Характеристика и вклад полногеномного метилирования ДНК (эписигнатуры метилирования ДНК) при редких заболеваниях с пренатальным началом (FOETEPISIGN)
24 марта 2026 г. обновлено: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Необходимо определить эталонные эписигнатуры метилирования ДНК из ДНК плода. Гипотезы следующие:
- Можно определить эталонные эписигнатуры метилирования ДНК по ДНК плода, извлеченной из околоплодных вод или замороженных тканей, собранных во время патологоанатомического исследования.
- Эписигнатуры метилирования ДНК плода могут отличаться от эписигнатур метилирования постанальной ДНК, определенных на ДНК, выделенной из крови.
Обзор исследования
Статус
Рекрутинг
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Врожденные аномалии (ВА) осложняют от 3 до 5% беременностей и могут быть связаны с генетическими нарушениями. Диагностика генетических заболеваний является серьезной медицинской проблемой, особенно во время беременности.
За последние два десятилетия секвенирование нового поколения (NGS) произвело революцию в нашей способности идентифицировать генетическое состояние, связанное с КА. Во время беременности пренатальное секвенирование экзома выявило дополнительный диагноз примерно у 30% плодов с СА, когда стандартные хромосомные исследования (кариотип и хромосомный микроматричный анализ, CMA) не смогли поставить диагноз.
Несмотря на эти значительные достижения, около 40% редких заболеваний остаются невыявленными, в том числе 10-15% пациентов имеют варианты неопределенного значения (ВУЗ).
После рождения для реклассификации ВУЗ могут быть предложены дополнительные функциональные анализы («мульти-ОМИКС»), включая исследования полногеномного метилирования ДНК.
Аномалии метилирования ДНК играют важную роль при патологиях (нарушениях развития и онкологии).
Метилирование ДНК. Эписигнатуры, определяемые как совокупные закономерности метилирования ДНК, возникающие на нескольких динуклеотидах CpG по всему геному, как было установлено, неразрывно связаны со многими характеристиками человека, включая возраст, пол и статус заболевания. Недавно эписигнатуры метилирования ДНК были идентифицированы в крови детей и взрослых при нескольких хорошо изученных генетических заболеваниях. Однако эти постнатальные эписигнатуры метилирования ДНК нельзя использовать во время беременности, поскольку метилирование ДНК меняется от одной ткани к другой и с течением времени, особенно во время развития плода. Кроме того, ткани, доступные во время беременности, отличаются от тканей, анализируемых постнатально (кровь).
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Оцененный)
63
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Контакты исследования
- Имя: Nelly BRIAND, PhD
- Номер телефона: 0144381862
- Электронная почта: nelly.briand@aphp.fr
Учебное резервное копирование контактов
- Имя: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Номер телефона: +33 1 42 19 27 96
- Электронная почта: nicolas.bourgon@aphp.fr
Места учебы
-
-
-
Paris, Франция, 75015
- Рекрутинг
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Контакт:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Номер телефона: : +33 1 42 19 27 96
- Электронная почта: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Ребенок
- Взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Да
Метод выборки
Невероятностная выборка
Исследуемая популяция
Исследуемая популяция получена из Отделения геномной медицины редких заболеваний и Многопрофильного центра пренатальной диагностики больницы Неккер-Энфантс маладс - APHP - GHU Paris Cité.
Родители подписали согласие на хранение и использование биологических образцов, указав, что эти образцы, взятые в рамках лечения, могут быть повторно использованы для медицинских исследований.
Описание
Критерии включения:
Критерии включения пациентов:
- Плоды, подвергнутые патологоанатомическому исследованию в рамках этиологической диагностики аномалий развития в отделении геномной медицины редких заболеваний Детской больницы Неккера, ДНК которых выделена из легких и околоплодных вод
- ИЛИ ребенок, находящийся на попечении в отделении геномной медицины редких заболеваний детской больницы Неккера, чья ДНК, выделенная из цельной крови, доступна.
- с патогенными или вероятно патогенными вариациями гена после CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 или FLVCR2
- чьи родители дали согласие на молекулярно-генетическое тестирование в рамках диагностики и исследования
Отрицательный контроль:
- Плоды, прошедшие патологоанатомическое исследование в рамках этиологической диагностики аномалий развития в отделении геномной медицины редких заболеваний Детской больницы Неккера, ДНК которых выделена из легких и околоплодных вод
- ИЛИ ребенок, находящийся на попечении в отделении геномной медицины редких заболеваний детской больницы Неккера, чья ДНК, выделенная из цельной крови, доступна.
- не имеет патогенных или вероятно патогенных вариаций гена после CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 или FLVCR2
- чьи родители дали согласие на молекулярно-генетическое тестирование в рамках диагностики и исследования
Для всех:
• Для живых участников: отсутствие возражений со стороны обладателей родительских прав против повторного использования клинических данных и биологических образцов, собранных и хранящихся в рамках ухода (согласие на уход).
• Для умерших участников:
- Согласие обладателей родительских прав на использование образцов, хранящихся в исследовательских целях, подписанное в рамках лечения
- Никакого упоминания о возражении против повторного использования клинических данных лечения в медицинской карте пациента.
Критерий исключения:
- Отказ от патологоанатомического исследования в случае потери плода
- Отказ родителей от молекулярных исследований
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Рабочий пакет 1, группа 1
Пациенты (дети) с синдромом CHARGE
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 1, группа 2
Здоровый отрицательный контроль (дети), соответствующий возрасту и полу.
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 1, группа 3
Плоды с синдромом CHARGE
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 1, группа 4
Плоды без генетической патологии
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 2, группа 5
Больные (дети) с синдромом КАБУКИ
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 2, группа 6
Плоды с синдромом КАБУКИ
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 3, группа 7
Плоды с гидролетальным синдромом
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 3, группа 8
Плоды с синдромом Меккеля/OFD IV
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
|
Рабочий пакет 3, группа 9
Плоды с синдромом Фаулера
|
Геномную ДНК обработают бисульфитом.
Затем 500 нг обработанной ДНК гибридизуют на массиве EPICv2 для метилирования Infinium (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США).
Этот микрочип позволяет анализировать около 865 000 сайтов метилирования на промоторах, энхансерах, CpG-островках, межгенных и внутригенных участках.
Это наиболее широко используемый чип в литературе, включающий почти все ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ СИГНАЛЫ, описанные в патологиях человека.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Эпигенетическая подпись, связанная с патогенными вариациями гена CHD7 (синдром CHARGE)
Временное ограничение: 12 месяцев
|
Доказательства эпигенетической сигнатуры ДНК тканей плода у плодов с патогенными или вероятно патогенными вариациями
|
12 месяцев
|
|
Эпигенетическая подпись, связанная с патогенными вариациями гена KMT2D (синдром КАБУКИ)
Временное ограничение: 12 месяцев
|
Доказательства эпигенетической сигнатуры ДНК тканей плода у плодов с патогенными или вероятно патогенными вариациями
|
12 месяцев
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Дифференциальное метилирование между фетальными и постнатальными эпигенетическими признаками
Временное ограничение: 12 месяцев
|
Доказательства дифференциального метилирования между плодом и постнатальной эпигенетической сигнатурой
|
12 месяцев
|
|
Дифференциальное метилирование между эпигенетическими признаками тканей и околоплодных вод
Временное ограничение: 12 месяцев
|
Доказательства дифференциального метилирования между эпигенетическими признаками тканей и околоплодных вод
|
12 месяцев
|
|
Параметр статистического прогнозирования для каждой эпигенетической сигнатуры
Временное ограничение: 12 месяцев
|
Измерение параметра статистического прогнозирования для каждой эпигенетической сигнатуры
|
12 месяцев
|
|
Идентификация новой эпигенетической сигнатуры при патологиях плода
Временное ограничение: 12 месяцев
|
Выявление новых эпигенетических признаков исключительно патологий, связанных с генами HYLS1, TCTN3 и FLVCR2.
|
12 месяцев
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Следователи
- Директор по исследованиям: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
26 февраля 2026 г.
Первичное завершение (Оцененный)
26 августа 2026 г.
Завершение исследования (Оцененный)
26 августа 2026 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
20 июня 2024 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
20 июня 2024 г.
Первый опубликованный (Действительный)
26 июня 2024 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
27 марта 2026 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
24 марта 2026 г.
Последняя проверка
1 марта 2026 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
- Неврологические проявления
- Заболевания нервной системы
- Генетические заболевания, врожденные
- Глазные болезни
- Заболевания глаз, наследственные
- Оториноларингологические заболевания
- Нарушения зрения
- Расстройства чувствительности
- Аномалии, Множественные
- Ушные заболевания
- Слепоглухие расстройства
- Глухота
- Потеря слуха
- Нарушения слуха
- Слепота
- Колобома
- Врожденные, наследственные и неонатальные заболевания и аномалии
- Патологические состояния, признаки и симптомы
- Признаки и симптомы
- Врожденные аномалии
- ЗАРЯД синдром
- Синдром Гидролеталь 1
- Синдром Кабуки
Другие идентификационные номера исследования
- APHP231311
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
НЕТ
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .