Ontwikkeling van een Zwitserse surveillancedatabase voor moleculaire epidemiologie van hypervirulente en multiresistente pathogenen
13 mei 2025 bijgewerkt door: University Hospital, Basel, Switzerland
Hypervirulente en multiresistente infecties gaan gepaard met aanzienlijke kosten voor de gezondheidszorg, aanzienlijke morbiditeit en mortaliteit.
Daarom is de snelle herkenning van uitbraken en overdrachten van hypervirulente en multiresistente ziekteverwekkers een topprioriteit voor infectiebeheersing en volksgezondheid. -time moleculaire epidemiologie met hoge spatiotemporele resolutie van bacteriële pathogenen zoals transmissie en uitbraaksurveillance tussen verschillende compartimenten, waaronder mens, dier en milieu in Zwitserland.
Investigator heeft tot doel reeds verzamelde gecodeerde retrospectieve datasets van verschillende pathogenen te analyseren door epidemiologische gegevens en volledige genoomsequenties van pathogenen te combineren.
Studie Overzicht
Toestand
Werving
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
Hypervirulente en multiresistente infecties gaan gepaard met aanzienlijke kosten voor de gezondheidszorg, aanzienlijke morbiditeit en mortaliteit.
Daarom is de snelle herkenning van uitbraken en overdrachten met hypervirulente en multiresistente pathogenen een topprioriteit voor infectiebeheersing en volksgezondheid.
Voor ziekenhuisepidemiologen, deskundigen op het gebied van infectieziekten en volksgezondheid, en microbiologen is de identificatie van een uitbraakbron een eerste belangrijke stap om effectieve tegenmaatregelen vast te stellen.
In Zwitserland is de belasting van de overdracht van ziekteverwekkers tussen mens, dier en milieu aanzienlijk.
Het hoofddoel is het implementeren van een gedeelde database, die menselijke en veterinaire microbiologische laboratoria met elkaar verbindt, waardoor bijna real-time moleculaire epidemiologie mogelijk wordt met een hoge spatiotemporele resolutie van bacteriële pathogenen zoals transmissie en uitbraakbewaking tussen verschillende compartimenten, waaronder mensen, dieren en het milieu in Zwitserland.
Investigator heeft tot doel reeds verzamelde gecodeerde retrospectieve datasets van verschillende pathogenen te analyseren door epidemiologische gegevens en volledige genoomsequenties van pathogenen te combineren.
Studietype
Observationeel
Inschrijving (Geschat)
10000
Contacten en locaties
In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.
Studiecontact
- Naam: Aitana Lebrand, Dr.
- E-mail: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Studie Contact Back-up
- Naam: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefoonnummer: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
Studie Locaties
-
-
-
Basel, Zwitserland, 4031
- Werving
- University Hospital Basel
-
Contact:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefoonnummer: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
-
Hoofdonderzoeker:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
-
Bern, Zwitserland, 3012
- Werving
- University of Bern
-
Contact:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Contact:
- Stephen Leib, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Zwitserland, 1205
- Werving
- University Hospital Geneva
-
Contact:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Contact:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Zwitserland, 1011
- Werving
- University Hospital Lausanne CHUV
-
Contact:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Contact:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Hoofdonderzoeker:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Zwitserland, 8057
- Werving
- University of Zurich
-
Contact:
- Michael Huber, Dr.
-
Contact:
- Roger Stephan, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Michael Huber, Dr.
-
Hoofdonderzoeker:
- Roger Stephan, Prof.
-
Hoofdonderzoeker:
- Adrian Egli, Prof.
-
-
Deelname Criteria
Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Kind
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Nee
Bemonsteringsmethode
Kanssteekproef
Studie Bevolking
• Alle patiënten met kolonisaties of infecties met bacteriële of virale pathogenen, waaronder de hieronder vermelde pathogenen van deelnemende centra in Zwitserland.
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Alle patiënten met kolonisaties of infecties met een bacterieel of een viraal pathogeen, waarvoor volledige genoomsequencinggegevens beschikbaar zijn en minimale epidemiologische, demografische en klinische gegevens beschikbaar zijn
- Pathogenen die in de analyse zijn opgenomen, zijn: Multiresistente bacteriën omvatten: methicilline-resistente Staphylococcus aureus (MRSA), carbapenemase- en/of extended spectrum betalactamase (ESBL) producerende Enterobacteriaceae en niet-fermenterende bacteriën, waaronder Pseudomonas aeruginosa en Acinetobacter baumannii, Vancomycine-resistente Enterococcus faecium , en anderen; virulente bacteriën omvatten: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes en Streptococcus pneumoniae, en anderen; Virussen omvatten: griepvirussen, mazelenvirus, enterovirus E68, respiratoir syncytieel virus en andere.
Uitsluitingscriteria:
- Weigeren om een algemene toestemming of een andere afwijzende verklaring te ondertekenen tegen het gebruik van gegevens voor onderzoeksdoeleinden.
Studie plan
Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Patiënten met kolonisatie of infecties met een ziekteverwekker
Alle patiënten met kolonisaties of infecties met een bacterieel of een viraal pathogeen, waarvoor volledige genoomsequencinggegevens beschikbaar zijn en minimale epidemiologische, demografische en klinische gegevens beschikbaar zijn
|
genoom assemblage; voorspelling van sequentietype (MLST); kerngenoom MLST-boom om snel stammen binnen een project te vergelijken; kerngenoom single nucleotide polymorphism (SNP) boom om alle Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) stammen die tot dezelfde soort behoren te vergelijken; hele genoom SNP-boom om alle SPSP-stammen binnen dezelfde soort en ST te vergelijken;; voorspelling van resistentie- en virulentiefactoren binnen genomen van pathogenen; tijdbomen en berekening van transmissiesnelheden, inclusief basisreproductiegetal; analyse van klassieke epidemiologische gegevens met geavanceerde statistische methoden, waaronder machine learning.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Identificatie van transmissieclusters op basis van genetische gelijkenis.
Tijdsspanne: Eenmalige identificatie bij baseline
|
Identificatie van transmissieclusters op basis van genetische gelijkenis.
Met focus op sequentiebepaling van het hele genoom.
|
Eenmalige identificatie bij baseline
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Detectie van genotypische resistentie
Tijdsspanne: Eenmalige identificatie bij baseline
|
Detectie van genotypische resistentie (in-vitro antibioticagevoeligheidstest (AST) gebaseerd op het meten van minimale remmende concentratie (MIC) of zonediameter (ZD))
|
Eenmalige identificatie bij baseline
|
Medewerkers en onderzoekers
Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.
Medewerkers
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Publicaties en nuttige links
De persoon die verantwoordelijk is voor het invoeren van informatie over het onderzoek stelt deze publicaties vrijwillig ter beschikking. Dit kan gaan over alles wat met het onderzoek te maken heeft.
Algemene publicaties
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Studie record data
Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
30 september 2019
Primaire voltooiing (Geschat)
31 december 2029
Studie voltooiing (Geschat)
31 december 2029
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
19 november 2019
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
19 november 2019
Eerst geplaatst (Werkelijk)
21 november 2019
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
14 mei 2025
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
13 mei 2025
Laatst geverifieerd
1 mei 2025
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Andere studie-ID-nummers
- 2019-01291; qu19Egli5
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Nee
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Nee
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .