CGHアレイによる腹膜中皮腫のゲノム解析
2016年7月25日 更新者：Hospices Civils de Lyon
腹膜中皮腫は、すべての中皮腫の 3 分の 1 を占めるまれな疾患であり、この疾患の分子的特徴については何も知られていません。
主な癌として、遺伝的異質性がありそうです。
このゲノムプロファイリングは、この希少疾患の治療に使用できるバイオマーカーを発見するために、比較ゲノムハイブリダイゼーション (CGH) アレイ、BAP1 シーケンス、および遺伝子発現を関連付けます。
すべての臨床データが利用可能であるため、対応する組織病理学的および免疫組織化学的レポート。
すべてのデータを統合して、次の調査に焦点を当てるいくつかの関心のある遺伝子に下線を引きます.
予備的な結果に応じて、胸膜中皮腫でも説明されているため、BAP1変異が予想されます。
特定の治療法の標的となる可能性のある発がん性ドライバーの変異は、予後不良のこの希少疾患の管理において特に注目されます。
調査の概要
研究の種類
観察的
入学 (実際)
33
参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
18年歳以上 (大人、高齢者)
健康ボランティアの受け入れ
いいえ
受講資格のある性別
全て
サンプリング方法
確率サンプル
調査対象母集団
腹膜中皮腫と診断された患者
説明
包含基準:
- 凍結サンプルを用いた腹膜腫瘍の外科的生検
- 年齢 > 18 歳
除外基準:
- 腹膜中皮腫の欠如
- 凍結サンプルの不在
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
- 観測モデル：コホート
- 時間の展望：回顧
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
|---|---|
|
腹膜中皮腫標本
このグループは、手術後に腹膜中皮腫の診断を受けた患者のみを収容しています。 すべての患者がこのグループに含まれます。 CGH アレイは、凍結サンプルで実現されます (比較ゲノム解析用)。 |
DNA および RNA の抽出は、リヨン大学病院 (ゲノム プラットフォーム) で市販のキットを使用して実行されます。
腫瘍細胞の割合は、抽出前に染色されたセクションによって制御されます。
CGH アレイは、リール (ゲノム プラットフォーム) の凍結サンプルで実現されます。
パンゲノミック アジレント アレイが使用されます。
マイクロアレイには 180000 個のプローブが含まれています。
分析はリール（ゲノムプラットフォーム/バイオインフォマティクス部門）でマリー・ブルベと共に実施されます。
log2変換されたデータからWACA方式で正規化処理を行います。
次に、循環バイナリ セグメンテーションでコピー数のバリエーションを識別します。
コピー数の変動は、log2 比の分布と腫瘍細胞の割合に応じて、増加または欠失と呼ばれます。
一致した腫瘍および正常な DNA を使用すると、コピー数多型が排除されます。
コピー数の変動に基づく腹膜中皮腫の分類を研究するために、教師なし階層分析を構築します。
|
この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
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BAP1 変異
時間枠：0日目
|
CGH アレイ
|
0日目
|
協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
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研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始
2013年5月1日
一次修了 (実際)
2016年1月1日
研究の完了 (実際)
2016年1月1日
試験登録日
最初に提出
2016年4月27日
QC基準を満たした最初の提出物
2016年7月12日
最初の投稿 (見積もり)
2016年7月15日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (見積もり)
2016年7月26日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2016年7月25日
最終確認日
2016年7月1日
詳しくは
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。