Разработка Швейцарской базы данных эпиднадзора за молекулярной эпидемиологией гипервирулентных и полирезистентных патогенов
13 мая 2025 г. обновлено: University Hospital, Basel, Switzerland
Гипервирулентные инфекции и инфекции с множественной лекарственной устойчивостью связаны со значительными затратами на здравоохранение, значительной заболеваемостью и смертностью.
Поэтому быстрое распознавание вспышек и случаев передачи гипервирулентных и полирезистентных возбудителей является ключевым приоритетом для инфекционного контроля и общественного здравоохранения. -временная молекулярная эпидемиология с высоким пространственно-временным разрешением бактериальных патогенов, таких как наблюдение за передачей и вспышками между различными компартментами, включая людей, животных и окружающую среду в Швейцарии.
Исследователь стремится проанализировать уже собранные закодированные ретроспективные наборы данных о различных патогенах, объединив эпидемиологические данные и последовательности всего генома патогенов.
Обзор исследования
Статус
Рекрутинг
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Гипервирулентные инфекции и инфекции с множественной лекарственной устойчивостью связаны со значительными затратами на здравоохранение, значительной заболеваемостью и смертностью.
Таким образом, быстрое распознавание вспышек и случаев передачи гипервирулентных и полирезистентных возбудителей является ключевым приоритетом для инфекционного контроля и общественного здравоохранения.
Для больничных эпидемиологов, специалистов по инфекционным заболеваниям и общественному здравоохранению, а также микробиологов идентификация источника вспышки является первым важным шагом на пути к принятию эффективных контрмер.
В Швейцарии бремя передачи патогенов между людьми, животными и окружающей средой является значительным.
Основная цель состоит в том, чтобы внедрить общую базу данных, объединяющую человеческие и ветеринарные микробиологические лаборатории, что позволит проводить молекулярную эпидемиологию в режиме, близком к реальному времени, с высоким пространственно-временным разрешением бактериальных патогенов, например, для наблюдения за передачей и вспышками между различными компартментами, включая людей, животных и окружающую среду. Швейцария.
Исследователь стремится проанализировать уже собранные закодированные ретроспективные наборы данных о различных патогенах, объединив эпидемиологические данные и последовательности всего генома патогенов.
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Оцененный)
10000
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Контакты исследования
- Имя: Aitana Lebrand, Dr.
- Электронная почта: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Учебное резервное копирование контактов
- Имя: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Номер телефона: +41 61 32 86697
- Электронная почта: hans.hirsch@unibas.ch
Места учебы
-
-
-
Basel, Швейцария, 4031
- Рекрутинг
- University Hospital Basel
-
Контакт:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Номер телефона: +41 61 32 86697
- Электронная почта: hans.hirsch@unibas.ch
-
Главный следователь:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
-
Bern, Швейцария, 3012
- Рекрутинг
- University of Bern
-
Контакт:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Контакт:
- Stephen Leib, Prof.
-
Главный следователь:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Главный следователь:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Швейцария, 1205
- Рекрутинг
- University Hospital Geneva
-
Контакт:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Контакт:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Главный следователь:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Главный следователь:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Главный следователь:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Швейцария, 1011
- Рекрутинг
- University Hospital Lausanne CHUV
-
Контакт:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Контакт:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Главный следователь:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Главный следователь:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Швейцария, 8057
- Рекрутинг
- University of Zurich
-
Контакт:
- Michael Huber, Dr.
-
Контакт:
- Roger Stephan, Prof.
-
Главный следователь:
- Michael Huber, Dr.
-
Главный следователь:
- Roger Stephan, Prof.
-
Главный следователь:
- Adrian Egli, Prof.
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Ребенок
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Метод выборки
Вероятностная выборка
Исследуемая популяция
• Все пациенты с колониями или инфекциями, вызванными бактериальными или вирусными патогенами, включая перечисленные ниже патогены, из участвующих центров в Швейцарии.
Описание
Критерии включения:
- Все пациенты с колониями или инфекциями бактериального или вирусного патогена, при наличии данных полногеномного секвенирования и минимальных эпидемиологических, демографических и клинических данных.
- Патогены, включенные в анализ: Бактерии с множественной лекарственной устойчивостью включают: метициллин-резистентный Staphylococcus aureus (MRSA), Enterobacteriaceae, продуцирующие карбапенемазы и/или бета-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), и неферментирующие бактерии, включая Pseudomonas aeruginosa и Acinetobacter baumannii, устойчивые к ванкомицину Enterococcus faecium , и другие; вирулентные бактерии включают: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, виды Campylobacter, виды Salmonella, Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes и Streptococcus pneumoniae и другие; К вирусам относятся: вирусы гриппа, вирус кори, энтеровирус Е68, респираторно-синцитиальный вирус и другие.
Критерий исключения:
- Отказаться подписывать общее согласие или любое другое заявление об отказе от использования данных в исследовательских целях.
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Пациенты с колонизацией или инфицированием патогеном
Все пациенты с колониями или инфекциями бактериального или вирусного патогена, при наличии данных полногеномного секвенирования и минимальных эпидемиологических, демографических и клинических данных.
|
сборка генома; предсказание типа последовательности (MLST); дерево MLST основного генома для быстрого сравнения штаммов в рамках проекта; дерево однонуклеотидного полиморфизма (SNP) основного генома для сравнения всех штаммов Швейцарской платформы наблюдения за патогенами (SPSP), принадлежащих к одному и тому же виду; полногеномное SNP-дерево для сравнения всех штаммов SPSP в пределах одного вида и ST; предсказание факторов резистентности и вирулентности в геномах представленных патогенов; временные деревья и расчет скоростей передачи, включая базовый номер воспроизведения; анализ классических эпидемиологических данных передовыми статистическими методами, включая машинное обучение.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Идентификация кластеров передачи на основе генетического сходства.
Временное ограничение: Однократная идентификация на исходном уровне
|
Идентификация кластеров передачи на основе генетического сходства.
С акцентом на секвенирование всего генома.
|
Однократная идентификация на исходном уровне
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Выявление генотипической резистентности
Временное ограничение: Однократная идентификация на исходном уровне
|
Выявление генотипической резистентности (тест на чувствительность к антибиотикам in vitro (AST), основанный на измерении минимальной ингибирующей концентрации (MIC) или диаметра зоны (ZD))
|
Однократная идентификация на исходном уровне
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Соавторы
Следователи
- Главный следователь: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
30 сентября 2019 г.
Первичное завершение (Оцененный)
31 декабря 2029 г.
Завершение исследования (Оцененный)
31 декабря 2029 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
19 ноября 2019 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
19 ноября 2019 г.
Первый опубликованный (Действительный)
21 ноября 2019 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
14 мая 2025 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
13 мая 2025 г.
Последняя проверка
1 мая 2025 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Другие идентификационные номера исследования
- 2019-01291; qu19Egli5
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .