出生前発症の希少疾患におけるゲノム全体の DNA メチル化 (DNA メチル化エピシグネチャー) の特徴付けと寄与 (FOETEPISIGN)
2026年3月24日 更新者：Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
胎児 DNA から参照 DNA メチル化エピシグネチャーを定義する必要があります。 仮説は次のとおりです。
- 死後検査中に収集された羊水または凍結組織から抽出された胎児 DNA から参照 DNA メチル化エピシグネチャーを定義することが可能です
- 胎児 DNA メチル化エピ署名は、血液から抽出された DNA に定義された肛門後 DNA メチル化エピ署名とは異なる場合があります
調査の概要
詳細な説明
先天異常 (CA) は妊娠の 3 ～ 5% を複雑にし、遺伝的疾患と関連している可能性があります。 遺伝性疾患の診断は、特に妊娠中には大きな医学的課題です。
過去 20 年にわたり、次世代シーケンス (NGS) は、CA に関連する遺伝的状態を特定する能力に革命をもたらしました。 妊娠中、標準的な染色体検査（核型および染色体マイクロアレイ分析、CMA）では診断が得られなかった場合、出生前エクソーム配列決定により、胎児の約 30% で CA との追加診断が同定されました。
これらの大きな進歩にも関わらず、希少疾患の約 40% が未解決のままであり、その中には 10 ～ 15% の患者が重要性が不明瞭な変異体 (VUS) を抱えていることが含まれています。
出生後、VUS を再分類するために、ゲノム規模の DNA メチル化研究を含む追加の機能分析 (「マルチ OMICS」) が提供される場合があります。
DNA メチル化異常は、病理 (発達障害および腫瘍学) において重要な役割を果たします。
DNA メチル化 エピシグネチャーは、ゲノム全体の複数の CpG ジヌクレオチドで発生する累積的な DNA メチル化パターンとして定義され、年齢、性別、疾患状態を含む多くのヒトの形質と複雑に関連していることが認識されています。 最近、いくつかのよく特徴付けられた遺伝病の子供または成人の血液中に DNA メチル化エピシグネチャーが同定されました。 ただし、これらの出生後の DNA メチル化エピシグネチャーは、妊娠中には使用できません。これは、DNA メチル化が組織間で、また時間の経過とともに、特に胎児の発育中に変化するためです。 さらに、妊娠中に利用できる組織は、出生後に分析される組織（血液）とは異なります。
研究の種類
観察的
入学 (推定)
63
連絡先と場所
このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。
研究連絡先
- 名前：Nelly BRIAND, PhD
- 電話番号：0144381862
- メール：nelly.briand@aphp.fr
研究連絡先のバックアップ
- 名前：Nicolas BOURGON, MD, PhD
- 電話番号：+33 1 42 19 27 96
- メール：nicolas.bourgon@aphp.fr
研究場所
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Paris、フランス、75015
- 募集
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
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コンタクト：
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- 電話番号：: +33 1 42 19 27 96
- メール：nicolas.bourgon@aphp.fr
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参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
- 子
- 大人
健康ボランティアの受け入れ
はい
サンプリング方法
非確率サンプル
調査対象母集団
研究対象集団は、希少疾患ゲノム医学部門およびネッカー・アンファン・マラデス病院 - APHP - GHU パリ・シテの集学的出生前診断センターから抽出されました。
両親は、治療の一環として採取された生体サンプルは医学研究に再利用できると述べ、生体サンプルの保管と使用に関する同意書に署名した。
説明
包含基準:
患者の包含基準:
- ネッカー小児病院の希少疾患ゲノム医学部門で、発達異常の病因診断の一環として死後検査を受け、肺と羊水から抽出されたDNAが入手可能な胎児
- または、ネッカー小児病院の希少疾患ゲノム医療部門で世話を受けており、全血から抽出された DNA が入手可能な子供
- CHD7、KMT2D、HYLS1、TCTN3、またはFLVCR2に続く遺伝子に病原性またはおそらく病原性の変異がある
- 両親が診断と研究の一環として分子遺伝学的検査に同意している
ネガティブコントロール:
- ネッカー小児病院の希少疾患ゲノム医学部門で、発達異常の病因診断の一環として死後検査を受けた胎児。肺と羊水から抽出されたDNAが入手可能
- または、ネッカー小児病院の希少疾患ゲノム医療部門で世話を受けており、全血から抽出された DNA が入手可能な子供
- CHD7、KMT2D、HYLS1、TCTN3、またはFLVCR2に続く遺伝子に病原性の変異がない、またはおそらく病原性の変異がない
- 両親が診断と研究の一環として分子遺伝学的検査に同意している
すべての人のために：
• 生存参加者の場合: ケアの文脈で収集および保存された臨床データおよび生体サンプルの再利用に対する親権者による異議のないこと (ケアの同意)。
• 死亡した参加者の場合:
- 治療の一環として署名された、研究目的で保管されたサンプルの使用に対する親権者の同意
- 患者の医療記録にある治療の臨床データの再利用に対する反対については言及されていない
除外基準:
- 胎児死亡時の死後検査の拒否
- 分子調査に対する両親の拒否
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
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ワークパッケージ 1、グループ 1
CHARGE症候群の患者（小児）
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 1、グループ 2
年齢と性別が一致した健康なネガティブコントロール（子供）
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 1、グループ 3
CHARGE症候群の胎児
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 1、グループ 4
遺伝的病理のない胎児
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 2、グループ 5
KABUKI症候群の患者（小児）
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 2、グループ 6
KABUKI症候群の胎児
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 3、グループ 7
水致死症候群の胎児
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 3、グループ 8
メッケル/OFD IV症候群の胎児
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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ワークパッケージ 3、グループ 9
ファウラー症候群の胎児
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ゲノム DNA は重亜硫酸塩で処理されます。
次に、500 ng の処理された DNA が EPICv2 アレイ Infinium メチル化 (Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国) 上でハイブリダイズされます。
このマイクロアレイにより、プロモーター、エンハンサー、CpG アイランド、遺伝子間および遺伝子内領域の約 865,000 個のメチル化部位の分析が可能になります。
これは文献で最も広く使用されているチップであり、人間の病理で報告されているほぼすべてのエピジェネティック シグネチャーが含まれています。
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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CHD7 遺伝子の病的変異に関連するエピジェネティックなサイン (CHARGE 症候群)
時間枠：12ヶ月
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病原性またはおそらく病原性変異を伴う胎児の胎児組織 DNA からのエピジェネティックなサインの証拠
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12ヶ月
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KMT2D 遺伝子の病的変異に関連するエピジェネティックなサイン (KABUKI 症候群)
時間枠：12ヶ月
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病原性またはおそらく病原性変異を伴う胎児の胎児組織 DNA からのエピジェネティックなサインの証拠
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12ヶ月
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
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胎児と出生後のエピジェネティックサイン間のメチル化の差異
時間枠：12ヶ月
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胎児と出生後のエピジェネティックサイン間のメチル化の差異の証拠
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12ヶ月
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組織と羊水のエピジェネティックサイン間のメチル化の差異
時間枠：12ヶ月
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組織と羊水のエピジェネティックサイン間のメチル化の違いの証拠
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12ヶ月
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各エピジェネティック シグネチャの統計的予測パラメーター
時間枠：12ヶ月
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各エピジェネティックサインの統計的予測パラメータの測定
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12ヶ月
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胎児の病理における新しいエピジェネティックな特徴の特定
時間枠：12ヶ月
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HYLS1、TCTN3、FLVCR2 遺伝子にのみ関連する病理のニュースエピジェネティックな特徴の特定
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12ヶ月
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協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
捜査官
- スタディディレクター：Manon TESSIER, MD, PhD、Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
出版物と役立つリンク
研究に関する情報を入力する責任者は、自発的にこれらの出版物を提供します。これらは、研究に関連するあらゆるものに関するものである可能性があります。
一般刊行物
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始 (実際)
2026年2月26日
一次修了 (推定)
2026年8月26日
研究の完了 (推定)
2026年8月26日
試験登録日
最初に提出
2024年6月20日
QC基準を満たした最初の提出物
2024年6月20日
最初の投稿 (実際)
2024年6月26日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
2026年3月27日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2026年3月24日
最終確認日
2026年3月1日
詳しくは
本研究に関する用語
追加の関連 MeSH 用語
その他の研究ID番号
- APHP231311
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
いいえ
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
いいえ
米国FDA規制機器製品の研究
いいえ
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