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Multimodal Liquid-Biopsy Omics Biomarkers of Treatment Response in Breast Cancer

9 novembre 2026 aggiornato da: Chen Kai, Sun Yat-Sen Memorial Hospital of Sun Yat-Sen University

Exploration of Treatment-Response Biomarkers in Breast Cancer Based on Integrated Liquid-Biopsy Multimodal Omics Features

This single-center cohort study integrates humoral immune response profiling (Phage ImmunoPrecipitation Sequencing, PhIP-seq) with circulating cell-free DNA (cfDNA) genomic and epigenomic features, exosome transcriptomics, and plasma metabolomics to discover and validate liquid-biopsy biomarkers of treatment response in breast cancer.

The study comprises four cohorts: (1) a retrospective pan-cancer cohort of approximately 1,000 patients with solid malignant tumor, using archived residual serum/plasma to construct a pan-cancer antigen repertoire and cfDNA mutational/methylation atlas, with priority given to patients who had available Whole Exome Sequencing (WES) data; (2) a prospective cohort of 800 women with non-metastatic (M0) breast cancer receiving standard neoadjuvant chemotherapy (NAC); (3) a prospective cohort of 100 women with metastatic (M1) breast cancer receiving standard systemic therapy; and (4) a control group of 100 individuals, including patients with benign breast disease (breast fibroadenoma) and healthy volunteers.

The primary objective is to identify biomarkers-autoantibody repertoires, cfDNA mutation clearance, methylation reprogramming, exosome transcripts, and metabolic signatures-associated with pathological complete response (pCR) to NAC, and to develop predictive models where feasible.

Panoramica dello studio

Stato

Stato

Indica lo stato di reclutamento attuale o lo stato di accesso ampliato.
Reclutamento

Condizioni

Condizioni

La malattia, il disturbo, la sindrome, la malattia o la lesione oggetto di studio. Su ClinicalTrials.gov, le condizioni possono includere anche altri problemi relativi alla salute, come la durata della vita, la qualità della vita e i rischi per la salute.

Descrizione dettagliata

Peripheral blood (20 mL) is collected at protocol-defined time points. Serum/Plasma autoantibody repertoires are profiled by PhIP-seq(phage-display immunoprecipitation sequencing); cfDNA methylation is measured by bisulfite-free methylome profiling; exosome RNA is profiled by strand-specific RNA sequencing; and untargeted plasma metabolomics is performed by liquid chromatography-tandem mass spectrometry. The study endpoints include clinical response and pathological complete response after NAC, together with survival follow-up. The study is conducted in accordance with the Declaration of Helsinki and Chinese regulations for investigator-initiated research, and has been approved by the institutional ethics committee.

Ambispective - a retrospective pan-cancer cohort (archived samples, 2020 Jan - 2026. Sep) combined with prospective breast cancer cohorts (enrollment 2026. Oct -2029)

Tipo di studio

Tipo di studio

Descrive la natura di uno studio clinico. I tipi di studio includono studi interventistici (chiamati anche studi clinici), studi osservazionali (compresi i registri dei pazienti) e accesso allargato.
Osservativo

Iscrizione (Stimato)

Iscrizione

Il numero di partecipanti a uno studio clinico. L'iscrizione "anticipata" è il numero target di partecipanti di cui i ricercatori hanno bisogno per lo studio.
2000

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Contatto studio

Contatto studio

Il nome e le informazioni di contatto della persona che può rispondere alle domande di iscrizione per uno studio clinico. Ogni sede in cui viene condotto lo studio può anche avere un contatto specifico, che potrebbe essere maggiormente in grado di rispondere a tali domande.

Luoghi di studio

  • Cina
    • Guangdong
      • Shanwei, Guangdong, Cina, 516601
        • Reclutamento
        • Shenshan Medical Center, Sun Yat-sen Memorial Hospital, Sun Yat-sen University
        • Contatto:

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Criteri di ammissibilità

I requisiti chiave che devono soddisfare le persone che vogliono partecipare a uno studio clinico o le caratteristiche che devono avere. I criteri di ammissibilità sono costituiti sia da criteri di inclusione (necessari a una persona per partecipare allo studio) sia da criteri di esclusione (che impediscono a una persona di partecipare). I tipi di criteri di ammissibilità includono se uno studio accetta volontari sani, ha requisiti di età o gruppo di età o è limitato dal sesso.

Età idonea allo studio

Da 18 anni a 80 anni (Adulto, Adulto più anziano)

Accetta volontari sani

Sì

Sessi ammissibili allo studio

Tutto

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

Study participants will be selected from three main sources: (1) healthy female volunteers recruited for this study; (2) patients receiving clinical treatment at our institution; and (3) patients undergoing relevant diagnostic or clinical examinations at our institution.

Descrizione

Inclusion Criteria:

Retrospective pan-cancer cohort:

  1. Aged 18 to 80 years;
  2. Both genders
  3. Clinically and histopathologically confirmed diagnosis of solid malignant tumors, including but not limited to non-small cell lung cancer, colorectal cancer, gastric cancer, hepatocellular carcinoma, or breast cancer.
  4. Complete clinical data available, including definitive TNM stage and established treatment plan;
  5. Archived peripheral blood samples (serum/plasma) collected during routine clinical care.

Prospective neoadjuvant chemotherapy (NAC) breast cancer cohort:

  1. Female, aged 18 to 80 years (inclusive);
  2. Clinically and pathologically confirmed non-metastatic (M0) breast cancer;
  3. Planned standard NAC at the study site, with complete pre-treatment ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results available;
  4. Voluntary participation with signed written informed consent.

Prospective metastatic breast cancer cohort:

  1. Female, aged 18 to 80 years (inclusive);
  2. Clinically and pathologically confirmed metastatic (M1) breast cancer;
  3. Planned standard systemic therapy at the study site, with complete ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results available;
  4. Voluntary participation with signed written informed consent.

Benign/Healthy control group:

  1. Healthy female volunteers, or female patients with breast fibroadenoma undergoing minimally invasive biopsy during the same period;
  2. Voluntary participation with signed written informed consent.

Exclusion Criteria:

For prospective breast cancer cohorts:

  1. History of mastitis, or systemic rheumatic/autoimmune diseases (e.g., systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis);
  2. Acute or chronic infectious diseases within the past 6 months (e.g., pneumonia, pulmonary tuberculosis, active hepatitis);
  3. Long-term use of glucocorticoids, immunosuppressants, biologic agents, or psychotropic medications (short-term or as-needed use excepted);
  4. Inability or refusal to provide informed consent.

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Modelli osservazionali: COHORT
  • Prospettive temporali: OTHER

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte

Gruppo / Coorte

Un gruppo o sottogruppo di partecipanti a uno studio osservazionale che viene valutato per gli esiti biomedici o sanitari.
Retrospective Pan-Cancer Cohort

Patients aged 18-80 years with histologically confirmed solid malignant tumors( e.g. non-small cell lung cancer, colorectal cancer, gastric cancer, hepatocellular carcinoma, or breast cancer), diagnosed at the study site between January 2020 and Sep 2026, with complete clinical data (TNM stage and treatment plan) and archived residual serum/plasma samples. Approximately 1,000 cases.
Prospective Neoadjuvant Chemotherapy (NAC) Breast Cancer Cohort

Women aged 18-80 years with clinically and pathologically confirmed non-metastatic (M0) breast cancer who plan to receive standard NAC at the study site, with complete pre-treatment ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results. Planned enrollment: 800. Peripheral blood (20 mL) is collected before, during, and after NAC (pre-surgery), in addition to routine clinical data.
Prospective Benign/Control Group (Breast Fibroadenoma or Healthy Volunteers)

Patients with breast fibroadenoma undergoing minimally invasive biopsy during the same period, serving as benign controls to calibrate background signals of circulating antigens and liquid-biopsy analytes. Healthy female volunteers will also be enrolled. Planned enrollment: 100.
Prospective Metastatic Breast Cancer Cohort

Women aged 18-80 years with clinically and pathologically confirmed metastatic (M1) breast cancer who plan to receive standard systemic therapy at the study site, with complete ER, PR, and HER2 immunohistochemistry results.Planned enrollment: 100. Serial peripheral blood samples are collected before, during, and after treatment.

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misure di risultato primarie

Nel protocollo di uno studio clinico, la misura dell'esito pianificato più importante per valutare l'effetto di un intervento/trattamento. La maggior parte degli studi clinici ha una misura di esito primaria, ma alcuni ne hanno più di una.
Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Pathological Complete Response (pCR) Rate
Lasso di tempo: At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

Proportion of patients achieving pCR after completion of neoadjuvant chemotherapy, defined as ypT0/is ypN0 (no invasive cancer in the breast and ipsilateral axillary lymph nodes; ductal carcinoma in situ may be present), consistent with RCB-0.
At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

Misure di risultato secondarie

Misure di risultato secondarie

Nel protocollo di uno studio clinico, una misura dell'esito pianificato che non è importante quanto la misura dell'esito primario per valutare l'effetto di un intervento ma è comunque di interesse. La maggior parte degli studi clinici ha più di una misura di esito secondaria.
Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Residual Cancer Burden (RCB) Class
Lasso di tempo: At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)

RCB class (RCB-0, RCB-I, RCB-II, RCB-III) quantifying residual tumor in the breast and lymph nodes after neoadjuvant therapy, calculated using the internationally validated MD Anderson Cancer Center RCB calculator based on standardized pathological assessment of surgical specimens.
At definitive surgery after completion of NAC (approximately 4-6 months after NAC initiation)
Invasive Disease-Free Survival (iDFS)
Lasso di tempo: From enrollment until event or study end, assessed every 6 months (up to approximately 5 years)

Time from enrollment to the first occurrence of any of the following: ipsilateral invasive breast cancer recurrence, contralateral invasive breast cancer, distant metastasis, second primary non-breast invasive malignancy, or death from any cause (conservative definition including all deaths), per established consensus definitions. Follow-up includes clinical visits and imaging (breast ultrasound/MRI, chest-abdominal CT, bone scan as risk-stratified) every 6 months.
From enrollment until event or study end, assessed every 6 months (up to approximately 5 years)
Progression-Free Survival (PFS)
Lasso di tempo: From enrollment until event or study end (up to approximately 5 years)

Time from enrollment to the first radiographically confirmed disease progression (per RECIST 1.1) or death from any cause. This outcome is only available for M1 patients.
From enrollment until event or study end (up to approximately 5 years)
Overall Survival (OS)
Lasso di tempo: From enrollment until death or study end (up to approximately 5 years or longer)

Time from enrollment to death from any cause. Death events are confirmed by death certificates, hospital records, or national vital registration systems. Patients lost to follow-up are censored at the date of last contact.
From enrollment until death or study end (up to approximately 5 years or longer)

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

Sponsor

L'organizzazione o la persona che avvia lo studio e che ha autorità e controllo sullo studio.
Sun Yat-Sen Memorial Hospital of Sun Yat-Sen University

Collaboratori

Collaboratori

Un'organizzazione diversa dallo sponsor che fornisce supporto per uno studio clinico. Questo supporto può includere attività relative al finanziamento, alla progettazione, all'implementazione, all'analisi dei dati o al reporting.
Shenshan Medical Center of Sun Yat-sen Memorial Hospital

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

Inizio studio

La data effettiva in cui il primo partecipante è stato arruolato in uno studio clinico. La data di inizio dello studio "prevista" è la data che i ricercatori pensano sarà la data di inizio dello studio.
12 ottobre 2026

Completamento primario (Stimato)

Completamento primario

La data in cui l'ultimo partecipante a uno studio clinico è stato esaminato o ha ricevuto un intervento per raccogliere i dati finali per la misura dell'esito primario. Il fatto che lo studio clinico sia terminato secondo il protocollo o sia stato interrotto non influisce su questa data. Per gli studi clinici con più di una misura di esito primario con diverse date di completamento, questo termine si riferisce alla data in cui la raccolta dei dati è completata per tutte le misure di esito primario. La data di completamento principale "prevista" è la data che i ricercatori ritengono sarà la data di completamento principale per lo studio.
30 giugno 2030

Completamento dello studio (Stimato)

Completamento dello studio

La data in cui l'ultimo partecipante a uno studio clinico è stato esaminato o ha ricevuto un intervento/trattamento per raccogliere i dati finali per le misure di esito primarie, le misure di esito secondarie e gli eventi avversi (ovvero l'ultima visita dell'ultimo partecipante). La data di completamento dello studio "prevista" è la data che i ricercatori ritengono sarà la data di completamento dello studio.
30 dicembre 2034

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

Primo inviato

La data in cui lo sponsor o il ricercatore dello studio ha inviato per la prima volta un record di studio a ClinicalTrials.gov. In genere c'è un ritardo di alcuni giorni tra la prima data di invio e la disponibilità del record su ClinicalTrials.gov (la prima data di invio).
11 ottobre 2026

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

La data in cui lo sponsor dello studio o il ricercatore invia per la prima volta un record di studio che è coerente con i criteri di revisione del controllo di qualità (QC) della National Library of Medicine (NLM). Lo sponsor o lo sperimentatore potrebbe dover rivedere e inviare un record di studio una o più volte prima che i criteri di revisione QC di NLM siano soddisfatti. È responsabilità dello sponsor o dello sperimentatore garantire che il record dello studio sia coerente con i criteri di revisione QC NLM.
11 ottobre 2026

Primo Inserito (Effettivo)

Primo Inserito

La data in cui il record dello studio è stato disponibile per la prima volta su ClinicalTrials.gov dopo la conclusione della revisione del controllo di qualità (QC) della National Library of Medicine (NLM). In genere c'è un ritardo di alcuni giorni tra la data in cui lo sponsor dello studio o lo sperimentatore ha presentato il record dello studio e la prima data pubblicata.
19 ottobre 2026

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

Ultimo aggiornamento pubblicato

La data più recente in cui le modifiche al record di uno studio sono state rese disponibili su ClinicalTrials.gov. Potrebbe esserci un ritardo tra il momento in cui le modifiche sono state inviate a ClinicalTrials.gov dallo sponsor o dallo sperimentatore dello studio (data di invio dell'ultimo aggiornamento) e la data di pubblicazione dell'ultimo aggiornamento.
12 novembre 2026

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

La data più recente in cui lo sponsor dello studio o il ricercatore ha presentato modifiche a un record di studio che sono coerenti con i criteri di revisione del controllo di qualità (QC) della National Library of Medicine (NLM). È responsabilità dello sponsor o dello sperimentatore garantire che il record dello studio sia coerente con i criteri di revisione QC NLM.
9 novembre 2026

Ultimo verificato

Ultimo verificato

La data più recente in cui lo sponsor dello studio o il ricercatore ha confermato che le informazioni su uno studio clinico su ClinicalTrials.gov sono accurate e aggiornate. Se uno studio con stato di reclutamento di reclutamento; non ancora reclutamento; o attivo, non reclutamento non è stato confermato negli ultimi 2 anni, lo stato di reclutamento dello studio viene mostrato come sconosciuto.
1 novembre 2026

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Parole chiave

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

Altri numeri di identificazione dello studio

Identificatori o numeri ID diversi dal numero NCT assegnati a uno studio clinico dallo sponsor, dai finanziatori o da altri dello studio. Questi numeri possono includere identificatori univoci di altri registri di sperimentazione e numeri di sovvenzioni del National Institutes of Health.
  • 2026-SSKY-048
  • 2026-SSKY-048 (Altro identificatore: Shenshan Medical Center, Sun Yat-sen Memorial Hospital, Sun Yat-sen University)

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

INDECISO

Descrizione del piano IPD

De-identified individual participant data may be made available upon reasonable request to the corresponding investigator after publication of the primary results, subject to institutional and ethics committee approval.

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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