Vurder ytelsen til metagenomisk sekvensering ved diagnostisering av STI (NGS-IST) (NGS-IST)

Seksuelt overførbare infeksjoner (SOI) har blitt et stort globalt folkehelseproblem og er blant de vanligste infeksjonene. Økningen av antibiotikaresistens, spesielt hos Neisseria gonorrhoeae og Mycoplasma genitalium, er bekymringsfull. Foreløpig er diagnosen STI basert på spesifikke tester etter patogen, hovedsakelig ved standardkultur som tillater en antibiotikafølsomhetstesting, genamplifikasjonstester som muligens tillater søk etter resistensgener og serologier.

Next-Generation-Sequencing (NGS) er basert på påvisning og analyse av ethvert DNA og RNA som er tilstede i den studerte prøven med høy grad av sensitivitet, denne metoden muliggjør nøyaktig identifikasjon av ikke-menneskelige sekvenser uavhengig av bakterie-, virus- eller parasitologisk opprinnelse, for å oppdage resistensgener og for å karakterisere stammene.

Vi foreslår å vurdere ytelsen til NGS for diagnostisering av kjønnssykdommer. Vi vil følge en kohort på 207 PrEP-brukere fra Saint-Antoine Hospital hver 3. måned i 1 år for dette formålet.

Hovedmålet med studien vil være å vurdere ytelsen til NGS-diagnostikken av Chlamydia trachomatis og Neisseria gonorrhoeae sammenlignet med referanseteknikker.

De sekundære målene vil være (i) å evaluere ytelsen til diagnosen av NGS av de andre STI-ene sammenlignet med referanseteknikkene, (ii) å evaluere interessen og sensitiviteten til en 3-steder samlet prøve "urin, hals og endetarm" for diagnostisering av kjønnssykdommer, (iii) for å beskrive den naturlige historien til kolonisering med Mycoplasma genitalium og tilsynekomsten av resistens eller press av antibiotikaseleksjon og (iv) for å evaluere prevalensen av midler som vanligvis ikke søkes ved screening for STI (HSV-1) , HSV-2, Haemophilus ducreyi, Campylobacter sp, Shigella sp, Clostridioides difficile, Entamoeba histolytica).

Forbedret diagnose av kjønnssykdommer og resistens vil gi bedre pasientbehandling.