Gènes Qnr chez les entérobactéries

La multirésistance aux entérobactéries est une préoccupation récurrente pour le traitement des patients. Compte tenu de leur caractère épidémique, les bactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) font l'objet de mesures préventives importantes et coûteuses. La localisation des gènes des premières BLSE décrites était des plasmides qui pouvaient être transférés d'une espèce à une autre souvent associés à une résistance aux aminoglycosides. La résistance aux quinolones n'était pas transférable. En 1998, a été découverte une Klebsiella pneumoniae portant un gène plasmidique qnr A codant pour une protéine protégeant les girases et la topoisomérase IV contre les quinolones. Pourtant, les niveaux de ciprofloxacine MIC atteints par les souches hébergeant ce gène sans aucun autre mécanisme de résistance aux quinolones associé, restent faibles. Cependant, les CMI de la ciprofloxacine pour Escherichia coli dépourvu de tout autre mécanisme de résistance aux quinolones peuvent aller de 0,003 mg/L à 0,25 mg/L, selon le type de qnr. Actuellement, trois types de gènes qnr ont été décrits, codant pour des protéines ayant plusieurs variants (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) et qnrS (n = 2). Les gènes qnrA et qnrB sont portés par des plasmides de 54-180 kb. L'environnement génique sur l'ADN plasmidique est celui de l'intégron de classe 1 ou de type sul1 appelé. Cependant, les plasmides séquencés portant qnrS n'ont pas de structures de type intégron. Ces gènes sont plus fréquents chez les souches d'entérobactéries productrices de BLSE que chez les autres. Les faibles prévalences observées à ce jour, sont en augmentation dans certaines études. Nous avons observé des qnr chez 9 des 138 (6,5%) souches isolées en Champagne-Ardenne en 2004, dont 4 des 10 souches d'Enterobacter cloacae. De plus, il a été démontré in vitro que la présence du gène qnrA facilitait la sélection de mutants pour une résistance de haut niveau aux quinolones. Par conséquent, compte tenu de la tendance à l'augmentation de la prévalence de ce gène rapportée par certains auteurs, il est nécessaire d'établir une surveillance et d'identifier les facteurs favorisant l'émergence de ces souches. L'objectif de l'étude est d'observer l'évolution de la prévalence des gènes qnr au sein des souches productrices de BLSE, de détecter l'émergence d'une souche épidémique clonale, et de rechercher l'émergence de facteurs de risque de ces gènes. Compte tenu de la faible prévalence de ces gènes, cette recherche implique une étude multicentrique qui sera organisée sur les hôpitaux inter hospitaliers de la région 9 Est du 1er avril 2008 au 31 mars 2009. C'est donc une étude descriptive que clinicobiologique vise à : - Recueillir un nombre suffisant de souches productrices de ces gènes, - Caractériser leurs différents variants (CHU Reims), - Identifier les clones éventuellement associés à ces gènes (CHU de Besançon) , - Etudier leur environnement génétique (CHU Dijon), - Rechercher les facteurs cliniques et les traitements antibiotiques favorisant leur présence. Tous les isolats d'entérobactéries productrices de BLSE, identifiés dans l'inter région 5 CHU et CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes et Charleville pendant un an seront centralisés au Laboratoire de Bactériologie du CHU de Reims. Les isolats non dupliqués seront inclus (un isolat par phénotype de résistance du patient, par espèce et par mois). 600 souches productrices de BLSE sont attendues sur cette période et parmi elles 50 souches porteuses du gène qnr. L'étude clinique est un dossier rétrospectif. Pour chaque patient ayant un isolat porteur de qnr, 2 patients témoins du même hôpital ayant une différence d'âge inférieure à 10 ans avec le "cas" seront tirés au sort dans la liste des patients ayant eu une BLSE productrice d'entérobactéries. Et 150 dossiers de patients seront inclus dans l'étude. Le séquençage parallèle des gènes qnr permettra leur identification précise et la mise en évidence des variants. Les CMI des quinolones seront déterminées pour détecter toute augmentation du niveau de résistance. Le reste de l'étude comprend l'identification des BLSE par séquençage. L'étude de l'environnement génétique de qnr sera réalisée pour un isolat par type de gène et par espèce pour détecter les facteurs génétiques favorisant leur dissémination (plasmide, intégron), les variabilités par rapport aux données de la littérature et obtenir des marqueurs épidémiologiques complémentaires. Le génotypage des isolats mettra en évidence un éventuel clone épidémique. Pour Escherichia coli le groupe phylogénétique sera déterminé au CHU de Besançon. La distribution des souches d'E. coli. coli portant le qnr parmi différents groupes phylogénétiques sera comparée à celle d'un certain nombre d'isolats d'Escherichia coli tirés parmi les souches BLSE n'ayant pas de qnr (2 témoins pour 1 cas). Les paramètres cliniques majeurs enregistrés à partir des dossiers seront, entre autres, le motif d'hospitalisation, la principale maladie sous-jacente, le traitement antibiotique avant et après l'isolement des bactéries BLSE. Il déterminera si les souches porteuses du gène qnr sont statistiquement plus résistantes à certaines molécules que celles qui en sont dépourvues.