Qnr-geenit Enterobacteriaceaessa

Enterobacteriaceae-bakteerien monilääkeresistenss on toistuva huolenaihe potilaiden hoidossa. Laajennetun spektrin beetalaktamaasia (ESBL) tuottaviin bakteereihin kohdistuu laajoja ja kalliita ehkäiseviä toimenpiteitä epidemialuonteensa vuoksi. Ensimmäisen kuvatun ESBL:n geenien sijainti olivat plasmideja, jotka saattoivat siirtyä lajista toiseen, usein yhdistettynä aminoglykosidiresistenssiin. Kinoloniresistenssi ei ollut siirrettävissä. Vuonna 1998 löydettiin Klebsiella pneumoniae, joka kantaa qnr A -plasmidigeeniä, joka koodaa proteiinia suojaavia giraaseja ja topoisomeraasi IV:tä kinoloneja vastaan. Kuitenkin siprofloksasiinin MIC-tasot, jotka saavutetaan kannoilla, jotka sisältävät tämän geenin ilman mitään muuta kinoloniresistenssimekanismia, pysyvät alhaisina. Siprofloksasiinin MIC-arvot Escherichia colille, jolta puuttuu mikään muu kinoloniresistenssimekanismi, voivat kuitenkin vaihdella välillä 0,003 mg/l - 0,25 mg/l qnr:n tyypistä riippuen. Tällä hetkellä on kuvattu kolmen tyyppisiä qnr-geenejä, jotka koodaavat proteiineja, joilla on useita muunnelmia (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) ja qnrS (n = 2). qnrA- ja qnrB-geenejä kantavat 54-180 kb:n plasmidit. Plasmidi-DNA:n geeniympäristö on luokan 1 integronin tai tyypin sul1 geeniympäristö. Kuitenkaan sekvensoiduilla plasmideilla, jotka kantavat qnrS:ää, ei ole integronin kaltaisia ​​rakenteita. Nämä geenit ovat yleisempiä ESBL-kantoja tuottavissa Enterobacteriaceae-kannoissa kuin muissa. Tähän mennessä havaitut alhaiset esiintyvuudet ovat lisääntymässä joissakin tutkimuksissa. Olemme havainneet qnr:n 9:ssä 138:sta (6,5 %) Champagne-Ardennessa vuonna 2004 eristetystä kannasta, mukaan lukien 4 10 Enterobacter cloacae -kannasta. Lisäksi on osoitettu in vitro, että qnrA-geenin läsnäolo helpotti mutanttien valintaa korkean tason kinoloniresistenssille. Siksi, kun otetaan huomioon joidenkin tekijöiden ilmoittama tämän geenin esiintyvyyden lisääntyvä trendi, on tarpeen perustaa seuranta ja tunnistaa näiden kantojen syntymistä edistävät tekijät. Tutkimuksen tarkoituksena on havainnoida qnr-geenien esiintyvyyden kehitystä ESBL:ää tuottavien kantojen sisällä, havaita epidemian kloonikannan ilmaantuminen ja etsiä näiden geenien riskitekijöiden ilmaantumista. Kun otetaan huomioon näiden geenien alhainen esiintyvyys, tutkimukseen sisältyy monikeskustutkimus, joka järjestetään 9 itäisen alueen intersairaaloissa 1. huhtikuuta 2008–31. maaliskuuta 2009. Siksi kyseessä on kuvaileva tutkimus, jonka kliinisbiologisena tavoitteena on: - kerätä riittävä määrä näiden geenien tuottajakantoja, - karakterisoida niiden eri variantit (CHU Reims), - tunnistaa kloonit, jotka mahdollisesti liittyvät näihin geeneihin (Besançon University Hospital) , - Tutkia heidän geneettistä ympäristöään (CHU Dijon), - Etsi kliinisiä tekijöitä ja antibioottihoitoja, jotka suosivat niiden läsnäoloa. Kaikki ESBL:ää tuottavat Enterobacteriaceae-isolaatit, jotka on tunnistettu 5 CHU:n välisellä alueella ja CH 4:ssä, Colmarissa, Vesoulissa, Troyesissa ja Charlevillessä yhdeksi vuodeksi, keskitetään Reimsin yliopistollisen sairaalan bakteriologian laboratorioon. Ei-kaksois-isolaatit otetaan mukaan (yksi isolaatti potilasresistenssifenotyyppiä kohti, lajeittain ja kuukausittain). Tänä aikana odotetaan 600 ESBL:ää tuottavaa kantaa ja niiden joukossa 50 kantaa, jotka kantavat geeniä qnr. Kliininen tutkimus on retrospektiivinen tietue. Jokaisesta potilaasta, jolla on isolaatti, joka kantaa qnr:ää, 2 vertailupotilasta samasta sairaalasta, joiden ikäero on alle 10 vuotta ja joilla on "tapaus", arvotaan potilaiden luetteloon, joilla oli ESBL-bakteeria tuottava Enterobacteriaceae. Ja tutkimukseen otetaan mukaan 150 potilaskertomusta. Qnr-geenien rinnakkaissekvensointi mahdollistaa niiden tarkan tunnistamisen ja korostaa muunnelmia. Kinolonien MIC-arvot määritetään havaitsemaan mahdollinen resistenssitason nousu. Loput tutkimuksesta sisältävät ESBL-tunnistuksen sekvensoinnilla. qnr:n geneettisen ympäristön tutkimus tehdään yhdelle isolaatille geenityypeittäin ja lajeittain niiden leviämistä edistävien geneettisten tekijöiden (plasmidi, integroni), vaihteluiden havaitsemiseksi kirjallisuusaineistoon verrattuna ja epidemiologisten lisämarkkerien saamiseksi. Isolaattien genotyypitys tuo esiin mahdollisen epidemian kloonin. Escherichia colin fylogeneettinen ryhmä määritetään Besanconin yliopistollisessa sairaalassa. E. coli -kantojen levinneisyys. colia, joka kantaa qnr:n eri fylogeneettisten ryhmien joukossa, verrataan useisiin Escherichia coli -isolaatteihin, jotka on otettu sellaisten ESBL-kantojen joukosta, joissa ei ole qnr:ää (2 kontrollia 1 tapausta kohti). Tärkeimmät tiedostoista tallennetut kliiniset parametrit tulevat olemaan muun muassa sairaalahoidon syy, pääsairaus, antibioottihoito ennen ja jälkeen ESBL-bakteerien eristämisen. Se määrittää, ovatko geeniä qnr sisältävät kannat tilastollisesti vastustuskykyisempiä tietyille molekyyleille, joilla ei ole kantaa.