Geni Qnr nelle Enterobacteriaceae

La resistenza multifarmaco nelle Enterobacteriaceae è una preoccupazione ricorrente per il trattamento dei pazienti. Dato il loro carattere epidemico, i batteri che producono beta-lattamasi a spettro esteso (ESBL) sono soggetti a misure preventive estese e costose. La posizione genica del primo ESBL descritto era costituita da plasmidi che potevano trasferirsi da una specie all'altra, spesso associati alla resistenza all'aminoglicoside. La resistenza ai chinoloni non era trasferibile. Nel 1998 è stata scoperta una Klebsiella pneumoniae portatrice di un gene plasmidico qnr A codificante per una proteina che protegge le girasi e la topoisomerasi IV contro i chinoloni. Tuttavia, i livelli di MIC della ciprofloxacina raggiunti dai ceppi che ospitano questo gene senza alcun altro meccanismo di resistenza ai chinoloni associato, rimangono bassi. Tuttavia, le MIC della ciprofloxacina per Escherichia coli prive di qualsiasi altro meccanismo di resistenza ai chinoloni possono variare da 0,003 mg/L a 0,25 mg/L, a seconda del tipo di qnr. Attualmente sono stati descritti tre tipi di geni qnr, che codificano proteine ​​con diverse varianti (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) e qnrS (n = 2). I geni qnrA e qnrB sono trasportati da plasmidi di 54-180 kb. L'ambiente genico sul DNA plasmidico è quello dell'integrone di classe 1 o di tipo sul1 chiamato. Tuttavia i plasmidi sequenziati che trasportano qnrS non hanno strutture simili agli integroni. Questi geni sono più comuni nei ceppi di Enterobacteriaceae che producono ceppi ESBL rispetto agli altri. Le basse prevalenze osservate fino ad oggi sono in aumento in alcuni studi. Abbiamo osservato qnr in 9 dei 138 (6,5%) ceppi isolati a Champagne-Ardenne nel 2004, inclusi 4 dei 10 ceppi di Enterobacter cloacae. Inoltre è stato dimostrato in vitro che la presenza del gene qnrA ha facilitato la selezione di mutanti per un alto livello di resistenza ai chinoloni. Pertanto, data la tendenza all'aumento della prevalenza di questo gene riportata da alcuni autori, è necessario stabilire un monitoraggio e identificare i fattori che favoriscono l'emergenza di questi ceppi. Lo scopo dello studio è osservare l'evoluzione della prevalenza dei geni qnr all'interno dei ceppi produttori di ESBL, rilevare l'emergere di un ceppo clonale epidemico e cercare l'emergere di fattori di rischio di questi geni. Data la bassa prevalenza di questi geni la ricerca prevede uno studio multicentrico che sarà organizzato su 9 interospedali della regione Est dal 1 aprile 2008 al 31 marzo 2009. Si tratta quindi di uno studio descrittivo che clinicobiologico mira a: - Raccogliere un numero sufficiente di ceppi produttori di questi geni, - Caratterizzare le loro diverse varianti (CHU Reims), - Identificare i cloni eventualmente associati a questi geni (Ospedale Universitario di Besançon) , - Studiare il loro ambiente genetico (CHU Dijon), - Ricercare fattori clinici e trattamenti antibiotici che favoriscono la loro presenza. Tutti gli isolati di Enterobacteriaceae produttori di ESBL, identificati nella regione 5 CHU inter e CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes e Charleville per un anno saranno centralizzati presso il Laboratorio di Batteriologia dell'Ospedale Universitario di Reims. Verranno inclusi gli isolati non duplicati (un isolato per fenotipo di resistenza del paziente, per specie e per mese). In questo periodo sono attesi 600 ceppi produttori di ESBL e tra questi 50 ceppi portatori del gene qnr. Lo studio clinico è una registrazione retrospettiva. Per ogni paziente con un isolato portatore qnr, 2 pazienti di controllo dello stesso ospedale con una differenza di età inferiore a 10 anni con il "caso" verranno estratti nell'elenco dei pazienti che avevano un ESBL produttore di Enterobacteriaceae. E 150 cartelle cliniche saranno incluse nello studio. Il sequenziamento parallelo dei geni qnr consentirà la loro precisa identificazione ed evidenziazione delle varianti. Le MIC dei chinoloni saranno determinate per rilevare qualsiasi aumento del livello di resistenza. Il resto dello studio include l'identificazione di ESBL mediante sequenziamento. Lo studio dell'ambiente genetico di qnr sarà eseguito per un isolato per tipo di gene e per specie per rilevare fattori genetici che promuovono la loro disseminazione (plasmidi, integroni), variabilità rispetto ai dati di letteratura e ottenere ulteriori marcatori epidemiologici. La genotipizzazione degli isolati evidenzierà un possibile clone epidemico. Per Escherichia coli il gruppo filogenetico sarà determinato presso l'Ospedale Universitario di Besançon. La distribuzione dei ceppi di E. coli. coli che portano il qnr tra diversi gruppi filogenetici sarà confrontato con quello di un numero di isolati di Escherichia coli prelevati tra i ceppi ESBL che non hanno qnr (2 controlli per 1 caso). I principali parametri clinici registrati dai file saranno, tra gli altri, il motivo del ricovero, la principale malattia sottostante, il trattamento antibiotico prima e dopo l'isolamento dei batteri ESBL. Si determinerà se i ceppi portatori del gene qnr sono statisticamente più resistenti a certe molecole che derivano dal non possederli.