Sveitsin valvontatietokannan kehittäminen hypervirulenttien ja useille lääkkeille vastustuskykyisten patogeenien molekyyliepidemiologiaa varten
tiistai 13. toukokuuta 2025 päivittänyt: University Hospital, Basel, Switzerland
Hypervirulentit ja monilääkeresistentit infektiot liittyvät merkittäviin terveydenhuoltokustannuksiin, merkittävään sairastumiseen ja kuolleisuuteen.
Siksi hypervirulenttien ja useille lääkkeille resistenttien taudinaiheuttajien epidemioiden ja tartuntojen nopea tunnistaminen on infektioiden hallinnan ja kansanterveyden ensisijainen tavoite. Päätavoitteena on toteuttaa yhteinen tietokanta, joka yhdistää ihmisten ja eläinten mikrobiologian laboratoriot, mikä mahdollistaisi lähes todellisen -aikaista molekyyliepidemiologiaa, jossa bakteeripatogeenien korkea spatiotemporaalinen erottelukyky, kuten leviämisen ja taudinpurkauksen seuranta eri osastojen välillä, mukaan lukien ihmiset, eläimet ja ympäristö Sveitsissä.
Tutkija pyrkii analysoimaan jo kerättyjä koodattuja retrospektiivisiä aineistoja eri taudinaiheuttajista yhdistämällä epidemiologista tietoa ja koko genomisekvenssiä taudinaiheuttajista.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Hypervirulentit ja monilääkeresistentit infektiot liittyvät merkittäviin terveydenhuoltokustannuksiin, merkittävään sairastumiseen ja kuolleisuuteen.
Siksi hypervirulenttien ja useille lääkkeille resistenttien taudinaiheuttajien aiheuttamien epidemioiden ja tartuntojen nopea tunnistaminen on infektioiden hallinnan ja kansanterveyden ensisijainen tavoite.
Sairaalaepidemiologille, infektiotauti- ja kansanterveysasiantuntijoille sekä mikrobiologille epidemian lähteen tunnistaminen on ensimmäinen tärkeä askel tehokkaiden vastamittausten luomiseksi.
Sveitsissä patogeenien leviäminen ihmisten, eläinten ja ympäristön välillä on huomattava.
Päätavoitteena on toteuttaa yhteinen tietokanta, joka yhdistää ihmisten ja eläinten mikrobiologian laboratoriot, mikä mahdollistaisi lähes reaaliaikaisen molekyyliepidemiologian ja korkean spatiotemporaalisen erottelukyvyn bakteeripatogeenien, kuten leviämisen ja taudinpurkauksen seurannan eri osastojen välillä, mukaan lukien ihmiset, eläimet ja ympäristö. Sveitsi.
Tutkija pyrkii analysoimaan jo kerättyjä koodattuja retrospektiivisiä aineistoja eri taudinaiheuttajista yhdistämällä epidemiologista tietoa ja koko genomisekvenssiä taudinaiheuttajista.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
10000
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Aitana Lebrand, Dr.
- Sähköposti: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Puhelinnumero: +41 61 32 86697
- Sähköposti: hans.hirsch@unibas.ch
Opiskelupaikat
-
-
-
Basel, Sveitsi, 4031
- Rekrytointi
- University Hospital Basel
-
Ottaa yhteyttä:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Puhelinnumero: +41 61 32 86697
- Sähköposti: hans.hirsch@unibas.ch
-
Päätutkija:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
-
Bern, Sveitsi, 3012
- Rekrytointi
- University of Bern
-
Ottaa yhteyttä:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Ottaa yhteyttä:
- Stephen Leib, Prof.
-
Päätutkija:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Päätutkija:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Sveitsi, 1205
- Rekrytointi
- University Hospital Geneva
-
Ottaa yhteyttä:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Ottaa yhteyttä:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Päätutkija:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Päätutkija:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Päätutkija:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Sveitsi, 1011
- Rekrytointi
- University Hospital Lausanne CHUV
-
Ottaa yhteyttä:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Ottaa yhteyttä:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Päätutkija:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Päätutkija:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Sveitsi, 8057
- Rekrytointi
- University of Zurich
-
Ottaa yhteyttä:
- Michael Huber, Dr.
-
Ottaa yhteyttä:
- Roger Stephan, Prof.
-
Päätutkija:
- Michael Huber, Dr.
-
Päätutkija:
- Roger Stephan, Prof.
-
Päätutkija:
- Adrian Egli, Prof.
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Näytteenottomenetelmä
Todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
• Kaikki potilaat, joilla on joko kolonisaatioita tai infektioita joko bakteeri- tai viruspatogeenien kanssa, mukaan lukien alla luetellut patogeenit osallistuvista keskuksista Sveitsissä.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Kaikki potilaat, joilla on joko bakteeri- tai viruspatogeenin aiheuttamia kolonisaatioita tai infektioita, joilla on koko genomin sekvensointitiedot ja saatavilla minimaaliset epidemiologiset, demografiset ja kliiniset tiedot
- Analyysissä mukana olevia taudinaiheuttajia ovat: Monelle lääkkeelle resistenttejä bakteereita ovat: metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus (MRSA), karbapenemaasia ja/tai laaja-alaista beetalaktamaasia (ESBL) tuottavat Enterobacteriaceae ja käymättömät bakteerit, mukaan lukien Pseudomonas aeruginosa ja Acinetobacter Entereccccini, Vancocomumanusi , ja muut; virulenttiset bakteerit sisältävät: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes ja Streptococcus pneumoniae ja muut; Viruksia ovat: Influenssavirukset, Tuhkarokkovirus, Enterovirus E68, Respiratory Syncytial Virus ja muut.
Poissulkemiskriteerit:
- Kieltäytyä allekirjoittamasta yleistä suostumusta tai muuta kieltäytyvää lausuntoa tietojen käyttämisestä tutkimustarkoituksiin.
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Potilaat, joilla on kolonisaatiota tai taudinaiheuttajan aiheuttamia infektioita
Kaikki potilaat, joilla on joko bakteeri- tai viruspatogeenin aiheuttamia kolonisaatioita tai infektioita, joilla on koko genomin sekvensointitiedot ja saatavilla minimaaliset epidemiologiset, demografiset ja kliiniset tiedot
|
genomin kokoaminen; sekvenssityypin ennustaminen (MLST); ydingenomin MLST-puu kantoja vertailemaan nopeasti projektin sisällä; ydingenomin yhden nukleotidin polymorfismin (SNP) puu vertaamaan kaikkia samaan lajiin kuuluvia Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) -kantoja; koko genomin SNP-puu vertaamaan kaikkia SPSP-kantoja samassa lajissa ja ST; resistenssi- ja virulenssitekijöiden ennustaminen taudinaiheuttajalle siirretyissä genomeissa; aikapuut ja lähetysnopeuksien laskeminen, mukaan lukien peruskopiointinumero; klassisen epidemiologisen tiedon analysointi kehittyneillä tilastomenetelmillä, mukaan lukien koneoppiminen.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Transmissioklustereiden tunnistaminen geneettisen samankaltaisuuden perusteella.
Aikaikkuna: Kertaluonteinen tunnistaminen lähtötilanteessa
|
Transmissioklustereiden tunnistaminen geneettisen samankaltaisuuden perusteella.
Keskitytään koko genomin sekvensointiin.
|
Kertaluonteinen tunnistaminen lähtötilanteessa
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Genotyyppiresistenssin havaitseminen
Aikaikkuna: Kertaluonteinen tunnistaminen lähtötilanteessa
|
Genotyyppiresistenssin havaitseminen (in vitro antibioottiherkkyystesti (AST), joka perustuu pienimmän estävän pitoisuuden (MIC) tai vyöhykkeen halkaisijan (ZD) mittaamiseen)
|
Kertaluonteinen tunnistaminen lähtötilanteessa
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Maanantai 30. syyskuuta 2019
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Maanantai 31. joulukuuta 2029
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Maanantai 31. joulukuuta 2029
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Tiistai 19. marraskuuta 2019
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 19. marraskuuta 2019
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Torstai 21. marraskuuta 2019
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Keskiviikko 14. toukokuuta 2025
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 13. toukokuuta 2025
Viimeksi vahvistettu
Torstai 1. toukokuuta 2025
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2019-01291; qu19Egli5
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .