- ICH GCP
- US Clinical Trials Registry
- Klinisk utprøving NCT04172025
Utvikling av en sveitsisk overvåkingsdatabase for molekylær epidemiologi av hypervirulente og multi-medikamentresistente patogener
13. mai 2025 oppdatert av: University Hospital, Basel, Switzerland
Hypervirulente og multiresistente infeksjoner er assosiert med betydelige helsekostnader, betydelig sykelighet og dødelighet.
Derfor er rask gjenkjennelse av utbrudd og overføringer med hypervirulent og multiresistent patogen en nøkkelprioritet for infeksjonskontroll og folkehelse. Hovedmålet er å implementere en delt database som kobler sammen humane og veterinære mikrobiologilaboratorier, noe som vil tillate nesten ekte -tidsmolekylær epidemiologi med høy spatiotemporal oppløsning av bakterielle patogener som overføring og utbruddsovervåking mellom forskjellige avdelinger inkludert mennesker, dyr og miljøet i Sveits.
Etterforsker har som mål å analysere allerede innsamlede kodede retrospektive datasett av forskjellige patogener ved å kombinere epidemiologiske data og hele genomsekvenser fra patogener.
Studieoversikt
Status
Rekruttering
Intervensjon / Behandling
Detaljert beskrivelse
Hypervirulente og multiresistente infeksjoner er assosiert med betydelige helsekostnader, betydelig sykelighet og dødelighet.
Derfor er rask gjenkjennelse av utbrudd og overføringer med hypervirulent og multi-resistent patogen en nøkkelprioritet for infeksjonskontroll og folkehelse.
For sykehusepidemiologer, eksperter på infeksjonssykdommer og folkehelse, og mikrobiologer er identifiseringen av en utbruddskilde et første viktig skritt for å etablere effektive mottiltak.
I Sveits er belastningen av patogenoverføring mellom mennesker, dyr og miljø betydelig.
Hovedmålet er å implementere en delt database, som kobler sammen humane og veterinære mikrobiologilaboratorier, som vil tillate nær sanntids molekylær epidemiologi med høy spatiotemporal oppløsning av bakterielle patogener som overføring og utbruddsovervåking mellom ulike avdelinger, inkludert mennesker, dyr og miljø i Sveits.
Etterforsker har som mål å analysere allerede innsamlede kodede retrospektive datasett av forskjellige patogener ved å kombinere epidemiologiske data og hele genomsekvenser fra patogener.
Studietype
Observasjonsmessig
Registrering (Antatt)
10000
Kontakter og plasseringer
Denne delen inneholder kontaktinformasjon for de som utfører studien, og informasjon om hvor denne studien blir utført.
Studiekontakt
- Navn: Aitana Lebrand, Dr.
- E-post: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Studer Kontakt Backup
- Navn: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonnummer: +41 61 32 86697
- E-post: hans.hirsch@unibas.ch
Studiesteder
-
-
-
Basel, Sveits, 4031
- Rekruttering
- University Hospital Basel
-
Ta kontakt med:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonnummer: +41 61 32 86697
- E-post: hans.hirsch@unibas.ch
-
Hovedetterforsker:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
-
Bern, Sveits, 3012
- Rekruttering
- University of Bern
-
Ta kontakt med:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Ta kontakt med:
- Stephen Leib, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Sveits, 1205
- Rekruttering
- University Hospital Geneva
-
Ta kontakt med:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Ta kontakt med:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Sveits, 1011
- Rekruttering
- University Hospital Lausanne CHUV
-
Ta kontakt med:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Ta kontakt med:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Hovedetterforsker:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Sveits, 8057
- Rekruttering
- University of Zurich
-
Ta kontakt med:
- Michael Huber, Dr.
-
Ta kontakt med:
- Roger Stephan, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Michael Huber, Dr.
-
Hovedetterforsker:
- Roger Stephan, Prof.
-
Hovedetterforsker:
- Adrian Egli, Prof.
-
-
Deltakelseskriterier
Forskere ser etter personer som passer til en bestemt beskrivelse, kalt kvalifikasjonskriterier. Noen eksempler på disse kriteriene er en persons generelle helsetilstand eller tidligere behandlinger.
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
- Barn
- Voksen
- Eldre voksen
Tar imot friske frivillige
Nei
Prøvetakingsmetode
Sannsynlighetsprøve
Studiepopulasjon
• Alle pasienter med enten kolonisering eller infeksjon med enten en bakteriell eller viral patogen, inkludert patogenene nedenfor fra deltakende sentre i Sveits.
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- Alle pasienter med enten kolonisasjoner eller infeksjoner med enten et bakterielt eller et viralt patogen, hvor hele genomsekvenseringsdata og tilgjengelig minimalt med epidemiologiske, demografiske og kliniske data
- Patogener inkludert i analysen er: Multiresistente bakterier inkluderer: meticillinresistente Staphylococcus aureus (MRSA), Carbapenemase- og/eller utvidet spektrum betalaktamase (ESBL)-produserende Enterobacteriaceae og ikke-fermenterende bakterier, inkludert Pseudomonas aeruginosa, Vanecocmanniyantocus, Enterobacterium respirator , og andre; virulente bakterier inkluderer: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes og Streptococcus pneumoniae og andre; Virus inkluderer: Influensavirus, meslingervirus, enterovirus E68, respiratorisk syncytialvirus og andre.
Ekskluderingskriterier:
- Avslå å signere et generelt samtykke eller noen annen avvisende erklæring mot bruk av data til forskningsformål.
Studieplan
Denne delen gir detaljer om studieplanen, inkludert hvordan studien er utformet og hva studien måler.
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Pasienter med kolonisering eller infeksjoner med et patogen
Alle pasienter med enten kolonisasjoner eller infeksjoner med enten et bakterielt eller et viralt patogen, hvor hele genomsekvenseringsdata og tilgjengelig minimalt med epidemiologiske, demografiske og kliniske data
|
genom montering; prediksjon av sekvenstype (MLST); kjernegenom MLST-tre for raskt å sammenligne stammer i et prosjekt; kjernegenom single nucleotide polymorphism (SNP) tre for å sammenligne alle Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) stammer som tilhører samme art; hele genomet SNP-tre for å sammenligne alle SPSP-stammer innen samme art og ST;; prediksjon av resistens- og virulensfaktorer innenfor patogeninnsendte genomer; tidstrær og beregning av overføringshastigheter, inkludert grunnleggende reproduksjonsnummer; analyse av klassiske epidemiologiske data med avanserte statistiske metoder inkludert maskinlæring.
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Identifikasjon av overføringsklynger basert på genetisk likhet.
Tidsramme: Engangsidentifikasjon ved baseline
|
Identifikasjon av overføringsklynger basert på genetisk likhet.
Med fokus på sekvensering av hele genom.
|
Engangsidentifikasjon ved baseline
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Påvisning av genotypisk motstand
Tidsramme: Engangsidentifikasjon ved baseline
|
Påvisning av genotypisk resistens (in vitro antibiotikafølsomhetstest (AST) basert på måling av minimum hemmende konsentrasjon (MIC) eller sonediameter (ZD))
|
Engangsidentifikasjon ved baseline
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Det er her du vil finne personer og organisasjoner som er involvert i denne studien.
Samarbeidspartnere
Etterforskere
- Hovedetterforsker: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Publikasjoner og nyttige lenker
Den som er ansvarlig for å legge inn informasjon om studien leverer frivillig disse publikasjonene. Disse kan handle om alt relatert til studiet.
Generelle publikasjoner
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Studierekorddatoer
Disse datoene sporer fremdriften for innsending av studieposter og sammendragsresultater til ClinicalTrials.gov. Studieposter og rapporterte resultater gjennomgås av National Library of Medicine (NLM) for å sikre at de oppfyller spesifikke kvalitetskontrollstandarder før de legges ut på det offentlige nettstedet.
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
30. september 2019
Primær fullføring (Antatt)
31. desember 2029
Studiet fullført (Antatt)
31. desember 2029
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
19. november 2019
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
19. november 2019
Først lagt ut (Faktiske)
21. november 2019
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
14. mai 2025
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
13. mai 2025
Sist bekreftet
1. mai 2025
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Andre studie-ID-numre
- 2019-01291; qu19Egli5
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Nei
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Nei
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .