Geny Qnr u ​​Enterobacteriaceae

Mnohočetná léková rezistence u Enterobacteriaceae je opakovaným problémem při léčbě pacientů. Bakterie produkující rozšířené spektrum beta-laktamázy (ESBL) jsou vzhledem ke svému epidemickému charakteru předmětem rozsáhlých a nákladných preventivních opatření. Umístění genu prvního popsaného ESBL byly plazmidy, které se mohly přenést z jednoho druhu na druhý, často spojené s rezistencí na aminoglykosidy. Chinolonová rezistence nebyla přenosná. V roce 1998 byla objevena Klebsiella pneumoniae nesoucí plazmidový gen qnr A kódující protein chránící girasy a topoizomerázu IV proti chinolonům. Přesto hladiny MIC ciprofloxacinu dosažené kmeny nesoucími tento gen bez jakéhokoli jiného mechanismu rezistence na chinolony zůstávají nízké. Nicméně MIC ciprofloxacinu pro Escherichia coli bez jakéhokoli jiného mechanismu rezistence na chinolon se mohou pohybovat od 0,003 mg/l do 0,25 mg/l, v závislosti na typu qnr. V současné době byly popsány tři typy genů qnr, které kódují proteiny s několika variantami (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) a qnrS (n = 2). Geny qnrA a qnrB jsou neseny plasmidy o velikosti 54-180 kb. Genové prostředí na plazmidové DNA je prostředí integronu třídy 1 nebo nazývaného typu sul1. Sekvenované plazmidy nesoucí qnrS však nemají struktury podobné integronu. Tyto geny jsou běžnější u kmenů Enterobacteriaceae produkujících kmeny ESBL než u ostatních. Nízké prevalence, které byly dosud pozorovány, se v některých studiích zvyšují. Pozorovali jsme qnr u 9 ze 138 (6,5 %) kmenů izolovaných v Champagne-Ardenne v roce 2004, včetně 4 z 10 kmenů Enterobacter cloacae. Dále bylo in vitro ukázáno, že přítomnost genu qnrA usnadnila selekci mutantů pro vysokou hladinu chinolonové rezistence. Vzhledem k rostoucímu trendu prevalence tohoto genu uváděném některými autory je proto nutné zavést monitoring a identifikovat faktory podporující vznik těchto kmenů. Účelem studie je sledovat vývoj prevalence genů qnr v kmenech produkujících ESBL, detekovat vznik epidemického klonálního kmene a hledat vznik rizikových faktorů těchto genů. Vzhledem k nízkému výskytu těchto genů zahrnuje výzkum multicentrickou studii, která bude organizována v 9 mezinemocnicích východního regionu od 1. dubna 2008 do 31. března 2009. Jde tedy o deskriptivní studii, jejímž cílem klinickobiologické studie je: - shromáždit dostatečný počet produkčních kmenů těchto genů, - charakterizovat jejich různé varianty (CHU Reims), - identifikovat klony, které mohou být spojeny s těmito geny (Besançon University Hospital) , - Studovat jejich genetické prostředí (CHU Dijon), - Hledej klinické faktory a antibiotickou léčbu podporující jejich přítomnost. Všechny izoláty Enterobacteriaceae produkující ESBL, identifikované v mezioblasti 5 CHU a CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes a Charleville po dobu jednoho roku, budou centralizovány v bakteriologické laboratoři Fakultní nemocnice v Remeši. Budou zahrnuty neduplikované izoláty (jeden izolát na fenotyp rezistence pacienta, podle druhu a měsíce). V tomto období se očekává 600 kmenů produkujících ESBL a mezi nimi 50 kmenů nesoucích gen qnr. Klinická studie je retrospektivní záznam. Pro každého pacienta s izolátem nesoucím qnr budou do seznamu pacientů, kteří měli ESBL produkující Enterobacteriaceae, vylosováni 2 kontrolní pacienti ze stejné nemocnice s věkovým rozdílem menším než 10 let s „případem“. A do studie bude zahrnuto 150 záznamů pacientů. Paralelní sekvenování genů qnr umožní jejich přesnou identifikaci a zvýraznění variant. Hodnoty MIC chinolonů budou určeny k detekci jakéhokoli zvýšení úrovně rezistence. Zbytek studie zahrnuje identifikaci ESBL sekvenováním. Studium genetického prostředí qnr bude provedeno pro jeden izolát podle genového typu a druhu pro detekci genetických faktorů podporujících jejich šíření (plazmid, integron), variability oproti literárním údajům a získání dalších epidemiologických markerů. Genotypizace izolátů upozorní na možný epidemický klon. Fylogenetická skupina Escherichia coli bude stanovena v Univerzitní nemocnici v Besanconu. Distribuce kmenů E. coli. coli nesoucí qnr mezi různými fylogenetickými skupinami bude porovnána s řadou izolátů Escherichia coli získaných z kmenů ESBL, které nemají qnr (2 kontroly pro 1 případ). Hlavní klinické parametry zaznamenané ze souborů budou mimo jiné důvod hospitalizace, hlavní základní onemocnění, antibiotická léčba před a po izolaci ESBL bakterií. Zjistí, zda jsou kmeny nesoucí gen qnr statisticky odolnější vůči určitým molekulám, které kmen nemají.