腸内細菌科のQnr遺伝子

腸内細菌科における多剤耐性は、患者の治療において繰り返し懸念される問題です。 拡張スペクトルβ-ラクタマーゼ（ESBL）を産生する細菌は、その伝染病の性質を考慮して、広範で費用のかかる予防措置の対象となります。 最初に記載された ESBL の遺伝子位置は、アミノグリコシドに対する耐性としばしば関連する、ある種から別の種に転移できるプラスミドでした。 キノロン耐性は転移しなかった。 1998年に、キノロン類からギラーゼとトポイソメラーゼIVを保護するタンパク質をコードするqnr Aプラスミド遺伝子を保有する肺炎桿菌が発見された。 しかし、他のキノロン耐性機構が関連していないこの遺伝子を保有する株によって達成されるシプロフロキサシン MIC レベルは、低いままです。 ただし、他のキノロン耐性機構を欠く大腸菌のシプロフロキサシン MIC は、qnr の種類に応じて 0.003 mg / L から 0.25 mg / L になる可能性があります。 現在、3 種類の qnr 遺伝子が記載されており、いくつかの変異体 (qnrA (n = 6)、qnrB (n = 10)、および qnrS (n = 2)) を持つタンパク質をコードしています。 qnrA および qnrB 遺伝子は、54 ～ 180 kb のプラスミドによって運ばれます。 プラスミドDNA上の遺伝子環境は、クラス1インテグロンまたはタイプsul1と呼ばれる遺伝子環境です。 しかし、qnrS を運ぶ配列決定されたプラスミドはインテグロン様構造を持っていません。 これらの遺伝子は、他の遺伝子よりも ESBL 株を産生する腸内細菌科の株に多く見られます。 これまで観察されている有病率は低いですが、一部の研究では有病率が増加しています。 我々は、2004年にシャンパーニュ・アルデンヌで分離された138株中9株(6.5%)でqnrを観察しており、これにはEnterobacter cloacaeの10株中4株が含まれている。 さらに、qnrA 遺伝子の存在により、高レベルのキノロン耐性に対する変異体の選択が促進されることが in vitro で示されています。 したがって、一部の著者によって報告されたこの遺伝子の有病率の増加傾向を考慮すると、モニタリングを確立し、これらの株の出現を促進する要因を特定する必要があります。 研究の目的は、ESBL産生株内のqnr遺伝子の蔓延の進化を観察し、流行性クローン株の出現を検出し、これらの遺伝子の危険因子の出現を探すことである。 これらの遺伝子の有病率が低いことを考慮すると、研究には、2008 年 4 月 1 日から 2009 年 3 月 31 日まで東部地域の 9 つの病院間で組織される多施設研究が含まれます。 したがって、これは臨床生物学の目的である記述研究です: - これらの遺伝子の十分な数の生産菌株を収集すること、 - それらの異なる変異体を特徴付けること (CHU Reims)、 - これらの遺伝子に関連している可能性のあるクローンを同定すること (ブザンソン大学病院) 、 - それらの遺伝的環境を研究する (CHU Dijon)、 - それらの存在に有利な臨床因子と抗生物質治療を探す。 5 CHU inter 地域および CH 4、コルマール、ヴズール、トロワ、シャルルヴィルで 1 年間特定されたすべての ESBL 産生腸内細菌科分離株は、ランス大学病院の細菌学研究室に集中管理されます。 重複しない分離株が含まれます（患者の耐性表現型ごとに、種ごと、月ごとに 1 つの分離株）。 この期間には600のESBL産生株が予想されており、そのうち50株が遺伝子qnrを保有している。 臨床研究は遡及的な記録です。 qnrを保有する分離株を有する各患者について、「症例」との年齢差が10歳未満である同じ病院の対照患者2名が、ESBL産生腸内細菌科を有する患者のリストに抽出される。 そして150人の患者記録が研究に含まれる予定だ。 qnr 遺伝子の並行配列決定により、それらの正確な同定が可能になり、変異が強調表示されます。 キノロン系 MIC は、抵抗レベルの上昇を検出するために測定されます。 研究の残りの部分には、配列決定による ESBL の同定が含まれます。 qnrの遺伝環境の研究は、その伝播を促進する遺伝因子（プラスミド、インテグロン）、文献データと比較した変動性を検出するために、遺伝子型および種ごとに1つの分離株に対して実施され、追加の疫学マーカーが得られます。 分離株のジェノタイピングにより、流行性クローンの可能性が明らかになります。 大腸菌の系統群はブザンソン大学病院で決定されます。 大腸菌株の分布。 異なる系統群間で qnr を持つ大腸菌を、qnr を持たない ESBL 株の中から抽出された大腸菌の多数の分離株と比較します (1 つのケースに対して 2 つの対照)。 ファイルから記録される主な臨床パラメーターは、入院の理由、主な基礎疾患、ESBL 細菌の分離前後の抗生物質治療などです。 それは、遺伝子qnrを持っている株が、幹が持たない特定の分子に対して統計的により耐性があるかどうかを決定します。