Qnr-Gene in Enterobacteriaceae

Die Multiresistenz bei Enterobacteriaceae ist ein wiederkehrendes Problem bei der Behandlung von Patienten. Aufgrund ihres epidemischen Charakters unterliegen die Bakterien, die Beta-Lactamase mit erweitertem Spektrum (ESBLs) produzieren, umfangreichen und kostspieligen Präventionsmaßnahmen. Der Genort der zuerst beschriebenen ESBL waren Plasmide, die von einer Art auf eine andere übertragen werden konnten, was häufig mit einer Resistenz gegenüber Aminoglykosiden einherging. Die Chinolonresistenz war nicht übertragbar. Im Jahr 1998 wurde ein Klebsiella pneumoniae entdeckt, der ein qnr-A-Plasmidgen trägt, das für ein Protein kodiert, das Girasen und Topoisomerase IV vor Chinolonen schützt. Dennoch bleiben die Werte der Ciprofloxacin-MHK, die von Stämmen erreicht werden, die dieses Gen tragen, ohne dass ein anderer Chinolon-Resistenzmechanismus damit verbunden ist, niedrig. Allerdings können die Ciprofloxacin-MHK-Werte für Escherichia coli, denen kein anderer Chinolon-Resistenzmechanismus fehlt, je nach QNR-Typ zwischen 0,003 mg/L und 0,25 mg/L liegen. Derzeit wurden drei Arten von qnr-Genen beschrieben, die für Proteine ​​mit mehreren Varianten kodieren (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) und qnrS (n = 2). Die qnrA- und qnrB-Gene werden von Plasmiden von 54–180 kb getragen. Die Genumgebung auf Plasmid-DNA wird als Integron der Klasse 1 oder Typ sul1 bezeichnet. Die sequenzierten Plasmide, die qnrS tragen, weisen jedoch keine Integron-ähnlichen Strukturen auf. Diese Gene kommen bei den Enterobacteriaceae-Stämmen, die ESBL-Stämme produzieren, häufiger vor als bei den anderen. Die bisher beobachteten niedrigen Prävalenzen nehmen in einigen Studien zu. Wir haben qnr bei 9 von 138 (6,5 %) Stämmen beobachtet, die 2004 in Champagne-Ardenne isoliert wurden, darunter 4 von 10 Stämmen von Enterobacter cloacae. Darüber hinaus wurde in vitro gezeigt, dass das Vorhandensein des qnrA-Gens die Mutantenselektion für eine hochgradige Chinolonresistenz erleichtert. Angesichts der von einigen Autoren berichteten zunehmenden Prävalenz dieses Gens ist es daher notwendig, eine Überwachung einzurichten und Faktoren zu identifizieren, die das Auftreten dieser Stämme begünstigen. Der Zweck der Studie besteht darin, die Entwicklung der Prävalenz von qnr-Genen in ESBL-produzierenden Stämmen zu beobachten, das Auftreten eines epidemischen klonalen Stamms zu erkennen und nach dem Auftreten von Risikofaktoren dieser Gene zu suchen. Angesichts der geringen Prävalenz dieser Gene umfasst die Forschung eine multizentrische Studie, die vom 1. April 2008 bis zum 31. März 2009 in neun Krankenhäusern der Ostregion durchgeführt wird. Es handelt sich daher um eine deskriptive Studie, deren klinisch-biologisches Ziel darin besteht, - eine ausreichende Anzahl von Produzentenstämmen dieser Gene zu sammeln, - ihre verschiedenen Varianten zu charakterisieren (CHU Reims), - die möglicherweise mit diesen Genen assoziierten Klone zu identifizieren (Universitätskrankenhaus Besançon). , - Untersuchung ihrer genetischen Umgebung (CHU Dijon), - Suche nach klinischen Faktoren und Antibiotikabehandlungen, die ihr Vorhandensein begünstigen. Alle ESBL-produzierenden Enterobacteriaceae-Isolate, die ein Jahr lang in der Interregion 5 CHU und CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes und Charleville identifiziert wurden, werden im Bakteriologielabor des Universitätsklinikums Reims zentralisiert. Die nicht doppelten Isolate werden einbezogen (ein Isolat pro Resistenzphänotyp des Patienten, pro Spezies und pro Monat). In diesem Zeitraum werden 600 ESBL-produzierende Stämme erwartet, darunter 50 Stämme, die das Gen qnr tragen. Bei der klinischen Studie handelt es sich um eine retrospektive Aufzeichnung. Für jeden Patienten mit einem Isolat, das qnr trägt, werden 2 Kontrollpatienten aus demselben Krankenhaus mit einem Altersunterschied von weniger als 10 Jahren zum „Fall“ in die Liste der Patienten aufgenommen, die ein ESBL hatten, das Enterobacteriaceae produziert. Und 150 Patientenakten werden in die Studie einbezogen. Die parallele Sequenzierung von qnr-Genen ermöglicht deren genaue Identifizierung und Hervorhebung von Varianten. Die Chinolon-MICs werden bestimmt, um einen Anstieg des Resistenzniveaus festzustellen. Der Rest der Studie umfasst die ESBL-Identifizierung durch Sequenzierung. Die Untersuchung der genetischen Umgebung von qnr wird für ein Isolat nach Gentyp und nach Spezies durchgeführt, um genetische Faktoren zu erkennen, die ihre Verbreitung fördern (Plasmid, Integron), Variabilitäten mit den Literaturdaten zu vergleichen und zusätzliche epidemiologische Marker zu erhalten. Die Genotypisierung der Isolate wird einen möglichen epidemischen Klon aufzeigen. Für Escherichia coli wird die phylogenetische Gruppe am Universitätskrankenhaus Besançon bestimmt. Die Verbreitung von E. coli-Stämmen. E. coli, die das qnr in verschiedenen phylogenetischen Gruppen tragen, werden mit denen einer Reihe von Isolaten von Escherichia coli verglichen, die aus den ESBL-Stämmen ohne qnr gezogen wurden (2 Kontrollen für 1 Fall). Die wichtigsten klinischen Parameter, die aus den Akten erfasst werden, werden unter anderem der Grund für die Krankenhauseinweisung, die wichtigste Grunderkrankung, die Antibiotikabehandlung vor und nach der Isolierung von ESBL-Bakterien sein. Es wird ermittelt, ob die Stämme, die das Gen qnr tragen, statistisch gesehen resistenter gegen bestimmte Moleküle sind, die Stammzellen, die es nicht tragen, resistenter sind.