Genomisk analyse av peritoneal mesothelioma av CGH Arrays
25. juli 2016 oppdatert av: Hospices Civils de Lyon
Peritoneal mesothelioma er en sjelden sykdom som representerer en tredjedel av alle mesothelioma og ingenting er kjent om molekylære egenskaper ved denne sykdommen.
Som hovedkreftformer er genetisk heterogenitet sannsynlig.
Denne genomiske profileringen assosierer Comparative Genomic Hybridization (CGH) array, BAP1-sekvensering og genuttrykk for å oppdage en biomarkør som kan brukes i behandlingen av denne sjeldne sykdommen.
Tilsvarende histopatologisk og immunhistokjemisk rapport da alle kliniske data er tilgjengelige.
Alle data skal slås sammen for å understreke noen få gener av interesse som vi vil fokusere på våre neste undersøkelser.
Avhengig av våre foreløpige resultater, forventes BAP1-mutasjoner, som det også ble beskrevet i pleuralt mesothelioma.
Mutasjoner i onkogene drivere som kan være målrettet av spesifikk terapi vil være spesielt interessert i behandling av denne sjeldne sykdommen med dårlig prognose.
Studieoversikt
Status
Fullført
Forhold
Intervensjon / Behandling
Studietype
Observasjonsmessig
Registrering (Faktiske)
33
Deltakelseskriterier
Forskere ser etter personer som passer til en bestemt beskrivelse, kalt kvalifikasjonskriterier. Noen eksempler på disse kriteriene er en persons generelle helsetilstand eller tidligere behandlinger.
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
18 år og eldre (Voksen, Eldre voksen)
Tar imot friske frivillige
Nei
Kjønn som er kvalifisert for studier
Alle
Prøvetakingsmetode
Sannsynlighetsprøve
Studiepopulasjon
Pasienter med diagnosen peritoneal mesothelioma
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- kirurgisk biopsi av peritoneal svulst med frosne prøver
- alder > 18 år
Ekskluderingskriterier:
- fravær av peritoneal mesothelioma
- fravær av frosne prøver
Studieplan
Denne delen gir detaljer om studieplanen, inkludert hvordan studien er utformet og hva studien måler.
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Observasjonsmodeller: Kohort
- Tidsperspektiver: Retrospektiv
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Peritoneal mesothelioma prøver
Gruppen har kun pasienter som fikk diagnosen peritoneal mesothelioma etter operasjonen. Alle pasienter er inkludert i denne gruppen. CGH-matrisene vil bli realisert på frosne prøver (for den komparative genomiske analysen). |
DNA- og RNA-ekstraksjon vil bli utført på Lyon Universitetssykehus (genomisk plattform) ved bruk av kommersielt tilgjengelig sett.
Prosentandelen av tumorceller vil bli kontrollert av farget snitt før ekstraksjon.
CGH-arrayene vil bli realisert på frosne prøver i Lille (genomisk plattform).
Pangenomic Agilent array vil bli brukt.
Mikro-array inkluderer 180 000 prober.
Analyse vil bli utført i Lille (genomisk plattform / avdeling for bioinformatikk) med Marie Brevet.
Data vil bli behandlet fra log2-transformerte data til normalisering med WACA-metoden.
Deretter vil kopinummervariasjon bli identifisert med sirkulær binær segmentering.
Variasjoner i kopiantall vil bli kalt forsterkning eller sletting i henhold til log2-ratiofordelingen og prosentandelen av tumorceller.
Bruk av matchet tumoralt og normalt DNA vil eliminere kopinummerpolymorfismer.
Vi vil konstruere ikke-overvåkede hierarkiske analyser for å studere klassifiseringen av peritoneal mesothelioma basert på kopiantallvariasjon
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
BAP1 mutasjoner
Tidsramme: Dag 0
|
CGH-array
|
Dag 0
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Det er her du vil finne personer og organisasjoner som er involvert i denne studien.
Sponsor
Studierekorddatoer
Disse datoene sporer fremdriften for innsending av studieposter og sammendragsresultater til ClinicalTrials.gov. Studieposter og rapporterte resultater gjennomgås av National Library of Medicine (NLM) for å sikre at de oppfyller spesifikke kvalitetskontrollstandarder før de legges ut på det offentlige nettstedet.
Studer hoveddatoer
Studiestart
1. mai 2013
Primær fullføring (Faktiske)
1. januar 2016
Studiet fullført (Faktiske)
1. januar 2016
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
27. april 2016
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
12. juli 2016
Først lagt ut (Anslag)
15. juli 2016
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Anslag)
26. juli 2016
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
25. juli 2016
Sist bekreftet
1. juli 2016
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Nøkkelord
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- D50828
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .