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Caractérisation et contribution de la méthylation de l'ADN à l'échelle du génome (épisignatures de méthylation de l'ADN) dans les maladies rares à apparition prénatale (FOETEPISIGN)

24 mars 2026 mis à jour par: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Il est nécessaire de définir des épisignatures de méthylation d'ADN de référence à partir de l'ADN fœtal. Les hypothèses sont :

  • Il est possible de définir des épisignatures de méthylation d'ADN de référence à partir d'ADN fœtal extrait du liquide amniotique ou de tissus congelés collectés lors de l'autopsie.
  • Les épisignatures de méthylation de l'ADN fœtal peuvent être différentes des épisignatures de méthylation de l'ADN postanale définies sur l'ADN extrait du sang.

Aperçu de l'étude

Statut

Recrutement

Les conditions

Intervention / Traitement

Description détaillée

Les anomalies congénitales (AC) compliquent 3 à 5 % des grossesses et peuvent être associées à des troubles génétiques. Le diagnostic des maladies génétiques constitue un défi médical majeur, notamment pendant la grossesse.

Au cours des deux dernières décennies, le séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné notre capacité à identifier la maladie génétique associée à l'AC. Pendant la grossesse, le séquençage prénatal de l'exome a identifié un diagnostic supplémentaire chez environ 30 % des fœtus atteints d'AC lorsque les examens chromosomiques standard (caryotype et analyse par micropuce chromosomique, CMA) ne parviennent pas à fournir un diagnostic.

Malgré ces avancées majeures, environ 40 % des maladies rares restent non résolues, dont 10 à 15 % de patients porteurs de variants de signification incertaine (VUS).

Après la naissance, des analyses fonctionnelles supplémentaires (« multi-OMICS »), y compris des études de méthylation de l'ADN à l'échelle du génome, peuvent être proposées pour reclasser le VUS.

Les anomalies de méthylation de l'ADN jouent un rôle important dans les pathologies (troubles du développement et oncologie).

Méthylation de l'ADN Les épisignatures, définies comme les modèles cumulatifs de méthylation de l'ADN se produisant au niveau de plusieurs dinucléotides CpG à travers le génome, ont été reconnues comme étant étroitement associées à de nombreux traits humains, notamment l'âge, le sexe et l'état pathologique. Récemment, des épisignatures de méthylation de l’ADN ont été identifiées dans le sang d’enfants ou d’adultes pour plusieurs maladies génétiques bien caractérisées. Cependant, ces épisignatures de méthylation de l'ADN postnatales ne peuvent pas être utilisées pendant la grossesse, car la méthylation de l'ADN change d'un tissu à l'autre et au cours du temps, notamment au cours du développement fœtal. De plus, les tissus disponibles pendant la grossesse sont différents de ceux analysés après la naissance (sang).

Type d'étude

Observationnel

Inscription (Estimé)

63

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Coordonnées de l'étude

Sauvegarde des contacts de l'étude

Lieux d'étude

  • France
      • Paris, France, 75015
        • Recrutement
        • Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
        • Contact:

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

  • Enfant
  • Adulte

Accepte les volontaires sains

Oui

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

La population étudiée est issue du Service de Médecine Génomique des Maladies Rares et du Centre Multidisciplinaire de Diagnostic Prénatal de l'Hôpital Necker-Enfants malades - APHP - GHU Paris Cité.

Les parents ont signé un consentement au stockage et à l'utilisation d'échantillons biologiques, précisant que ces échantillons prélevés dans le cadre du traitement pourraient être réutilisés pour la recherche médicale.

La description

Critère d'intégration:

  • Critères d'inclusion des patients :

    • Fœtus ayant fait l'objet d'un examen post mortem dans le cadre du diagnostic étiologique d'anomalie du développement au sein du service de médecine génomique des maladies rares de l'hôpital Necker pour enfants, et dont l'ADN extrait du poumon et du liquide amniotique est disponible
    • OU un enfant pris en charge dans le service de médecine génomique des maladies rares de l'hôpital Necker pour enfants, et dont l'ADN extrait du sang total est disponible
    • avec variation pathogène ou probablement pathogène d'un gène suite à CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 ou FLVCR2
    • dont les parents ont consenti aux tests de génétique moléculaire dans le cadre du diagnostic et de la recherche

  • Contrôles négatifs :

    • Fœtus ayant fait l'objet d'un examen post mortem dans le cadre du diagnostic étiologique d'anomalie du développement au sein du service de médecine génomique des maladies rares de l'hôpital Necker pour enfants, et dont les ADN extraits du poumon et du liquide amniotique sont disponibles
    • OU un enfant pris en charge dans le service de médecine génomique des maladies rares de l'hôpital Necker pour enfants, et dont l'ADN extrait du sang total est disponible
    • ne présente pas de variation pathogène ou probablement pathogène dans un gène suivant CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 ou FLVCR2
    • dont les parents ont consenti aux tests de génétique moléculaire dans le cadre du diagnostic et de la recherche

  • Pour tout le monde:

    • Pour les participants vivants : Non-objection des titulaires de l'autorité parentale à la réutilisation des données cliniques et des échantillons biologiques collectés et conservés dans le cadre des soins (consentement aux soins).

    • Pour les participants décédés :

  • Consentement des titulaires de l'autorité parentale à l'utilisation des échantillons conservés à des fins de recherche, signé dans le cadre du traitement
  • Aucune mention d'opposition à la réutilisation des données cliniques du traitement dans le dossier médical du patient

Critère d'exclusion:

  • Refus d'autopsie en cas de perte fœtale
  • Refus des parents des investigations moléculaires

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

Cohortes et interventions

Groupe / Cohorte
Intervention / Traitement
Lot de travail 1, groupe 1
Patients (enfants) atteints du syndrome CHARGE
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 1, groupe 2
Témoins négatifs sains (enfants) appariés selon l'âge et le sexe
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 1, groupe 3
Fœtus atteints du syndrome CHARGE
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 1, groupe 4
Fœtus sans pathologie génétique
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 2, groupe 5
Patients (enfants) atteints du syndrome de KABUKI
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 2, groupe 6
Fœtus atteints du syndrome de KABUKI
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 3, groupe 7
Fœtus atteints du syndrome d'hydroléthalie
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 3, groupe 8
Fœtus atteints du syndrome de Meckel/OFD IV
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.
Lot de travail 3, groupe 9
Fœtus atteints du syndrome de Fowler
Génétique: Analyse de méthylation
L'ADN génomique sera traité au bisulfite. 500 ng d'ADN traité sont ensuite hybridés sur une matrice EPICv2 Infinium methylation (Illumina, San Diego, CA, USA). Cette puce à ADN permet l'analyse d'environ 865 000 sites de méthylation au niveau des promoteurs, des activateurs, des îlots CpG et des régions intergéniques et intragéniques. Il s’agit de la puce la plus utilisée dans la littérature, incluant la quasi-totalité des SIGNATURES ÉPIGÉNÉTIQUES rapportées en pathologie humaine.

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Signature épigénétique associée à des variations pathogènes du gène CHD7 (syndrome CHARGE)
Délai: 12 mois
Preuve de la signature épigénétique de l'ADN des tissus fœtaux chez les fœtus présentant une variation pathogène ou probablement pathogène
12 mois
Signature épigénétique associée à des variations pathogènes du gène KMT2D (syndrome KABUKI)
Délai: 12 mois
Preuve de la signature épigénétique de l'ADN des tissus fœtaux chez les fœtus présentant une variation pathogène ou probablement pathogène
12 mois

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Méthylation différentielle entre la signature épigénétique fœtale et postnatale
Délai: 12 mois
Preuve d'une méthylation différentielle entre la signature épigénétique fœtale et postnatale
12 mois
Méthylation différentielle entre les signatures épigénétiques des tissus et du liquide amniotique
Délai: 12 mois
Preuve d'une méthylation différentielle entre les signatures épigénétiques des tissus et du liquide amniotique
12 mois
Paramètre de prédiction statistique pour chaque signature épigénétique
Délai: 12 mois
Mesure du paramètre de prédiction statistique pour chaque signature épigénétique
12 mois
Identification d'une nouvelle signature épigénétique dans les pathologies fœtales
Délai: 12 mois
Identification de nouvelles signatures épigénétiques de pathologies exclusivement associées aux gènes HYLS1, TCTN3 et FLVCR2
12 mois

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Collaborateurs

URC-CIC Paris Descartes Necker Cochin

Les enquêteurs

  • Directeur d'études: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

Publications et liens utiles

La personne responsable de la saisie des informations sur l'étude fournit volontairement ces publications. Il peut s'agir de tout ce qui concerne l'étude.

Publications générales

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

26 février 2026

Achèvement primaire (Estimé)

26 août 2026

Achèvement de l'étude (Estimé)

26 août 2026

Dates d'inscription aux études

Première soumission

20 juin 2024

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

20 juin 2024

Première publication (Réel)

26 juin 2024

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

27 mars 2026

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

24 mars 2026

Dernière vérification

1 mars 2026

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Mots clés

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • APHP231311

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

NON

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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