Secuenciación y seguimiento de la filogenia en el estudio COVID-19 (STOPCOVID19)
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Descripción detallada
La pandemia actual de Covid-19 ha causado una tensión significativa en el sistema de atención médica y una respuesta gubernamental sin precedentes para detener la propagación de la enfermedad a través del distanciamiento social y el autoaislamiento. Covid-19 es un síndrome respiratorio agudo severo (SARS) similar a la neumonía causado por un virus, SARS-CoV-2, con similitud al virus SARS responsable de un brote mundial en 2002. Debido al brote original de SARS, existe una gran cantidad de datos genómicos para los coronavirus del SARS, lo que permite a los investigadores comprender cómo ha evolucionado el nuevo virus SARS-CoV-2 para ser tan virulento en los humanos.
Si bien los kits de prueba se han diseñado para detectar genes específicos en el ARN viral, la secuenciación del genoma completo del virus ofrece un mayor alcance para rastrear la epidemiología del virus. Además, mediante el uso de la tecnología de secuenciación actual disponible de Oxford Nanopore Technologies (ONT), el escaneo del genoma se puede realizar en tiempo real y permitir la identificación de variantes virales específicas dentro de las muestras de los pacientes. A medida que la pandemia continúa propagándose, comprender la evolución del virus y su propagación en todo el mundo ayudará a los investigadores a comenzar a predecir la futura propagación del virus, estimar la cantidad de casos en todo el mundo y ayudar en el desarrollo de modelos epidemiológicos para estimar un punto final potencial para la crisis pandémica. Además, la capacidad de rastrear mutaciones en tiempo real permite a los investigadores acceder a una gran cantidad de datos para explorar con el fin de identificar objetivos potenciales para curas y vacunas. Estos datos también se incluirán en el diseño de diagnósticos y objetivos terapéuticos basados en ARN utilizando tecnología de matriz patentada.
En este proyecto, los investigadores tienen como objetivo utilizar la tecnología de secuenciación basada en Nanopore para ensamblar genomas virales de pacientes que se presentaron en Portsmouth Hospital NHS Trust (PHT) en la región de Wessex con síntomas de Covid-19. PHT, tiene instalaciones de nivel de contención 3 (CL3) dentro de su Departamento de Microbiología requeridas para la inactivación del virus y la extracción de ARN viral, y recientemente comenzó a realizar pruebas de posibles pacientes con Covid-19. Las muestras de ARN viral de los pacientes que muestren resultados positivos se seleccionarán para la secuenciación mediante la tecnología de secuenciación Nanopore. Las secuencias del genoma completo se compararán mediante análisis filogenético para identificar la propagación del virus dentro del área local, se analizarán en el contexto de datos anónimos a nivel de pacientes para buscar tendencias en la adaptación del virus y se compararán con un global. base de datos de tales secuencias para ayudar a desarrollar mapas globales de transmisión.
Como parte del Consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK), los investigadores contribuirán con datos de secuenciación al consorcio que monitoreará los cambios en el virus a escala nacional para comprender cómo el virus está mutando y propagándose y si las diferentes cepas son emergente
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Hampshire
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Portsmouth, Hampshire, Reino Unido, PO6 3LY
- Portsmouth Hospitals NHS Trust, Queen Alexandra Hospital
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Géneros elegibles para el estudio
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Se han sometido a pruebas exitosas para Covid-19
- Tener suficiente ARN viral restante para el análisis de investigación después de la prueba de Covid-19
Criterio de exclusión:
- Sigue habiendo ARN viral insuficiente después de la prueba para Covid-19
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Modelos observacionales: Grupo
- Perspectivas temporales: Retrospectivo
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Número de secuencias del genoma completo del virus SARS-CoV-2 a partir de muestras de ARN viral
Periodo de tiempo: 2 años
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Generado utilizando técnicas de secuenciación del genoma completo basadas en Nanopore
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2 años
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Tasas de transmisión del virus SARS-CoV-2
Periodo de tiempo: 2 años
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Identificar mutaciones y cepas virales predominantes en la región de Wessex
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2 años
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Actual)
Finalización del estudio (Actual)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- PHT/2020/34
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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