Charakterisierung und Beitrag der genomweiten DNA-Methylierung (DNA-Methylierungs-Episignaturen) bei seltenen Krankheiten mit pränatalem Beginn (FOETEPISIGN)
24. März 2026 aktualisiert von: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Es ist notwendig, Referenz-DNA-Methylierungs-Episignaturen aus fetaler DNA zu definieren. Die Hypothesen sind:
- Es ist möglich, Referenz-DNA-Methylierungs-Episignaturen aus fetaler DNA zu definieren, die aus Fruchtwasser oder gefrorenem Gewebe extrahiert wurde, das während der Obduktion entnommen wurde
- Episignaturen der fetalen DNA-Methylierung können sich von den Episignaturen der postanalen DNA-Methylierung unterscheiden, die auf aus Blut extrahierter DNA definiert sind
Studienübersicht
Status
Rekrutierung
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Angeborene Anomalien (CA) erschweren 3 bis 5 % der Schwangerschaften und können mit genetischen Störungen verbunden sein. Die Diagnose genetisch bedingter Erkrankungen stellt eine große medizinische Herausforderung dar, insbesondere während der Schwangerschaft.
In den letzten zwei Jahrzehnten hat das Next-Generation-Sequencing (NGS) unsere Fähigkeit, den mit CA verbundenen genetischen Zustand zu identifizieren, revolutioniert. Während der Schwangerschaft ergab die pränatale Exomsequenzierung bei etwa 30 % der Feten mit CA eine zusätzliche Diagnose, wenn standardmäßige Chromosomenuntersuchungen (Karyotyp- und Chromosomen-Microarray-Analyse, CMA) keine Diagnose liefern.
Trotz dieser großen Fortschritte bleiben rund 40 % der seltenen Krankheiten ungelöst, darunter 10–15 % der Patienten mit Varianten unsicherer Signifikanz (VUS).
Nach der Geburt können zusätzliche Funktionsanalysen („Multi-OMICS“), einschließlich genomweiter DNA-Methylierungsstudien, zur Neuklassifizierung von VUS angeboten werden.
DNA-Methylierungsanomalien spielen eine wichtige Rolle bei Pathologien (Entwicklungsstörungen und Onkologie).
DNA-Methylierung Episignaturen, definiert als die kumulativen DNA-Methylierungsmuster, die an mehreren CpG-Dinukleotiden im gesamten Genom auftreten, stehen nachweislich in engem Zusammenhang mit vielen menschlichen Merkmalen, einschließlich Alter, Geschlecht und Krankheitsstatus. Kürzlich wurden DNA-Methylierungs-Episignaturen im Blut von Kindern und Erwachsenen für mehrere gut charakterisierte genetische Erkrankungen identifiziert. Diese postnatalen DNA-Methylierungs-Episignaturen können jedoch nicht während der Schwangerschaft verwendet werden, da sich die DNA-Methylierung von einem Gewebe zum anderen und im Laufe der Zeit, insbesondere während der Entwicklung des Fötus, ändert. Darüber hinaus unterscheiden sich die während der Schwangerschaft verfügbaren Gewebe von denen, die postnatal analysiert werden (Blut).
Studientyp
Beobachtungs
Einschreibung (Geschätzt)
63
Kontakte und Standorte
Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.
Studienkontakt
- Name: Nelly BRIAND, PhD
- Telefonnummer: 0144381862
- E-Mail: nelly.briand@aphp.fr
Studieren Sie die Kontaktsicherung
- Name: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonnummer: +33 1 42 19 27 96
- E-Mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
Studienorte
-
-
-
Paris, Frankreich, 75015
- Rekrutierung
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
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Kontakt:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonnummer: : +33 1 42 19 27 96
- E-Mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
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Teilnahmekriterien
Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
- Kind
- Erwachsene
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Ja
Probenahmeverfahren
Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe
Studienpopulation
Die Studienpopulation stammt aus der Abteilung für Genommedizin für seltene Krankheiten und dem multidisziplinären Zentrum für pränatale Diagnose des Necker-Enfants malades Hospital – APHP – GHU Paris Cité.
Die Eltern unterzeichneten eine Einwilligung zur Aufbewahrung und Verwendung biologischer Proben und erklärten, dass diese im Rahmen der Behandlung entnommenen Proben für medizinische Forschung wiederverwendet werden könnten.
Beschreibung
Einschlusskriterien:
Kriterien für die Patienteneinbeziehung:
- Feten, bei denen eine Obduktion im Rahmen der ätiologischen Diagnose einer Entwicklungsstörung in der Abteilung für Genomische Medizin seltener Krankheiten des Necker Children's Hospital durchgeführt wurde und deren aus Lunge und Fruchtwasser extrahierte DNA verfügbar ist
- ODER ein Kind, das in der Abteilung für Genomische Medizin für seltene Krankheiten des Necker Children's Hospital betreut wird und dessen aus Vollblut extrahierte DNA verfügbar ist
- mit pathogener oder wahrscheinlich pathogener Variation in einem Gen nach CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 oder FLVCR2
- deren Eltern einer molekulargenetischen Untersuchung im Rahmen von Diagnose und Forschung zugestimmt haben
Negativkontrollen:
- Feten, bei denen eine Obduktion im Rahmen der ätiologischen Diagnose einer Entwicklungsstörung in der Abteilung für Genomische Medizin seltener Krankheiten des Necker Children's Hospital durchgeführt wurde und deren aus Lunge und Fruchtwasser extrahierte DNA verfügbar ist
- ODER ein Kind, das in der Abteilung für Genomische Medizin für seltene Krankheiten des Necker Children's Hospital betreut wird und dessen aus Vollblut extrahierte DNA verfügbar ist
- weist keine pathogene oder wahrscheinlich pathogene Variation in einem Gen nach CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 oder FLVCR2 auf
- deren Eltern einer molekulargenetischen Untersuchung im Rahmen von Diagnose und Forschung zugestimmt haben
Für jeden:
• Für lebende Teilnehmer: Keine Einwände der Inhaber der elterlichen Sorge gegen die Weiterverwendung von im Rahmen der Pflege gesammelten und gespeicherten klinischen Daten und biologischen Proben (Pflegeeinwilligung).
• Für verstorbene Teilnehmer:
- Im Rahmen der Behandlung unterzeichnete Einwilligung der Erziehungsberechtigten zur Verwendung der zu Forschungszwecken aufbewahrten Proben
- Ein Widerspruch gegen die Wiederverwendung klinischer Daten aus der Behandlung in der Krankenakte des Patienten wird nicht erwähnt
Ausschlusskriterien:
- Verweigerung der Obduktion bei fetalem Verlust
- Die Ablehnung molekularer Untersuchungen durch die Eltern
Studienplan
Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
Kohorten und Interventionen
Gruppe / Kohorte |
Intervention / Behandlung |
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Arbeitspaket 1, Gruppe 1
Patienten (Kinder) mit CHARGE-Syndrom
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 1, Gruppe 2
Gesunde Negativkontrollen (Kinder), abgestimmt auf Alter und Geschlecht
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 1, Gruppe 3
Feten mit CHARGE-Syndrom
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 1, Gruppe 4
Feten ohne genetische Pathologie
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 2, Gruppe 5
Patienten (Kinder) mit KABUKI-Syndrom
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 2, Gruppe 6
Feten mit KABUKI-Syndrom
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 3, Gruppe 7
Feten mit Hydrolethalus-Syndrom
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 3, Gruppe 8
Feten mit Meckel/OFD IV-Syndrom
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Arbeitspaket 3, Gruppe 9
Feten mit Fowler-Syndrom
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Genomische DNA wird mit Bisulfit behandelt.
500 ng verarbeitete DNA werden dann auf einem EPICv2-Array mit Infinium-Methylierung (Illumina, San Diego, CA, USA) hybridisiert.
Dieser Microarray ermöglicht die Analyse von etwa 865.000 Methylierungsstellen an Promotoren, Enhancern, CpG-Inseln sowie intergenen und intragenen Regionen.
Es handelt sich um den in der Fachliteratur am häufigsten verwendeten Chip, der fast alle in der Humanpathologie beschriebenen EPIGENETISCHEN SIGNATUREN umfasst.
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Epigenetische Signatur im Zusammenhang mit pathogenen Variationen im CHD7-Gen (CHARGE-Syndrom)
Zeitfenster: 12 Monate
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Nachweis einer epigenetischen Signatur aus fetaler Gewebe-DNA bei Feten mit pathogener oder wahrscheinlich pathogener Variation
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12 Monate
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Epigenetische Signatur im Zusammenhang mit pathogenen Variationen im KMT2D-Gen (KABUKI-Syndrom)
Zeitfenster: 12 Monate
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Nachweis einer epigenetischen Signatur aus fetaler Gewebe-DNA bei Feten mit pathogener oder wahrscheinlich pathogener Variation
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12 Monate
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Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Differenzielle Methylierung zwischen fetaler und postnataler epigenetischer Signatur
Zeitfenster: 12 Monate
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Hinweise auf eine unterschiedliche Methylierung zwischen fetaler und postnataler epigenetischer Signatur
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12 Monate
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Differenzielle Methylierung zwischen epigenetischen Signaturen von Gewebe und Fruchtwasser
Zeitfenster: 12 Monate
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Hinweise auf eine unterschiedliche Methylierung zwischen den epigenetischen Signaturen von Gewebe und Fruchtwasser
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12 Monate
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Statistischer Vorhersageparameter für jede epigenetische Signatur
Zeitfenster: 12 Monate
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Messung des statistischen Vorhersageparameters für jede epigenetische Signatur
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12 Monate
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Identifizierung einer neuen epigenetischen Signatur bei fetalen Pathologien
Zeitfenster: 12 Monate
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Identifizierung neuer epigenetischer Signaturen ausschließlich von Pathologien, die mit den Genen HYLS1, TCTN3 und FLVCR2 assoziiert sind
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12 Monate
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Mitarbeiter und Ermittler
Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.
Mitarbeiter
Ermittler
- Studienleiter: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publikationen und hilfreiche Links
Die Bereitstellung dieser Publikationen erfolgt freiwillig durch die für die Eingabe von Informationen über die Studie verantwortliche Person. Diese können sich auf alles beziehen, was mit dem Studium zu tun hat.
Allgemeine Veröffentlichungen
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Studienaufzeichnungsdaten
Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
26. Februar 2026
Primärer Abschluss (Geschätzt)
26. August 2026
Studienabschluss (Geschätzt)
26. August 2026
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
20. Juni 2024
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
20. Juni 2024
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
26. Juni 2024
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
27. März 2026
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
24. März 2026
Zuletzt verifiziert
1. März 2026
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
- Neurologische Manifestationen
- Erkrankungen des Nervensystems
- Genetische Krankheiten, angeboren
- Augenkrankheiten
- Augenkrankheiten, erblich
- Otorhinolaryngologische Erkrankungen
- Sehstörungen
- Empfindungsstörungen
- Anomalien, mehrere
- Ohrenkrankheiten
- Taubblinde Störungen
- Taubheit
- Schwerhörigkeit
- Hörstörungen
- Blindheit
- Kolobom
- Angeborene, erbliche und neonatale Krankheiten und Anomalien
- Pathologische Zustände, Anzeichen und Symptome
- Anzeichen und Symptome
- Angeborene Anomalien
- CHARGE-Syndrom
- Hydrolethalus-Syndrom 1
- Kabuki-Syndrom
Andere Studien-ID-Nummern
- APHP231311
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?
NEIN
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Nein
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
Nein
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