Qnr gener i Enterobacteriaceae

Multilægemiddelresistensen hos Enterobacteriaceae er en tilbagevendende bekymring for behandlingen af ​​patienter. På grund af deres epidemiske karakter er de bakterier, der producerer udvidet spektrum beta-lactamase (ESBL'er), underlagt omfattende og dyre forebyggende foranstaltninger. Genplacering af den først beskrevne ESBL var plasmider, som kunne overføres fra en art til en anden, ofte forbundet med resistens over for aminoglycosid. Quinolonresistens var ikke overførbar. I 1998 blev der opdaget en Klebsiella pneumoniae, der bærer et qnr A-plasmidgen, der koder for et protein, der beskytter giraser og topoisomerase IV mod quinoloner. Alligevel forbliver niveauerne af ciprofloxacin MIC opnået af stammer, der huser dette gen uden nogen anden quinolonresistensmekanisme forbundet, lave. Imidlertid kan ciprofloxacin-MIC'erne for Escherichia coli, der mangler enhver anden quinolonresistensmekanisme, gå fra 0,003 mg/l til 0,25 mg/l, afhængigt af typen af ​​qnr. I øjeblikket er tre typer af qnr-gener blevet beskrevet, der koder for proteiner med flere varianter (qnrA (n = 6), qnrB (n = 10) og qnrS (n = 2). qnrA- og qnrB-generne bæres af plasmider på 54-180 kb. Genmiljøet på plasmid-DNA er det af klasse 1-integron eller Type sul1 kaldet. De sekventerede plasmider, der bærer qnrS, har imidlertid ikke integronlignende strukturer. Disse gener er mere almindelige i Enterobacteriaceae-stammerne, der producerer ESBL-stammer end i de andre. Den lave prævalens, der er observeret indtil nu, er stigende i nogle undersøgelser. Vi har observeret qnr i 9 ud af 138 (6,5%) stammer isoleret i Champagne-Ardenne i 2004, herunder 4 ud af 10 stammer af Enterobacter cloacae. Det er endvidere blevet vist in vitro, at tilstedeværelsen af ​​qnrA-genet lettede mutantselektion for quinolonresistens på højt niveau. I betragtning af den stigende tendens i udbredelsen af ​​dette gen rapporteret af nogle forfattere, er det derfor nødvendigt at etablere en overvågning og identificere faktorer, der favoriserer fremkomsten af ​​disse stammer. Formålet med undersøgelsen er at observere udviklingen af ​​forekomsten af ​​qnr-gener i ESBL-producerende stammer, at påvise fremkomsten af ​​en epidemisk klonal stamme og se efter fremkomsten af ​​risikofaktorer for disse gener. I betragtning af den lave udbredelse af disse gener involverer forskningen en multicenterundersøgelse, som vil blive organiseret på 9 Østregionens interhospitaler fra 1. april 2008 til 31. marts 2009. Det er derfor en beskrivende undersøgelse, som klinikbiologiske har til formål at: - At indsamle et tilstrækkeligt antal producentstammer af disse gener, - At karakterisere deres forskellige varianter (CHU Reims), - At identificere de kloner, der muligvis er forbundet med disse gener (Besançon Universitetshospital) , - At studere deres genetiske miljø (CHU Dijon), - Søge kliniske faktorer og antibiotikabehandlinger, der favoriserer deres tilstedeværelse. Alle ESBL-producerende Enterobacteriaceae isolater, identificeret i 5 CHU interregionen og CH 4, Colmar, Vesoul, Troyes og Charleville i et år, vil blive centraliseret på Bakteriologisk Laboratorium på Universitetshospitalet i Reims. De ikke-duplikerede isolater vil blive inkluderet (et isolat pr. patientresistensfænotype, efter art og pr. måned). 600 ESBL-producerende stammer forventes i denne periode, og blandt dem 50 stammer, der bærer genet qnr. Det kliniske studie er en retrospektiv optegnelse. For hver patient med et isolat, der bærer qnr, vil 2 kontrolpatienter fra samme hospital med en aldersforskel på mindre end 10 år med "case" blive indtrukket på listen over patienter, der havde en ESBL-producerende Enterobacteriaceae. Og 150 patientjournaler vil indgå i undersøgelsen. Parallel sekventering af qnr-gener vil tillade deres præcise identifikation og fremhæve varianter. Quinolon-MIC'erne vil blive bestemt til at detektere enhver stigning i resistensniveauet. Resten af ​​undersøgelsen omfatter ESBL-identifikation ved sekventering. Undersøgelsen af ​​det genetiske miljø af qnr vil blive udført for et isolat efter gentype og af arter for at påvise genetiske faktorer, der fremmer deres spredning (plasmid, integron), variabiliteter sammenlignet med litteraturdata og få yderligere epidemiologiske markører. Genotyping af isolaterne vil fremhæve en mulig epidemisk klon. For Escherichia coli vil den fylogenetiske gruppe blive bestemt på universitetshospitalet i Besancon. Fordelingen af ​​E. coli-stammer. coli, der bærer qnr blandt forskellige fylogenetiske grupper, vil blive sammenlignet med et antal isolater af Escherichia coli tegnet blandt ESBL-stammerne uden qnr (2 kontroller for 1 tilfælde). De væsentligste kliniske parametre, der registreres fra journalerne, vil blandt andet være årsagen til hospitalsindlæggelse, den vigtigste underliggende sygdom, antibiotikabehandling før og efter isolering af ESBL-bakterier. Det vil afgøre, om de stammer, der bærer genet qnr, er statistisk mere resistente over for visse molekyler, som stammer ikke har.