COVID-19研究における系統発生の配列決定と追跡 (STOPCOVID19)

現在の Covid-19 パンデミックは、医療システムに大きな負担をかけ、社会的距離と自己隔離を通じて病気の蔓延を食い止めるための前例のない政府の対応を引き起こしています。 Covid-19 は、ウイルス SARS-CoV-2 によって引き起こされる肺炎様の重症急性呼吸器症候群 (SARS) であり、2002 年の世界的な流行の原因となった SARS ウイルスと類似しています。 最初の SARS の発生により、SARS コロナウイルスの大量のゲノムデータが存在し、研究者は新しいウイルス SARS-CoV-2 がどのように進化してヒトに対して非常に毒性を持つようになったかを理解することができます。

検査キットはウイルス RNA の特定の遺伝子を標的とするように設計されていますが、ウイルスの全ゲノム配列決定により、ウイルスの疫学を追跡する範囲が広がります。 さらに、Oxford Nanopore Technologies (ONT) から入手可能な現在のシーケンシング技術を使用することで、リアルタイムでゲノム スキャンを実行し、患者サンプル内の特定のウイルス バリアントを識別することができます。 パンデミックが拡大し続けているため、ウイルスの進化と世界中への広がりを理解することは、研究者がウイルスの将来の広がりを予測し、世界的な症例数を推定し、推定のための疫学的モデルの開発を支援するのに役立ちます。パンデミック危機への潜在的な終点。 さらに、突然変異をリアルタイムで追跡する機能により、研究者は大量のデータにアクセスして探索し、治療法やワクチンの潜在的な標的を特定することができます。 これらのデータは、特許取得済みのアレイ技術を使用して、RNA ベースの治療標的および診断の設計にも使用されます。

このプロジェクトでは、研究者は、Covid-19 の症状でウェセックス地域のポーツマス病院 NHS トラスト (PHT) に来院した患者から、ナノポアベースの配列決定技術を使用してウイルスゲノムを組み立てることを目指しています。 PHTは、ウイルスの不活化とウイルスRNAの抽出に必要な微生物部門内に封じ込めレベル3（CL3）の施設を備えており、最近、潜在的なCovid-19患者のテストを開始しました。 陽性結果を示した患者からのウイルス RNA サンプルは、Nanopore シーケンス技術を使用したシーケンスのために選択されます。 系統解析を使用して全ゲノム配列を比較し、局所領域内でのウイルスの拡散を特定し、匿名化された患者レベルのデータに照らして分析し、ウイルスの適応の傾向を探り、グローバルな配列と比較します。このようなシーケンスのデータベースを使用して、感染のグローバル マップの作成を支援します。

COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) の一部として、研究者は配列決定データをコンソーシアムに提供します。コンソーシアムはウイルスの変化を全国規模で監視して、ウイルスがどのように変異し、拡散しているか、および異なる株が感染しているかどうかを理解します。新興