Vývoj švýcarské databáze sledování pro molekulární epidemiologii hypervirulentních a multirezistentních patogenů
13. května 2025 aktualizováno: University Hospital, Basel, Switzerland
Hypervirulentní a multirezistentní infekce jsou spojeny s významnými náklady na zdravotní péči, značnou morbiditou a mortalitou.
Proto je rychlé rozpoznání ohnisek a přenosů hypervirulentním a multirezistentním patogenem klíčovou prioritou pro kontrolu infekcí a veřejné zdraví. Hlavním cílem je implementovat sdílenou databázi propojující humánní a veterinární mikrobiologické laboratoře, která by umožnila téměř reálné -časová molekulární epidemiologie s vysokým časoprostorovým rozlišením bakteriálních patogenů, jako je sledování přenosu a ohniska mezi různými kompartmenty včetně lidí, zvířat a životního prostředí ve Švýcarsku.
Výzkumník si klade za cíl analyzovat již shromážděné zakódované retrospektivní soubory dat různých patogenů kombinací epidemiologických dat a sekvencí celého genomu patogenů.
Přehled studie
Postavení
Nábor
Intervence / Léčba
Detailní popis
Hypervirulentní a multirezistentní infekce jsou spojeny s významnými náklady na zdravotní péči, značnou morbiditou a mortalitou.
Proto je rychlé rozpoznání ohnisek a přenosů hypervirulentním a multirezistentním patogenem klíčovou prioritou pro kontrolu infekcí a veřejné zdraví.
Pro nemocniční epidemiology, odborníky na infekční choroby a veřejné zdraví a mikrobiology je identifikace zdroje ohniska prvním důležitým krokem k zavedení účinných protiměření.
Ve Švýcarsku je břemeno přenosu patogenů mezi lidmi, zvířaty a životním prostředím značné.
Hlavním cílem je implementace sdílené databáze propojující humánní a veterinární mikrobiologické laboratoře, která by umožnila molekulární epidemiologii téměř v reálném čase s vysokým časoprostorovým rozlišením bakteriálních patogenů, jako je sledování přenosu a ohniska mezi různými kompartmenty včetně lidí, zvířat a životního prostředí v Švýcarsko.
Výzkumník si klade za cíl analyzovat již shromážděné zakódované retrospektivní soubory dat různých patogenů kombinací epidemiologických dat a sekvencí celého genomu patogenů.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
10000
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní kontakt
- Jméno: Aitana Lebrand, Dr.
- E-mail: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Studijní záloha kontaktů
- Jméno: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonní číslo: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
Studijní místa
-
-
-
Basel, Švýcarsko, 4031
- Nábor
- University Hospital Basel
-
Kontakt:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonní číslo: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
-
Bern, Švýcarsko, 3012
- Nábor
- University of Bern
-
Kontakt:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Kontakt:
- Stephen Leib, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Švýcarsko, 1205
- Nábor
- University Hospital Geneva
-
Kontakt:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Kontakt:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Švýcarsko, 1011
- Nábor
- University Hospital Lausanne CHUV
-
Kontakt:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Kontakt:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Švýcarsko, 8057
- Nábor
- University of Zurich
-
Kontakt:
- Michael Huber, Dr.
-
Kontakt:
- Roger Stephan, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Michael Huber, Dr.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Roger Stephan, Prof.
-
Vrchní vyšetřovatel:
- Adrian Egli, Prof.
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Metoda odběru vzorků
Ukázka pravděpodobnosti
Studijní populace
• Všichni pacienti s kolonizacemi nebo infekcemi buď bakteriálními nebo virovými patogeny včetně níže uvedených patogenů ze zúčastněných center ve Švýcarsku.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Všichni pacienti s kolonizacemi nebo infekcemi buď bakteriálním nebo virovým patogenem, kde jsou údaje o sekvenování celého genomu a dostupné minimální epidemiologické, demografické a klinické údaje
- Patogeny zahrnuté do analýzy jsou: Multirezistentní bakterie zahrnují: methicilin rezistentní Staphylococcus aureus (MRSA), Enterobacteriaceae produkující karbapenemázu a/nebo betalaktamázu s rozšířeným spektrem (ESBL) a nefermentující bakterie včetně Pseudomonas aeruginosa a Acinetobacter Vancomycincus rezistentní Enterobacteria, Enterobacterium. , a další; virulentní bakterie zahrnují: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes a Streptococcus pneumoniae a další; Mezi viry patří: viry chřipky, virus spalniček, enterovirus E68, respirační syncytiální virus a další.
Kritéria vyloučení:
- Odmítněte podepsat obecný souhlas nebo jakékoli jiné odmítavé prohlášení proti používání dat pro výzkumné účely.
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Pacienti s kolonizací nebo infekcí patogenem
Všichni pacienti s kolonizacemi nebo infekcemi buď bakteriálním nebo virovým patogenem, kde jsou údaje o sekvenování celého genomu a dostupné minimální epidemiologické, demografické a klinické údaje
|
sestavení genomu; predikce typu sekvence (MLST); strom jádrového genomu MLST pro rychlé porovnání kmenů v rámci projektu; strom jádrového genomu jednonukleotidového polymorfismu (SNP) pro porovnání všech kmenů Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) patřících ke stejnému druhu; celý genomový SNP strom pro porovnání všech kmenů SPSP v rámci stejného druhu a ST;; predikce faktorů rezistence a virulence v genomech předložených patogenem; časové stromy a výpočet přenosových rychlostí včetně základního reprodukčního čísla; analýza klasických epidemiologických dat s pokročilými statistickými metodami včetně strojového učení.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Identifikace přenosových shluků na základě genetické podobnosti.
Časové okno: Jednorázová identifikace na základně
|
Identifikace přenosových shluků na základě genetické podobnosti.
Se zaměřením na sekvenování celého genomu.
|
Jednorázová identifikace na základně
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Detekce genotypové rezistence
Časové okno: Jednorázová identifikace na základně
|
Detekce genotypové rezistence (in-vitro test citlivosti na antibiotika (AST) založený na měření minimální inhibiční koncentrace (MIC) nebo průměru zóny (ZD))
|
Jednorázová identifikace na základně
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
30. září 2019
Primární dokončení (Odhadovaný)
31. prosince 2029
Dokončení studie (Odhadovaný)
31. prosince 2029
Termíny zápisu do studia
První předloženo
19. listopadu 2019
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
19. listopadu 2019
První zveřejněno (Aktuální)
21. listopadu 2019
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
14. května 2025
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
13. května 2025
Naposledy ověřeno
1. května 2025
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další identifikační čísla studie
- 2019-01291; qu19Egli5
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .