COVID-19 연구에서 계통 발생의 시퀀싱 및 추적 (STOPCOVID19)
연구 개요
상태
정황
상세 설명
현재 Covid-19 대유행은 의료 시스템에 상당한 부담을 주었고 사회적 거리두기와 자가 격리를 통해 질병의 확산을 막기 위한 전례 없는 정부 대응을 초래했습니다. Covid-19는 SARS-CoV-2 바이러스에 의해 발생하는 폐렴형 중증급성호흡기증후군(SARS)으로, 2002년 전 세계적으로 발병한 SARS 바이러스와 유사합니다. 최초의 SARS 발발로 인해 SARS 코로나바이러스에 대한 대량의 게놈 데이터가 존재하여 연구자들이 새로운 바이러스 SARS-CoV-2가 어떻게 인간에게 그렇게 치명적으로 진화했는지 이해할 수 있습니다.
테스트 키트는 바이러스 RNA의 특정 유전자를 대상으로 설계되었지만 바이러스의 전체 게놈 시퀀싱은 바이러스의 역학을 추적할 수 있는 범위를 확장합니다. 또한 ONT(Oxford Nanopore Technologies)에서 사용할 수 있는 최신 시퀀싱 기술을 사용하여 게놈 스캐닝을 실시간으로 수행할 수 있으며 환자 샘플 내에서 특정 바이러스 변종을 식별할 수 있습니다. 팬데믹이 계속 확산됨에 따라 바이러스의 진화와 전 세계 확산에 대한 이해는 연구자들이 바이러스의 미래 확산을 예측하고 전 세계 사례 수를 추정하고 예측을 위한 역학 모델 개발을 지원하는 데 도움이 될 것입니다. 팬데믹 위기의 잠재적 종점. 또한 실시간으로 돌연변이를 추적할 수 있는 기능을 통해 연구원은 치료 및 백신의 잠재적 표적을 식별하기 위해 탐색할 수 있는 대규모 데이터에 액세스할 수 있습니다. 이러한 데이터는 또한 특허받은 어레이 기술을 사용하여 RNA 기반 치료 표적 및 진단의 설계에 반영됩니다.
이 프로젝트에서 조사관은 Nanopore 기반 시퀀싱 기술을 사용하여 Covid-19 증상이 있는 Wessex 지역의 Portsmouth Hospital NHS Trust(PHT)에 제출한 환자의 바이러스 게놈을 조립하는 것을 목표로 합니다. PHT는 미생물학 부서 내에 바이러스 비활성화 및 바이러스 RNA 추출에 필요한 격리 수준 3(CL3) 시설을 보유하고 있으며 최근 잠재적인 Covid-19 환자에 대한 테스트를 시작했습니다. 양성 결과를 보이는 환자의 바이러스 RNA 샘플은 Nanopore 시퀀싱 기술을 사용하여 시퀀싱을 위해 선택됩니다. 전체 게놈 서열은 지역 내 바이러스의 확산을 식별하기 위해 계통발생학적 분석을 사용하여 비교되고, 익명화된 환자 수준 데이터의 맥락에서 분석되어 바이러스의 적응 추세를 찾고, 전 세계와 비교됩니다. 이러한 시퀀스의 데이터베이스는 전송의 글로벌 맵을 개발하는 데 도움이 됩니다.
COVID-19 Genomics UK 컨소시엄(COG-UK)의 일환으로 연구자들은 컨소시엄에 시퀀싱 데이터를 제공할 예정입니다. 이 컨소시엄은 바이러스가 어떻게 변이되고 확산되고 있는지, 다른 변종이 있는지 여부를 이해하기 위해 국가적 규모로 바이러스의 변화를 모니터링할 것입니다. 떠오르는
연구 유형
등록 (실제)
연락처 및 위치
연구 장소
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Hampshire
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Portsmouth, Hampshire, 영국, PO6 3LY
- Portsmouth Hospitals NHS Trust, Queen Alexandra Hospital
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
연구 대상 성별
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- Covid-19에 대한 성공적인 테스트를 거쳤습니다.
- Covid-19 테스트 후 연구 분석을 위해 충분한 바이러스 RNA가 남아 있어야 합니다.
제외 기준:
- Covid-19 테스트 후 불충분한 바이러스 RNA가 남아 있음
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 관찰 모델: 보병대
- 시간 관점: 회고전
연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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바이러스 RNA 샘플에서 추출한 SARS-CoV-2 바이러스의 전체 게놈 서열 수
기간: 2 년
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Nanopore 기반 전체 게놈 시퀀싱 기술을 사용하여 생성
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2 년
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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SARS-CoV-2 바이러스의 전송 속도
기간: 2 년
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Wessex 지역 내에서 널리 퍼진 돌연변이 및 바이러스 변종 식별
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2 년
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공동 작업자 및 조사자
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (실제)
연구 완료 (실제)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- PHT/2020/34
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
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