Гены Qnr у Enterobacteriaceae

Множественная лекарственная устойчивость Enterobacteriaceae является постоянной проблемой при лечении пациентов. Учитывая их эпидемический характер, бактерии, продуцирующие бета-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), подлежат обширным и дорогостоящим профилактическим мерам. Расположение гена первых описанных БЛРС представляло собой плазмиды, которые могли передаваться от одного вида к другому, что часто связано с устойчивостью к аминогликозидам. Резистентность к хинолонам не передавалась. В 1998 году была обнаружена Klebsiella pneumoniae, несущая плазмидный ген qnr A, кодирующий белок, защищающий гиразу и топоизомеразу IV от хинолонов. Тем не менее, уровни MIC ципрофлоксацина, достигаемые штаммами, несущими этот ген без какого-либо другого ассоциированного механизма устойчивости к хинолонам, остаются низкими. Однако МИК ципрофлоксацина для Escherichia coli, лишенного какого-либо другого механизма устойчивости к хинолонам, может варьироваться от 0,003 мг/л до 0,25 мг/л в зависимости от типа qnr. В настоящее время описано три типа генов qnr, кодирующих белки, имеющие несколько вариантов (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) и qnrS (n = 2). Гены qnrA и qnrB несут плазмиды размером 54-180 т.п.н. Генное окружение плазмидной ДНК представляет собой окружение интегрона класса 1 или называемого типа sul1. Однако секвенированные плазмиды, несущие qnrS, не имеют интегроноподобных структур. Эти гены чаще встречаются у штаммов Enterobacteriaceae, продуцирующих штаммы ESBL, чем у других. Низкая распространенность, наблюдаемая до настоящего времени, увеличивается в некоторых исследованиях. Мы наблюдали qnr у 9 из 138 (6,5%) штаммов, выделенных в Шампани-Арденны в 2004 г., включая 4 из 10 штаммов Enterobacter cloacae. Кроме того, in vitro было показано, что присутствие гена qnrA облегчает отбор мутантов на устойчивость к хинолонам высокого уровня. Поэтому, учитывая тенденцию к увеличению распространенности этого гена, о которой сообщают некоторые авторы, необходимо установить мониторинг и выявить факторы, благоприятствующие возникновению этих штаммов. Цель исследования — проследить эволюцию распространенности генов qnr среди штаммов, продуцирующих БЛРС, выявить появление эпидемического клонального штамма и найти факторы риска этих генов. Учитывая низкую распространенность этих генов, данное исследование предполагает многоцентровое исследование, которое будет организовано в 9 интербольницах Восточного региона с 1 апреля 2008 г. по 31 марта 2009 г. Таким образом, клинико-биологическое исследование является описательным: - Собрать достаточное количество штаммов-продуцентов этих генов, - Охарактеризовать их различные варианты (CHU Reims), - Идентифицировать клоны, возможно связанные с этими генами (Университетская клиника Безансона) , - Изучить их генетическую среду (CHU Дижон), - Искать клинические факторы и лечение антибиотиками, благоприятствующие их наличию. Все изоляты Enterobacteriaceae, продуцирующие БЛРС, идентифицированные в межрегиональном регионе 5 CHU и CH 4, Кольмаре, Весуле, Труа и Шарлевиле в течение одного года, будут централизованы в бактериологической лаборатории университетской больницы Реймса. Будут включены неповторяющиеся изоляты (по одному изоляту на фенотип резистентности пациента, по видам и по месяцам). В этот период ожидается 600 штаммов-продуцентов БЛРС, из них 50 штаммов, несущих ген qnr. Клиническое исследование представляет собой ретроспективный отчет. Для каждого пациента с изолятом, несущим qnr, 2 контрольных пациента из той же больницы с разницей в возрасте менее 10 лет со «случаем» будут включены в список пациентов, у которых был БЛРС, продуцирующий Enterobacteriaceae. В исследование будут включены 150 историй болезни пациентов. Параллельное секвенирование генов qnr позволит их точно идентифицировать и выделить варианты. МИК хинолонов определяют для выявления любого повышения уровня резистентности. Остальная часть исследования включает идентификацию БЛРС путем секвенирования. Изучение генетического окружения qnr будет выполнено для одного изолята по типам генов и по видам для выявления генетических факторов, способствующих их распространению (плазмиды, интегроны), вариабельности по сравнению с литературными данными и получения дополнительных эпидемиологических маркеров. Генотипирование изолятов выявит возможный эпидемический клон. Для Escherichia coli филогенетическая группа будет определена в университетской больнице Безансона. Распространение штаммов кишечной палочки. coli, несущие qnr среди различных филогенетических групп, будут сравниваться с изолятами ряда Escherichia coli, выделенными среди штаммов БЛРС, не имеющих qnr (2 контроля на 1 случай). Основными клиническими параметрами, записываемыми из файлов, будут, среди прочего, причина госпитализации, основное основное заболевание, лечение антибиотиками до и после выделения бактерий БЛРС. Это определит, являются ли штаммы, несущие ген qnr, статистически более устойчивыми к определенным молекулам, не имеющим стебля.