Geny Qnr u ​​Enterobacteriaceae

Oporność wielolekowa u Enterobacteriaceae jest powracającym problemem w leczeniu pacjentów. Biorąc pod uwagę ich epidemiczny charakter, bakterie wytwarzające beta-laktamazy o rozszerzonym spektrum działania (ESBL) podlegają szeroko zakrojonym i kosztownym środkom zapobiegawczym. Lokalizacja genu pierwszego opisanego ESBL to plazmidy, które mogą przenosić się z jednego gatunku do drugiego, co często wiąże się z opornością na aminoglikozydy. Oporność na chinolony nie była przenoszona. W 1998 roku odkryto Klebsiella pneumoniae niosącą gen plazmidowy qnr A kodujący białko chroniące girazy i topoizomerazę IV przed chinolonami. Jednak poziomy MIC ciprofloksacyny osiągane przez szczepy posiadające ten gen bez żadnego innego mechanizmu oporności na chinolony pozostają niskie. Jednak wartości MIC cyprofloksacyny dla Escherichia coli, u których nie występuje żaden inny mechanizm oporności na chinolony, mogą wynosić od 0,003 mg/l do 0,25 mg/l, w zależności od rodzaju qnr. Obecnie opisano trzy typy genów qnr, kodujących białka mające kilka wariantów (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) i qnrS (n = 2). Geny qnrA i qnrB są przenoszone przez plazmidy o wielkości 54-180 kb. Środowisko genów na plazmidowym DNA jest środowiskiem integronu klasy 1 lub typu sul1. Jednak sekwencjonowane plazmidy niosące qnrS nie mają struktur podobnych do integronów. Geny te są bardziej powszechne w szczepach Enterobacteriaceae produkujących szczepy ESBL niż w innych. Obserwowane do tej pory niskie rozpowszechnienie w niektórych badaniach wzrasta. Zaobserwowaliśmy qnr w 9 ze 138 (6,5%) szczepów wyizolowanych w Szampanii-Ardenach w 2004 r., w tym 4 z 10 szczepów Enterobacter cloacae. Ponadto wykazano in vitro, że obecność genu qnrA ułatwia selekcję mutantów pod kątem wysokiej oporności na chinolony. Dlatego też, biorąc pod uwagę obserwowany przez niektórych autorów wzrostowy trend rozpowszechnienia tego genu, konieczne jest prowadzenie monitoringu i identyfikacja czynników sprzyjających pojawianiu się tych szczepów. Celem badania jest obserwacja ewolucji występowania genów qnr w obrębie szczepów wytwarzających ESBL, wykrycie pojawienia się epidemicznego szczepu klonalnego oraz poszukiwanie pojawienia się czynników ryzyka tych genów. Biorąc pod uwagę niską częstość występowania tych genów, badania obejmują badanie wieloośrodkowe, które zostanie zorganizowane w 9 międzyszpitalnych regionach wschodnich od 1 kwietnia 2008 r. do 31 marca 2009 r. Jest to zatem badanie opisowe, którego celem kliniczno-biologicznym jest: - zebranie wystarczającej liczby szczepów produkujących te geny, - scharakteryzowanie ich różnych wariantów (CHU Reims), - zidentyfikowanie klonów prawdopodobnie powiązanych z tymi genami (szpital uniwersytecki w Besançon) , - Badanie ich środowiska genetycznego (CHU Dijon), - Poszukiwanie czynników klinicznych i antybiotykoterapii sprzyjających ich obecności. Wszystkie izolaty Enterobacteriaceae wytwarzające ESBL, zidentyfikowane w 5 CHU między regionami i CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes i Charleville przez jeden rok, zostaną scentralizowane w Laboratorium Bakteriologicznym Szpitala Uniwersyteckiego w Reims. Uwzględnione zostaną nieduplikowane izolaty (jeden izolat na fenotyp oporności pacjenta, według gatunku i miesiąca). W tym okresie spodziewanych jest 600 szczepów wytwarzających ESBL, a wśród nich 50 szczepów niosących gen qnr. Badanie kliniczne jest zapisem retrospektywnym. Dla każdego pacjenta z izolatem niosącym qnr, 2 kontrolnych pacjentów z tego samego szpitala z różnicą wieku mniejszą niż 10 lat z „przypadkiem” zostanie sporządzonych na liście pacjentów, którzy mieli Enterobacteriaceae wytwarzające ESBL. Badanie obejmie 150 rekordów pacjentów. Równoległe sekwencjonowanie genów qnr pozwoli na ich precyzyjną identyfikację i wyróżnienie wariantów. Określone zostaną wartości MIC chinolonów w celu wykrycia jakiegokolwiek wzrostu poziomu oporności. Pozostała część badania obejmuje identyfikację ESBL poprzez sekwencjonowanie. Badanie środowiska genetycznego qnr zostanie przeprowadzone dla jednego izolatu według typu genu i gatunku w celu wykrycia czynników genetycznych sprzyjających ich rozprzestrzenianiu się (plazmid, integron), zmienności w porównaniu z danymi literaturowymi oraz uzyskania dodatkowych markerów epidemiologicznych. Genotypowanie izolatów wskaże możliwy klon epidemiczny. Grupa filogenetyczna Escherichia coli zostanie ustalona w Szpitalu Uniwersyteckim w Besancon. Rozmieszczenie szczepów E. coli. coli niosące qnr wśród różnych grup filogenetycznych zostanie porównane z szeregiem izolatów Escherichia coli wylosowanych spośród szczepów ESBL niemających qnr (2 kontrole na 1 przypadek). Główne parametry kliniczne zarejestrowane z kartoteki będą m.in. przyczyną hospitalizacji, główną chorobą podstawową, antybiotykoterapią przed i po izolacji bakterii ESBL. Pozwoli to ustalić, czy szczepy niosące gen qnr są statystycznie bardziej odporne na niektóre cząsteczki, których nie posiadają.