Qnr-gener i Enterobacteriaceae

Multimedikamentresistensen hos Enterobacteriaceae er en tilbakevendende bekymring for behandling av pasienter. Gitt deres epidemiske karakter, er bakteriene som produserer utvidet spektrum beta-laktamase (ESBL) utsatt for omfattende og kostbare forebyggende tiltak. Genplassering av den først beskrevne ESBL var plasmider som kunne overføres fra en art til en annen ofte assosiert med resistens mot aminoglykosid. Kinolonresistens var ikke overførbar. I 1998 ble det oppdaget en Klebsiella pneumoniae som bærer et qnr A-plasmidgen som koder for et protein som beskytter giraser og topoisomerase IV mot kinoloner. Likevel forblir nivåene av ciprofloksacin MIC oppnådd av stammer som huser dette genet uten noen annen kinolonresistensmekanisme, lave. Imidlertid kan ciprofloxacin-MIC-ene for Escherichia coli som mangler noen annen kinolonresistensmekanisme gå fra 0,003 mg/l til 0,25 mg/l, avhengig av typen qnr. For tiden er tre typer qnr-gener beskrevet, som koder for proteiner som har flere varianter (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) og qnrS (n = 2). qnrA- og qnrB-genene bæres av plasmider på 54-180 kb. Genmiljø på plasmid DNA er det av klasse 1 integron eller Type sul1 kalt. Imidlertid har de sekvenserte plasmidene som bærer qnrS ikke integronlignende strukturer. Disse genene er mer vanlige i Enterobacteriaceae-stammene som produserer ESBL-stammer enn i de andre. Den lave prevalensen som er observert til dags dato, øker i noen studier. Vi har observert qnr i 9 av 138 (6,5 %) stammer isolert i Champagne-Ardenne i 2004, inkludert 4 av 10 stammer av Enterobacter cloacae. Videre har det blitt vist in vitro at tilstedeværelsen av qnrA-genet letter mutantseleksjon for kinolonresistens på høyt nivå. Derfor, gitt den økende trenden i utbredelsen av dette genet rapportert av noen forfattere, er det nødvendig å etablere en overvåking og identifisere faktorer som favoriserer fremveksten av disse stammene. Formålet med studien er å observere utviklingen av prevalensen av qnr-gener i ESBL-produserende stammer, for å oppdage fremveksten av en epidemisk klonal stamme, og se etter fremveksten av risikofaktorer for disse genene. Gitt den lave prevalensen av disse genene, involverer forskningen en multisenterstudie som vil bli organisert på 9 Østregionens intersykehus fra 1. april 2008 til 31. mars 2009. Det er derfor en beskrivende studie som klinisk biologi tar sikte på å: - samle et tilstrekkelig antall produsentstammer av disse genene, - å karakterisere deres forskjellige varianter (CHU Reims), - å identifisere klonene som muligens er assosiert med disse genene (Besançon universitetssykehus) , - For å studere deres genetiske miljø (CHU Dijon), - Søk etter kliniske faktorer og antibiotikabehandlinger som favoriserer deres tilstedeværelse. Alle ESBL-produserende Enterobacteriaceae-isolater, identifisert i 5 CHU interregionen og CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes og Charleville i ett år, vil bli sentralisert ved Bakteriologisk Laboratorium ved Universitetssykehuset i Reims. De ikke-dupliserte isolatene vil bli inkludert (ett isolat per pasientresistensfenotype, etter art og per måned). Det forventes 600 ESBL-produserende stammer i denne perioden, og blant dem 50 stammer som bærer genet qnr. Den kliniske studien er en retrospektiv rekord. For hver pasient med isolat som bærer qnr, vil 2 kontrollpasienter fra samme sykehus med en aldersforskjell på mindre enn 10 år med "case" trekkes inn i listen over pasienter som hadde ESBL-produserende Enterobacteriaceae. Og 150 pasientjournaler skal inkluderes i studien. Parallell sekvensering av qnr-gener vil tillate deres nøyaktige identifikasjon og fremheve varianter. Kinolon-MIC-ene vil bli bestemt for å oppdage enhver økning i resistensnivået. Resten av studien inkluderer ESBL-identifikasjon ved sekvensering. Studiet av det genetiske miljøet til qnr vil bli utført for ett isolat etter gentype og av arter for å oppdage genetiske faktorer som fremmer deres spredning (plasmid, integron), variasjoner sammenlignet med litteraturdata og få ytterligere epidemiologiske markører. Genotyping av isolatene vil fremheve en mulig epidemisk klon. For Escherichia coli vil fylogenetisk gruppe bli bestemt ved universitetssykehuset i Besancon. Fordelingen av E. coli-stammer. coli som bærer qnr blant forskjellige fylogenetiske grupper vil bli sammenlignet med en rekke isolater av Escherichia coli trukket blant ESBL-stammene uten qnr (2 kontroller for 1 tilfelle). De viktigste kliniske parametrene som registreres fra filene vil blant annet være årsak til sykehusinnleggelse, den viktigste underliggende sykdommen, antibiotikabehandling før og etter isolering av ESBL-bakterier. Det vil avgjøre om stammene som bærer genet qnr er statistisk mer motstandsdyktige mot visse molekyler som stammer ikke har.