Qnr-genen in Enterobacteriaceae

De multidrug-resistentie bij Enterobacteriaceae is een terugkerend probleem bij de behandeling van patiënten. Gezien hun epidemische karakter zijn de bacteriën die extended spectrum beta-lactamase (ESBL's) produceren onderworpen aan uitgebreide en kostbare preventieve maatregelen. Genlocatie van de eerst beschreven ESBL waren plasmiden die van de ene soort naar de andere konden worden overgedragen, vaak geassocieerd met resistentie tegen aminoglycoside. Resistentie tegen chinolon was niet overdraagbaar. In 1998 werd een Klebsiella pneumoniae ontdekt die een qnrA-plasmidegen draagt ​​dat codeert voor een eiwit dat girases en topoisomerase IV beschermt tegen chinolonen. Toch blijven de niveaus van ciprofloxacine MIC die worden bereikt door stammen die dit gen herbergen zonder enig ander geassocieerd chinolonenresistentiemechanisme laag. De MIC's van ciprofloxacine voor Escherichia coli die geen ander chinolonresistentiemechanisme hebben, kunnen echter variëren van 0,003 mg/l tot 0,25 mg/l, afhankelijk van het type qnr. Momenteel zijn er drie soorten qnr-genen beschreven, die coderen voor eiwitten met verschillende varianten (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) en qnrS (n = 2). De qnrA- en qnrB-genen worden gedragen door plasmiden van 54-180 kb. Genomgeving op plasmide-DNA wordt die van klasse 1 integron of type sul1 genoemd. De gesequenced plasmiden die qnrS dragen hebben echter geen integronachtige structuren. Deze genen komen vaker voor bij de Enterobacteriaceae-stammen die ESBL-stammen produceren dan bij de andere. De tot nu toe waargenomen lage prevalenties nemen in sommige onderzoeken toe. We hebben qnr waargenomen in 9 van de 138 (6,5%) stammen die in 2004 in Champagne-Ardenne werden geïsoleerd, waaronder 4 van de 10 stammen van Enterobacter cloacae. Bovendien is in vitro aangetoond dat de aanwezigheid van het qnrA-gen de selectie van mutanten voor chinolonresistentie op hoog niveau vergemakkelijkte. Daarom is het, gezien de stijgende trend in de prevalentie van dit gen die door sommige auteurs wordt gerapporteerd, noodzakelijk om toezicht te houden en factoren te identificeren die de opkomst van deze stammen bevorderen. Het doel van de studie is om de evolutie van de prevalentie van qnr-genen in ESBL-producerende stammen te observeren, de opkomst van een epidemische klonale stam te detecteren en te zoeken naar de opkomst van risicofactoren van deze genen. Gezien de lage prevalentie van deze genen betreft dit onderzoek een multicenter studie die van 1 april 2008 tot 31 maart 2009 zal worden georganiseerd in 9 interziekenhuizen van de regio Oost. Het is dus een beschrijvende studie die klinisch-biologisch beoogt: - Een voldoende aantal producerende stammen van deze genen te verzamelen, - Hun verschillende varianten te karakteriseren (CHU Reims), - De klonen te identificeren die mogelijk geassocieerd zijn met deze genen (Universitair Ziekenhuis van Besançon). , - Om hun genetische omgeving te bestuderen (CHU Dijon), - Zoek naar klinische factoren en antibiotische behandelingen die hun aanwezigheid bevorderen. Alle ESBL-producerende Enterobacteriaceae-isolaten, geïdentificeerd in de 5 CHU interregio en CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes en Charleville gedurende een jaar, zullen worden gecentraliseerd in het Bacteriologisch Laboratorium van het Universitair Ziekenhuis van Reims. De niet-dubbele isolaten zullen worden opgenomen (één isolaat per resistentiefenotype van de patiënt, per soort en per maand). In deze periode worden 600 ESBL-producerende stammen verwacht, waaronder 50 stammen die het gen qnr dragen. De klinische studie is een retrospectief verslag. Voor elke patiënt met een isolaat dat qnr draagt, worden 2 controlepatiënten uit hetzelfde ziekenhuis met een leeftijdsverschil van minder dan 10 jaar met het "geval" opgenomen in de lijst van patiënten die een ESBL-producerende Enterobacteriaceae hadden. En 150 patiëntendossiers zullen in het onderzoek worden opgenomen. Parallelle sequencing van qnr-genen zal hun precieze identificatie en highlight-varianten mogelijk maken. De MIC's van de chinolonen zullen worden bepaald om elke verhoging van het resistentieniveau te detecteren. De rest van het onderzoek omvat ESBL-identificatie door sequencing. De studie van de genetische omgeving van qnr zal worden uitgevoerd voor één isolaat per gentype en per soort voor het detecteren van genetische factoren die hun verspreiding bevorderen (plasmide, integron), variabiliteit vergeleken met de literatuurgegevens en aanvullende epidemiologische markers verkrijgen. Genotypering van de isolaten zal een mogelijke epidemische kloon aan het licht brengen. Voor Escherichia coli zal de fylogenetische groep bepaald worden in het Universitair Ziekenhuis van Besançon. De verspreiding van E. coli-stammen. coli die de qnr dragen tussen verschillende fylogenetische groepen zal worden vergeleken met die van een aantal isolaten van Escherichia coli getrokken uit de ESBL-stammen zonder qnr (2 controles voor 1 geval). De belangrijkste klinische parameters die uit de dossiers worden vastgelegd, zijn onder meer de reden voor ziekenhuisopname, de belangrijkste onderliggende ziekte, antibioticabehandeling voor en na de isolatie van ESBL-bacteriën. Het zal bepalen of de stammen die het gen qnr dragen statistisch gezien resistenter zijn tegen bepaalde moleculen die stam niet hebben.