Genes Qnr em Enterobacteriaceae

A multirresistência em Enterobacteriaceae é uma preocupação recorrente no tratamento de pacientes. Dado seu caráter epidêmico, as bactérias produtoras de beta-lactamase de espectro estendido (ESBLs) estão sujeitas a extensas e caras medidas preventivas. A localização do gene da primeira ESBL descrita eram plasmídeos que podiam se transferir de uma espécie para outra frequentemente associada à resistência ao aminoglicosídeo. A resistência às quinolonas não era transferível. Em 1998, foi descoberta uma Klebsiella pneumoniae portadora de um gene plasmidial qnr A que codifica uma proteína protetora de girases e topoisomerase IV contra quinolonas. No entanto, os níveis de ciprofloxacina MIC alcançados por cepas que abrigam esse gene sem qualquer outro mecanismo de resistência às quinolonas associado, permanecem baixos. No entanto, as MICs da ciprofloxacina para Escherichia coli sem qualquer outro mecanismo de resistência às quinolonas podem ir de 0,003 mg/L a 0,25 mg/L, dependendo do tipo de qnr. Atualmente, três tipos de genes qnr foram descritos, codificando proteínas com diversas variantes (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) e qnrS (n = 2). Os genes qnrA e qnrB são transportados por plasmídeos de 54-180 kb. O ambiente do gene no DNA do plasmídeo é aquele do integron classe 1 ou Tipo sul1 chamado. No entanto, os plasmídeos sequenciados que transportam qnrS não possuem estruturas do tipo integron. Esses genes são mais comuns nas cepas de Enterobacteriaceae produtoras de cepas ESBL do que nas demais. As baixas prevalências observadas até o momento estão aumentando em alguns estudos. Observamos qnr em 9 de 138 (6,5%) cepas isoladas em Champagne-Ardenne em 2004, incluindo 4 de 10 cepas de Enterobacter cloacae. Além disso, foi demonstrado in vitro que a presença do gene qnrA facilitou a seleção de mutantes para resistência de alto nível às quinolonas. Portanto, dada a tendência de aumento da prevalência desse gene relatada por alguns autores, é necessário estabelecer um monitoramento e identificar fatores que favoreçam o surgimento dessas cepas. O objetivo do estudo é observar a evolução da prevalência dos genes qnr nas cepas produtoras de ESBL, detectar o surgimento de uma cepa clonal epidêmica e procurar o surgimento de fatores de risco desses genes. Dada a baixa prevalência destes genes, essa investigação envolve um estudo multicêntrico que será organizado em 9 hospitais inter-hospitalares da região leste de 1 de abril de 2008 a 31 de março de 2009. É, portanto, um estudo descritivo que visa clinicobiológico: - Recolher um número suficiente de estirpes produtoras destes genes, - Caracterizar as suas diferentes variantes (CHU Reims), - Identificar os clones possivelmente associados a estes genes (Besançon University Hospital) , - Estudar seu ambiente genético (CHU Dijon), - Procurar fatores clínicos e tratamentos com antibióticos que favoreçam sua presença. Todos os isolados de Enterobacteriaceae produtores de ESBL, identificados na inter região 5 CHU e CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes e Charleville por um ano serão centralizados no Laboratório de Bacteriologia do Hospital Universitário de Reims. Serão incluídos os isolados não duplicados (um isolado por fenótipo de resistência do paciente, por espécie e por mês). São esperadas 600 cepas produtoras de ESBL neste período e entre elas 50 cepas portadoras do gene qnr. O estudo clínico é um registro retrospectivo. Para cada paciente com um isolado portador de qnr, 2 pacientes controle do mesmo hospital com uma diferença de idade de menos de 10 anos com o "caso" serão sorteados na lista de pacientes que tiveram uma Enterobacteriaceae produtora de ESBL. E 150 registros de pacientes serão incluídos no estudo. O sequenciamento paralelo de genes qnr permitirá sua identificação precisa e variantes de destaque. As MICs das quinolonas serão determinadas para detectar qualquer aumento no nível de resistência. O restante do estudo inclui a identificação de ESBL por sequenciamento. O estudo do ambiente genético de qnr será realizado para um isolado por tipo gênico e por espécie para detecção de fatores genéticos que promovam sua disseminação (plasmídeo, integron), variabilidades comparadas com dados da literatura e obtenção de marcadores epidemiológicos adicionais. A genotipagem dos isolados destacará um possível clone epidêmico. Para Escherichia coli o grupo filogenético será determinado no Hospital Universitário de Besançon. A distribuição de cepas de E. coli. coli carregando o qnr entre diferentes grupos filogenéticos serão comparados com o número de isolados de Escherichia coli desenhados entre as cepas ESBL sem qnr (2 controles para 1 caso). Os principais parâmetros clínicos registrados nos arquivos serão, entre outros, o motivo da internação, a principal doença de base, o tratamento com antibióticos antes e depois do isolamento da bactéria ESBL. Ele determinará se as cepas portadoras do gene qnr são estatisticamente mais resistentes a certas moléculas que não possuem.