超毒性および多剤耐性病原体の分子疫学のためのスイス監視データベースの開発
2025年5月13日 更新者:University Hospital, Basel, Switzerland
超毒性感染症および多剤耐性感染症は、多額の医療費、重大な罹患率および死亡率に関連しています。
したがって、超毒性および多剤耐性病原体による発生と伝染を迅速に認識することは、感染制御と公衆衛生にとって重要な優先事項です。主な目標は、人間と獣医の微生物研究所を接続する共有データベースを実装することです。スイスにおけるヒト、動物、環境を含む異なる区画間の伝播と発生の監視など、細菌性病原体の高い時空間分解能を備えた時間分子疫学。
Investigator は、疫学データと病原体の全ゲノム配列を組み合わせることにより、さまざまな病原体のすでに収集されたエンコードされたレトロスペクティブ データセットを分析することを目的としています。
調査の概要
詳細な説明
超毒性感染症および多剤耐性感染症は、多額の医療費、重大な罹患率および死亡率に関連しています。
したがって、強毒性および多剤耐性病原体による発生と伝染を迅速に認識することは、感染制御と公衆衛生にとって重要な優先事項です。
病院の疫学者、感染症と公衆衛生の専門家、微生物学者にとって、発生源の特定は効果的な対策を確立するための重要な第一歩です。
スイスでは、人間、動物、環境の間での病原体の伝播による負担が大きい。
主な目標は、人間と獣医の微生物学研究室を接続する共有データベースを実装することです。これにより、人間、動物、環境を含むさまざまな区画間での伝播と発生の監視など、細菌性病原体の高い時空間分解能を備えたほぼリアルタイムの分子疫学が可能になります。スイス。
Investigator は、疫学データと病原体の全ゲノム配列を組み合わせることにより、さまざまな病原体のすでに収集されたエンコードされたレトロスペクティブ データセットを分析することを目的としています。
研究の種類
観察的
入学 (推定)
10000
連絡先と場所
このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。
研究連絡先
- 名前:Aitana Lebrand, Dr.
- メール:Aitana.Lebrand@sib.swiss
研究連絡先のバックアップ
- 名前:Hans Hirsch, Prof. Dr.
- 電話番号:+41 61 32 86697
- メール:hans.hirsch@unibas.ch
研究場所
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Basel、スイス、4031
- 募集
- University Hospital Basel
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コンタクト:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- 電話番号:+41 61 32 86697
- メール:hans.hirsch@unibas.ch
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主任研究者:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
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Bern、スイス、3012
- 募集
- University of Bern
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コンタクト:
- Vincent Perreten, Prof.
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コンタクト:
- Stephen Leib, Prof.
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主任研究者:
- Vincent Perreten, Prof.
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主任研究者:
- Stephen Leib, Prof.
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Geneva、スイス、1205
- 募集
- University Hospital Geneva
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コンタクト:
- Jacques Schrenzel, Prof.
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コンタクト:
- Laurent Kaiser, Prof.
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主任研究者:
- Laurent Kaiser, Prof.
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主任研究者:
- Jacques Schrenzel, Prof.
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主任研究者:
- Aitana Lebrand, Dr.
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Lausanne、スイス、1011
- 募集
- University Hospital Lausanne CHUV
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コンタクト:
- Gilbert Greub, Prof.
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コンタクト:
- Dominique Blanc, PD Dr.
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主任研究者:
- Gilbert Greub, Prof.
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主任研究者:
- Dominique Blanc, PD Dr.
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Zurich、スイス、8057
- 募集
- University of Zurich
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コンタクト:
- Michael Huber, Dr.
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コンタクト:
- Roger Stephan, Prof.
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主任研究者:
- Michael Huber, Dr.
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主任研究者:
- Roger Stephan, Prof.
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主任研究者:
- Adrian Egli, Prof.
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参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
- 子
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
いいえ
サンプリング方法
確率サンプル
調査対象母集団
• スイスの参加センターからの以下に挙げる病原体を含む細菌性またはウイルス性病原体の定着または感染を有するすべての患者。
説明
包含基準:
- 全ゲノム配列データと利用可能な最小限の疫学、人口統計および臨床データが存在する、細菌性またはウイルス性病原体の定着または感染を有するすべての患者
- 分析に含まれる病原体は次のとおりです。 多剤耐性細菌には、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌 (MRSA)、カルバペネマーゼおよび/または拡張スペクトル ベタラクタマーゼ (ESBL) を産生する腸内細菌科および非発酵細菌 (緑膿菌およびアシネトバクター バウマンニ、バンコマイシン耐性エンテロコッカス フェシウムなど) が含まれます。 、 その他;毒性細菌には、髄膜炎菌、淋菌、結核菌、カンピロバクター属、サルモネラ属、レジオネラ・ニューモフィラ、リステリア・モノサイトゲネス、肺炎球菌などが含まれます。ウイルスには、インフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、エンテロウイルス E68、呼吸器合胞体ウイルスなどが含まれます。
除外基準:
- 研究目的でのデータ使用に対する一般同意またはその他の拒否声明への署名を拒否します。
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
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病原体が定着または感染している患者
全ゲノム配列データと利用可能な最小限の疫学、人口統計および臨床データが存在する、細菌性またはウイルス性病原体の定着または感染を有するすべての患者
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ゲノムアセンブリ。シーケンスタイプの予測 (MLST);プロジェクト内の菌株を迅速に比較するためのコアゲノムMLSTツリー。同じ種に属するすべてのスイス病原体監視プラットフォーム (SPSP) 株を比較するためのコアゲノム一塩基多型 (SNP) ツリー。同じ種および ST 内のすべての SPSP 株を比較するための全ゲノム SNP ツリー。病原体が提出したゲノム内の耐性および毒性因子の予測。タイムツリーと基本再生産数を含む伝達率の計算。機械学習を含む高度な統計手法を使用した古典的な疫学データの分析。
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この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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遺伝的類似性に基づく伝達クラスターの特定。
時間枠:ベースラインでのワンタイム識別
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遺伝的類似性に基づく伝達クラスターの特定。
全ゲノム解読に焦点を当てています。
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ベースラインでのワンタイム識別
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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遺伝子型耐性の検出
時間枠:ベースラインでのワンタイム識別
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遺伝子型耐性の検出 (最小発育阻止濃度 (MIC) またはゾーン直径 (ZD) の測定に基づく in vitro 抗生物質感受性試験 (AST))
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ベースラインでのワンタイム識別
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協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
捜査官
- 主任研究者:Hans Hirsch, Prof. Dr.、Biozentrum, University of Basel
出版物と役立つリンク
研究に関する情報を入力する責任者は、自発的にこれらの出版物を提供します。これらは、研究に関連するあらゆるものに関するものである可能性があります。
一般刊行物
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始 (実際)
2019年9月30日
一次修了 (推定)
2029年12月31日
研究の完了 (推定)
2029年12月31日
試験登録日
最初に提出
2019年11月19日
QC基準を満たした最初の提出物
2019年11月19日
最初の投稿 (実際)
2019年11月21日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
2025年5月14日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2025年5月13日
最終確認日
2025年5月1日
詳しくは
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