic features, exosome transcriptomics, and plasma metabolomics to discover and validate liquid-biopsy biomarkers of treatment response in breast cancer.

The study comprises four cohorts: (1) a retrospective pan-cancer cohort of approximately 1,000 patients with solid malignant tumor, using archived residual serum/plasma to construct a pan-cancer antigen repertoire and cfDNA mutational/methylation atlas, with priority given to patients who had available Whole Exome Sequencing (WES) data; (2) a prospective cohort of 800 women with non-metastatic (M0) breast cancer receiving standard neoadjuvant chemotherapy (NAC); (3) a prospective cohort of 100 women with metastatic (M1) breast cancer receiving standard systemic therapy; and (4) a control group of 100 individuals, including patients with benign breast disease (breast fibroadenoma) and healthy volunteers.

The primary objective is to identify biomarkers-autoantibody repertoires, cfDNA mutation clearance, methylation reprogramming, exosome transcripts, and metabolic signatures-associated with pathological complete response (pCR) to NAC, and to develop predictive models where feasible.

Studienübersicht

Status

Status

Zeigt den aktuellen Rekrutierungsstatus oder den erweiterten Zugriffsstatus an.
Rekrutierung

Bedingungen

Bedingungen

Die Krankheit, Störung, das Syndrom, die Krankheit oder die Verletzung, die untersucht wird. Auf ClinicalTrials.gov können die Bedingungen auch andere gesundheitsbezogene Themen wie Lebensdauer, Lebensqualität und Gesundheitsrisiken umfassen.

Detaillierte Beschreibung

Peripheral blood (20 mL) is collected at protocol-defined time points. Serum/Plasma autoantibody repertoires are profiled by PhIP-seq(phage-display immunoprecipitation sequencing); cfDNA methylation is measured by bisulfite-free methylome profiling; exosome RNA is profiled by strand-specific RNA sequencing; and untargeted plasma metabolomics is performed by liquid chromatography-tandem mass spectrometry. The study endpoints include clinical response and pathological complete response after NAC, together with survival follow-up. The study is conducted in accordance with the Declaration of Helsinki and Chinese regulations for investigator-initiated research, and has been approved by the institutional ethics committee.

Ambispective - a retrospective pan-cancer cohort (archived samples, 2020 Jan - 2026. Sep) combined with prospective breast cancer cohorts (enrollment 2026. Oct -2029)

Studientyp

Studientyp

Beschreibt die Art einer klinischen Studie. Zu den Studientypen gehören Interventionsstudien (auch klinische Studien genannt), Beobachtungsstudien (einschließlich Patientenregister) und erweiterter Zugang.
Beobachtungs

Einschreibung (Geschätzt)

Einschreibung

Die Anzahl der Teilnehmer an einer klinischen Studie. Die „erwartete“ Einschreibung ist die Zielzahl an Teilnehmern, die die Forscher für die Studie benötigen.
2000

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienkontakt

Studienkontakt

Der Name und die Kontaktinformationen der Person, die Fragen zur Registrierung für eine klinische Studie beantworten kann. Jeder Standort, an dem die Studie durchgeführt wird, kann auch einen bestimmten Ansprechpartner haben, der diese Fragen möglicherweise besser beantworten kann.

Studienorte

  • China
    • Guangdong
      • Shanwei, Guangdong, China, 516601
        • Rekrutierung
        • Shenshan Medical Center, Sun Yat-sen Memorial Hospital, Sun Yat-sen University
        • Kontakt:

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Zulassungskriterien

Die wichtigsten Voraussetzungen, die Personen erfüllen müssen, die an einer klinischen Studie teilnehmen möchten, bzw. welche Eigenschaften sie mitbringen müssen. Auswahlkriterien bestehen sowohl aus Einschlusskriterien (die erforderlich sind, damit eine Person an der Studie teilnehmen kann) als auch aus Ausschlusskriterien (die eine Person an der Teilnahme hindern). Arten von Zulassungskriterien umfassen, ob eine Studie gesunde Freiwillige akzeptiert, Alters- oder Altersgruppenanforderungen hat oder durch das Geschlecht begrenzt ist.

Studienberechtigtes Alter

18 Jahre bis 80 Jahre (Erwachsene, Älterer Erwachsener)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Ja

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Study participants will be selected from three main sources: (1) healthy female volunteers recruited for this study; (2) patients receiving clinical treatment at our institution; and (3) patients undergoing relevant diagnostic or clinical examinations at our institution.

Beschreibung

Inclusion Criteria:

Retrospective pan-cancer cohort:

  1. Aged 18 to 80 years;
  2. Both genders
  3. Clinically and histopathologically confirmed diagnosis of solid malignant tumors, including but not limited to non-small cell lung cancer, colorectal cancer, gastric cancer, hepatocellular carcinoma, or breast cancer.
  4. Complete clinical data available, including definitive TNM stage and established treatment plan;
  5. Archived peripheral blood samples (serum/plasma) collected during routine clinical care.

Prospective neoadjuvant chemotherapy (NAC) breast cancer cohort:

  1. Female, aged 18 to 80 years (inclusive);
  2. Clinically and pathologically confirmed non-metastatic (M0) breast cancer;
  3. Planned standard NAC at the study site, with complete pre-treatment ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results available;
  4. Voluntary participation with signed written informed consent.

Prospective metastatic breast cancer cohort:

  1. Female, aged 18 to 80 years (inclusive);
  2. Clinically and pathologically confirmed metastatic (M1) breast cancer;
  3. Planned standard systemic therapy at the study site, with complete ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results available;
  4. Voluntary participation with signed written informed consent.

Benign/Healthy control group:

  1. Healthy female volunteers, or female patients with breast fibroadenoma undergoing minimally invasive biopsy during the same period;
  2. Voluntary participation with signed written informed consent.

Exclusion Criteria:

For prospective breast cancer cohorts:

  1. History of mastitis, or systemic rheumatic/autoimmune diseases (e.g., systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis);
  2. Acute or chronic infectious diseases within the past 6 months (e.g., pneumonia, pulmonary tuberculosis, active hepatitis);
  3. Long-term use of glucocorticoids, immunosuppressants, biologic agents, or psychotropic medications (short-term or as-needed use excepted);
  4. Inability or refusal to provide informed consent.

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

  • Beobachtungsmodelle: COHORT
  • Zeitperspektiven: OTHER

Kohorten und Interventionen

Gruppe / Kohorte

Gruppe / Kohorte

Eine Gruppe oder Untergruppe von Teilnehmern an einer Beobachtungsstudie, die hinsichtlich biomedizinischer oder gesundheitlicher Ergebnisse bewertet wird.
Retrospective Pan-Cancer Cohort

Patients aged 18-80 years with histologically confirmed solid malignant tumors( e.g. non-small cell lung cancer, colorectal cancer, gastric cancer, hepatocellular carcinoma, or breast cancer), diagnosed at the study site between January 2020 and Sep 2026, with complete clinical data (TNM stage and treatment plan) and archived residual serum/plasma samples. Approximately 1,000 cases.
Prospective Neoadjuvant Chemotherapy (NAC) Breast Cancer Cohort

Women aged 18-80 years with clinically and pathologically confirmed non-metastatic (M0) breast cancer who plan to receive standard NAC at the study site, with complete pre-treatment ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results. Planned enrollment: 800. Peripheral blood (20 mL) is collected before, during, and after NAC (pre-surgery), in addition to routine clinical data.
Prospective Benign/Control Group (Breast Fibroadenoma or Healthy Volunteers)

Patients with breast fibroadenoma undergoing minimally invasive biopsy during the same period, serving as benign controls to calibrate background signals of circulating antigens and liquid-biopsy analytes. Healthy female volunteers will also be enrolled. Planned enrollment: 100.
Prospective Metastatic Breast Cancer Cohort

Women aged 18-80 years with clinically and pathologically confirmed metastatic (M1) breast cancer who plan to receive standard systemic therapy at the study site, with complete ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results.Planned enrollment: 100. Serial peripheral blood samples are collected before, during, and after treatment.

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Primäre Ergebnismessungen

Im Protokoll einer klinischen Studie die geplante Ergebnismessung, die für die Bewertung der Wirkung einer Intervention/Behandlung am wichtigsten ist. Die meisten klinischen Studien haben einen primären Endpunkt, aber einige haben mehr als einen.
Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Pathological Complete Response (pCR) Rate
Zeitfenster: At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

Proportion of patients achieving pCR after completion of neoadjuvant chemotherapy, defined as ypT0/is ypN0 (no invasive cancer in the breast and ipsilateral axillary lymph nodes; ductal carcinoma in situ may be present), consistent with RCB-0.
At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

Sekundäre Ergebnismessungen

Sekundäre Ergebnismessungen

Im Protokoll einer klinischen Studie ein geplantes Ergebnismaß, das nicht so wichtig ist wie das primäre Ergebnismaß für die Bewertung der Wirkung einer Intervention, aber dennoch von Interesse ist. Die meisten klinischen Studien haben mehr als einen sekundären Endpunkt.
Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Residual Cancer Burden (RCB) Class
Zeitfenster: At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

RCB class (RCB-0, RCB-I, RCB-II, RCB-III) quantifying residual tumor in the breast and lymph nodes after neoadjuvant therapy, calculated using the internationally validated MD Anderson Cancer Center RCB calculator based on standardized pathological assessment of surgical specimens.
At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)
Invasive Disease-Free Survival (iDFS)
Zeitfenster: From enrollment until event or study end, assessed every 6 months (up to approximately 5 years)

Time from enrollment to the first occurrence of any of the following: ipsilateral invasive breast cancer recurrence, contralateral invasive breast cancer, distant metastasis, second primary non-breast invasive malignancy, or death from any cause (conservative definition including all deaths), per established consensus definitions. Follow-up includes clinical visits and imaging (breast ultrasound/MRI, chest-abdominal CT, bone scan as risk-stratified) every 6 months.
From enrollment until event or study end, assessed every 6 months (up to approximately 5 years)
Progression-Free Survival (PFS)
Zeitfenster: From enrollment until event or study end (up to approximately 5 years)

Time from enrollment to the first radiographically confirmed disease progression (per RECIST 1.1) or death from any cause. This outcome is only available for M1 patients.
From enrollment until event or study end (up to approximately 5 years)
Overall Survival (OS)
Zeitfenster: From enrollment until death or study end (up to approximately 5 years or longer)

Time from enrollment to death from any cause. Death events are confirmed by death certificates, hospital records, or national vital registration systems. Patients lost to follow-up are censored at the date of last contact.
From enrollment until death or study end (up to approximately 5 years or longer)

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

Sponsor

Die Organisation oder Person, die die Studie initiiert und die Autorität und Kontrolle über die Studie hat.
Sun Yat-Sen Memorial Hospital of Sun Yat-Sen University

Mitarbeiter

Mitarbeiter

Eine andere Organisation als der Sponsor, die eine klinische Studie unterstützt. Diese Unterstützung kann Aktivitäten im Zusammenhang mit Finanzierung, Design, Implementierung, Datenanalyse oder Berichterstattung umfassen.
Shenshan Medical Center of Sun Yat-sen Memorial Hospital

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

Studienbeginn

Das tatsächliche Datum, an dem der erste Teilnehmer in eine klinische Studie aufgenommen wurde. Das „voraussichtliche“ Studienstartdatum ist das Datum, von dem die Forscher glauben, dass es das Studienstartdatum sein wird.
12. Oktober 2026

Primärer Abschluss (Geschätzt)

Primärer Abschluss

Das Datum, an dem der letzte Teilnehmer einer klinischen Studie untersucht wurde oder eine Intervention erhalten hat, um endgültige Daten für das primäre Ergebnis zu sammeln. Ob die klinische Studie protokollgemäß endete oder beendet wurde, hat keinen Einfluss auf dieses Datum. Bei klinischen Studien mit mehr als einem primären Ergebnismaß mit unterschiedlichen Abschlussdaten bezieht sich dieser Begriff auf das Datum, an dem die Datenerhebung für alle primären Ergebnismaße abgeschlossen ist. Das „erwartete“ primäre Abschlussdatum ist das Datum, von dem die Forscher glauben, dass es das primäre Abschlussdatum für die Studie sein wird.
30. Juni 2030

Studienabschluss (Geschätzt)

Studienabschluss

Das Datum, an dem der letzte Teilnehmer an einer klinischen Studie untersucht wurde oder eine Intervention/Behandlung erhielt, um endgültige Daten für die primären Ergebnismaße, sekundären Ergebnismaße und Nebenwirkungen zu sammeln (d. h. der letzte Besuch des letzten Teilnehmers). Das „voraussichtliche“ Abschlussdatum der Studie ist das Datum, von dem die Forscher glauben, dass es das Abschlussdatum der Studie sein wird.
30. Dezember 2034

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

Zuerst eingereicht

Das Datum, an dem der Studiensponsor oder Prüfer zum ersten Mal einen Studienbericht bei ClinicalTrials.gov eingereicht hat. Zwischen dem Datum der ersten Einreichung und der Verfügbarkeit des Datensatzes auf ClinicalTrials.gov (dem ersten veröffentlichten Datum) liegt in der Regel eine Verzögerung von einigen Tagen.
11. Oktober 2026

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

Das Datum, an dem der Studiensponsor oder Prüfer zum ersten Mal einen Studienbericht einreicht, der den Qualitätskontrollkriterien (QC) der National Library of Medicine (NLM) entspricht. Der Sponsor oder Prüfer muss möglicherweise einen Studienbericht ein- oder mehrmals überarbeiten und einreichen, bevor die QC-Überprüfungskriterien von NLM erfüllt sind. Es liegt in der Verantwortung des Sponsors oder Prüfers, sicherzustellen, dass die Studienaufzeichnung mit den NLM-QC-Überprüfungskriterien übereinstimmt.
11. Oktober 2026

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

Zuerst gepostet

Das Datum, an dem der Studienbericht zum ersten Mal auf ClinicalTrials.gov verfügbar war, nachdem die Qualitätskontrolle (QC) der National Library of Medicine (NLM) abgeschlossen wurde. Zwischen dem Datum, an dem der Studiensponsor oder Prüfer den Studienbericht eingereicht hat, und dem ersten veröffentlichten Datum liegt in der Regel eine Verzögerung von einigen Tagen.
19. Oktober 2026

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

Letztes Update gepostet

Das letzte Datum, an dem Änderungen an einem Studienbericht auf ClinicalTrials.gov verfügbar gemacht wurden. Es kann eine Verzögerung zwischen der Übermittlung der Änderungen an ClinicalTrials.gov durch den Sponsor oder Prüfer der Studie (Datum der letzten eingereichten Aktualisierung) und dem Datum der letzten Veröffentlichung der Aktualisierung geben.
12. November 2026

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

Das letzte Datum, an dem der Studiensponsor oder Prüfer Änderungen an einem Studienbericht eingereicht hat, die mit den Qualitätskontrollkriterien (QC) der National Library of Medicine (NLM) übereinstimmen. Es liegt in der Verantwortung des Sponsors oder Prüfers, sicherzustellen, dass die Studienaufzeichnung mit den NLM-QC-Überprüfungskriterien übereinstimmt.
9. November 2026

Zuletzt verifiziert

Zuletzt verifiziert

Das letzte Datum, an dem der Studiensponsor oder Prüfer die Informationen über eine klinische Studie auf ClinicalTrials.gov als richtig und aktuell bestätigt hat. Wenn eine Studie den Rekrutierungsstatus Recruiting hat; noch keine Rekrutierung; oder aktiv, keine Rekrutierung wurde innerhalb der letzten 2 Jahre nicht bestätigt, der Rekrutierungsstatus der Studie wird als unbekannt angezeigt.
1. November 2026

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Schlüsselwörter

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

Andere Studien-ID-Nummern

Andere Identifikatoren oder ID-Nummern als die NCT-Nummer, die einer klinischen Studie vom Sponsor der Studie, Geldgebern oder anderen zugewiesen werden. Diese Nummern können eindeutige Kennungen von anderen Studienregistern und Zuschussnummern der National Institutes of Health enthalten.
  • 2026-SSKY-048
  • 2026-SSKY-048 (Andere Kennung: Shenshan Medical Center, Sun Yat-sen Memorial Hospital, Sun Yat-sen University)

Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)

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UNENTSCHIEDEN

Beschreibung des IPD-Plans

De-identified individual participant data may be made available upon reasonable request to the corresponding investigator after publication of the primary results, subject to institutional and ethics committee approval.

Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

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