COVID-19 研究中系统发育的测序和追踪 (STOPCOVID19)

当前的 Covid-19 大流行给医疗保健系统造成了巨大压力，政府采取了前所未有的应对措施，通过保持社交距离和自我隔离来阻止疾病的传播。 Covid-19 是一种类似肺炎的严重急性呼吸系统综合症 (SARS)，由 SARS-CoV-2 病毒引起，与导致 2002 年全球爆发的 SARS 病毒相似。 由于最初的 SARS 爆发，存在大量 SARS 冠状病毒的基因组数据，使研究人员能够了解新病毒 SARS-CoV-2 是如何进化到对人类如此致命的。

虽然检测试剂盒的设计目的是针对病毒 RNA 中的特定基因，但病毒的全基因组测序为追踪病毒的流行病学提供了更大的范围。 此外，通过使用 Oxford Nanopore Technologies (ONT) 提供的当前测序技术，可以实时进行基因组扫描，并允许识别患者样本中的特定病毒变体。 随着大流行继续蔓延，了解病毒的演变及其在全球的传播将有助于研究人员开始预测病毒未来的传播，估计全球病例数，并有助于开发流行病学模型以估计大流行危机的潜在终点。 此外，实时跟踪突变的能力使研究人员能够访问大量数据进行探索，以确定治疗和疫苗的潜在目标。 这些数据还将用于基于 RNA 的治疗靶标设计和使用专利阵列技术的诊断。

在这个项目中，研究人员的目标是使用基于纳米孔的测序技术来组装来自威塞克斯地区朴茨茅斯医院 NHS 信托 (PHT) 的具有 Covid-19 症状的患者的病毒基因组。 PHT 在其微生物学部门内拥有 3 级防护设施，用于灭活病毒和提取病毒 RNA，并且最近开始对潜在的 Covid-19 患者进行测试。 来自显示阳性结果的患者的病毒 RNA 样本将被选择用于使用纳米孔测序技术进行测序。 将使用系统发育分析来比较全基因组序列，以确定病毒在当地的传播情况，将在匿名患者水平数据的背景下进行分析，以寻找病毒的适应趋势，并将与全球范围内的病毒进行比较此类序列的数据库，以帮助开发全球传输图。

作为 COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) 的一部分，研究人员将向该联盟提供测序数据，该联盟将在全国范围内监测病毒的变化，以了解该病毒是如何变异和传播的，以及不同毒株是否正在发生变化。新兴