Desenvolvimento de um Banco de Dados Suíço de Vigilância para Epidemiologia Molecular de Patógenos Hipervirulentos e Resistentes a Múltiplos Medicamentos
13 de maio de 2025 atualizado por: University Hospital, Basel, Switzerland
Infecções hipervirulentas e multirresistentes estão associadas a custos significativos de saúde, morbidade e mortalidade substanciais.
Portanto, o rápido reconhecimento de surtos e transmissões com patógenos hipervirulentos e multirresistentes é uma prioridade fundamental para o controle de infecções e saúde pública. Epidemiologia molecular com alta resolução espaço-temporal de patógenos bacterianos, como transmissão e vigilância de surtos entre diferentes compartimentos, incluindo humanos, animais e meio ambiente na Suíça.
O investigador visa analisar conjuntos de dados retrospectivos codificados já coletados de vários patógenos, combinando dados epidemiológicos e sequências completas do genoma de patógenos.
Visão geral do estudo
Status
Recrutamento
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
Infecções hipervirulentas e multirresistentes estão associadas a custos significativos de saúde, morbidade e mortalidade substanciais.
Portanto, o rápido reconhecimento de surtos e transmissões com patógenos hipervirulentos e multirresistentes é uma prioridade fundamental para o controle de infecções e saúde pública.
Para epidemiologistas hospitalares, especialistas em doenças infecciosas e saúde pública e microbiologistas, a identificação de uma fonte de surto é um primeiro passo importante para estabelecer contra-medidas eficazes.
Na Suíça, o ônus da transmissão de patógenos entre humanos, animais e meio ambiente é substancial.
O principal objetivo é implementar um banco de dados compartilhado, conectando laboratórios de microbiologia humana e veterinária, o que permitiria epidemiologia molecular quase em tempo real com alta resolução espaço-temporal de patógenos bacterianos, como transmissão e vigilância de surtos entre diferentes compartimentos, incluindo humanos, animais e meio ambiente em Suíça.
O investigador visa analisar conjuntos de dados retrospectivos codificados já coletados de vários patógenos, combinando dados epidemiológicos e sequências completas do genoma de patógenos.
Tipo de estudo
Observacional
Inscrição (Estimado)
10000
Contactos e Locais
Esta seção fornece os detalhes de contato para aqueles que conduzem o estudo e informações sobre onde este estudo está sendo realizado.
Contato de estudo
- Nome: Aitana Lebrand, Dr.
- E-mail: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Estude backup de contato
- Nome: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Número de telefone: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
Locais de estudo
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Basel, Suíça, 4031
- Recrutamento
- University Hospital Basel
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Contato:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Número de telefone: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
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Investigador principal:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
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Bern, Suíça, 3012
- Recrutamento
- University of Bern
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Contato:
- Vincent Perreten, Prof.
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Contato:
- Stephen Leib, Prof.
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Investigador principal:
- Vincent Perreten, Prof.
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Investigador principal:
- Stephen Leib, Prof.
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Geneva, Suíça, 1205
- Recrutamento
- University Hospital Geneva
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Contato:
- Jacques Schrenzel, Prof.
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Contato:
- Laurent Kaiser, Prof.
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Investigador principal:
- Laurent Kaiser, Prof.
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Investigador principal:
- Jacques Schrenzel, Prof.
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Investigador principal:
- Aitana Lebrand, Dr.
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Lausanne, Suíça, 1011
- Recrutamento
- University Hospital Lausanne CHUV
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Contato:
- Gilbert Greub, Prof.
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Contato:
- Dominique Blanc, PD Dr.
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Investigador principal:
- Gilbert Greub, Prof.
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Investigador principal:
- Dominique Blanc, PD Dr.
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Zurich, Suíça, 8057
- Recrutamento
- University of Zurich
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Contato:
- Michael Huber, Dr.
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Contato:
- Roger Stephan, Prof.
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Investigador principal:
- Michael Huber, Dr.
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Investigador principal:
- Roger Stephan, Prof.
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Investigador principal:
- Adrian Egli, Prof.
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Critérios de participação
Os pesquisadores procuram pessoas que se encaixem em uma determinada descrição, chamada de critérios de elegibilidade. Alguns exemplos desses critérios são a condição geral de saúde de uma pessoa ou tratamentos anteriores.
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Filho
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Não
Método de amostragem
Amostra de Probabilidade
População do estudo
• Todos os pacientes com colonizações ou infecções por patógenos bacterianos ou virais, incluindo os patógenos listados abaixo dos centros participantes na Suíça.
Descrição
Critério de inclusão:
- Todos os pacientes com colonizações ou infecções por um patógeno bacteriano ou viral, onde dados completos de sequenciamento do genoma e dados epidemiológicos, demográficos e clínicos mínimos disponíveis
- Os patógenos incluídos na análise são: Bactérias multirresistentes incluem: Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA), Enterobacteriaceae produtoras de carbapenemases e/ou betalactamase de espectro estendido (ESBL) e bactérias não fermentadoras, incluindo Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter baumannii, Enterococcus faecium resistente à vancomicina , e outros; as bactérias virulentas incluem: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes e Streptococcus pneumoniae e outras; Os vírus incluem: vírus da gripe, vírus do sarampo, enterovírus E68, vírus sincicial respiratório e outros.
Critério de exclusão:
- Recuse-se a assinar um consentimento geral ou qualquer outra declaração de recusa contra o uso de dados para fins de pesquisa.
Plano de estudo
Esta seção fornece detalhes do plano de estudo, incluindo como o estudo é projetado e o que o estudo está medindo.
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
|---|---|
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Pacientes com colonização ou infecções por um patógeno
Todos os pacientes com colonizações ou infecções por um patógeno bacteriano ou viral, onde dados completos de sequenciamento do genoma e dados epidemiológicos, demográficos e clínicos mínimos disponíveis
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montagem do genoma; predição do tipo de sequência (MLST); árvore MLST do genoma principal para comparar rapidamente cepas dentro de um projeto; árvore de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) do genoma central para comparar todas as cepas da Plataforma Suíça de Vigilância de Patógenos (SPSP) pertencentes a uma mesma espécie; árvore SNP do genoma inteiro para comparar todas as cepas SPSP dentro da mesma espécie e ST;; predição de fatores de resistência e virulência em genomas submetidos a patógenos; árvores de tempo e cálculo de taxas de transmissão, incluindo número básico de reprodução; análise de dados epidemiológicos clássicos com métodos estatísticos avançados, incluindo aprendizado de máquina.
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Identificação de clusters de transmissão com base na similaridade genética.
Prazo: Identificação única na linha de base
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Identificação de clusters de transmissão com base na similaridade genética.
Com foco no sequenciamento completo do genoma.
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Identificação única na linha de base
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Detecção de Resistência Genotípica
Prazo: Identificação única na linha de base
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Detecção de resistência genotípica (teste de suscetibilidade a antibióticos in vitro (AST) com base na medição da concentração inibitória mínima (MIC) ou diâmetro da zona (ZD))
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Identificação única na linha de base
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Colaboradores e Investigadores
É aqui que você encontrará pessoas e organizações envolvidas com este estudo.
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Publicações e links úteis
A pessoa responsável por inserir informações sobre o estudo fornece voluntariamente essas publicações. Estes podem ser sobre qualquer coisa relacionada ao estudo.
Publicações Gerais
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
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- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
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- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Datas de registro do estudo
Essas datas acompanham o progresso do registro do estudo e os envios de resumo dos resultados para ClinicalTrials.gov. Os registros do estudo e os resultados relatados são revisados pela National Library of Medicine (NLM) para garantir que atendam aos padrões específicos de controle de qualidade antes de serem publicados no site público.
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
30 de setembro de 2019
Conclusão Primária (Estimado)
31 de dezembro de 2029
Conclusão do estudo (Estimado)
31 de dezembro de 2029
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
19 de novembro de 2019
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
19 de novembro de 2019
Primeira postagem (Real)
21 de novembro de 2019
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
14 de maio de 2025
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
13 de maio de 2025
Última verificação
1 de maio de 2025
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Outros números de identificação do estudo
- 2019-01291; qu19Egli5
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Não
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
Não
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