STI の診断におけるメタゲノム シーケンスのパフォーマンスを評価する (NGS-IST) (NGS-IST)

性感染症 (STI) は、世界的な公衆衛生上の主要な問題となっており、最も一般的な感染症の 1 つです。 特にナイセリア・ゴノロエエとマイコプラズマ・ジェニタリウムにおける抗生物質耐性の増加が懸念されています。 現在、性感染症の診断は、病原体による特定の検査に基づいています。主に、抗生物質感受性検査を可能にする標準培養、耐性遺伝子および血清学の検索を可能にする遺伝子増幅検査によるものです。

次世代シーケンシング (NGS) は、調査対象のサンプルに存在するあらゆる DNA および RNA を高感度で検出および分析することに基づいています。この方法により、細菌、ウイルス、または寄生虫に関係なく、ヒト以外の配列の正確な識別が可能になります。起源、耐性遺伝子を検出し、菌株を特徴付けます。

STI の診断における NGS の性能を評価することを提案します。 この目的のために、サンアントワーヌ病院の 207 人の PrEP ユーザーのコホートを 3 か月ごとに 1 年間追跡します。

この研究の主な目的は、参考技術と比較してクラミジア・トラコマチスとナイセリア・ゴノレーのNGS診断の性能を評価することです。

二次的な目的は、(i) 参照技術と比較して他の STI の NGS による診断のパフォーマンスを評価すること、(ii) 3 つのサイトにプールされたサンプル「尿、喉、直腸」の関心と感度を評価することです。性感染症の診断のために、(iii) マイコプラズマ・ジェニタリウムのコロニー形成の自然史、および耐性の出現または抗生物質選択の圧力を説明すること、および (iv) STI のスクリーニングで通常求められない薬剤の有病率を評価すること (HSV-1 、HSV-2、Haemophilus ducreyi、Campylobacter sp、Shigella sp、Clostridioides difficile、Entamoeba histolytica)。

性感染症と耐性の診断が改善されれば、患者管理が改善されます。