- ICH GCP
- US Clinical Trials Registry
- Klinisk utprøving NCT06475651
Karakterisering og bidrag av genomomfattende DNA-metylering (DNA-metyleringsepisignaturer) ved sjeldne sykdommer med prenatal debut (FOETEPISIGN)
Det er nødvendig å definere referanse-DNA-metyleringsepisignaturer fra fosterets DNA. Hypotesene er:
- Det er mulig å definere referanse DNA-metylering Episignaturer fra foster-DNA ekstrahert fra fostervann eller frosset vev samlet under obduksjonsundersøkelsen
- Fosterets DNA-metyleringsepisignaturer kan være forskjellige fra postanale DNA-metyleringsepisignaturer definert på DNA ekstrahert fra blod
Studieoversikt
Status
Intervensjon / Behandling
Detaljert beskrivelse
Medfødte anomalier (CA) kompliserer 3 til 5 % av svangerskapene og kan være assosiert med genetiske lidelser. Diagnostisering av genetiske sykdommer er en stor medisinsk utfordring, spesielt under graviditet.
I løpet av de siste to tiårene har neste generasjons sekvensering (NGS) revolusjonert vår evne til å identifisere den genetiske tilstanden assosiert med CA. Under graviditet identifiserte prenatal eksomsekvensering en tilleggsdiagnose hos rundt 30 % av fostre med CA når standard kromosomundersøkelser (karyotype og kromosomal mikroarray-analyse, CMA) ikke gir en diagnose.
Til tross for disse store fremskritt forblir rundt 40 % av sjeldne sykdommer uløste, inkludert 10–15 % av pasientene som har varianter av usikker betydning (VUS).
Etter fødselen kan ytterligere funksjonelle analyser ("multi-OMICS"), inkludert genomomfattende DNA-metyleringsstudier, tilbys for å omklassifisere VUS.
DNA-metyleringsanomalier spiller en viktig rolle i patologier (utviklingsforstyrrelser og onkologi).
DNA-metylering Episignaturer, definert som de kumulative DNA-metyleringsmønstrene som forekommer ved flere CpG-dinukleotider på tvers av genomet, har blitt anerkjent for å være intrikat assosiert med mange menneskelige egenskaper, inkludert alder, kjønn og sykdomsstatus. Nylig har DNA Methylation Episignatures blitt identifisert i blodet til barn eller voksne for flere godt karakteriserte genetiske sykdommer. Imidlertid kan disse postnatale DNA-metyleringsepisignaturene ikke brukes under graviditet, fordi DNA-metylering endres fra ett vev til et annet og over tid, spesielt under fosterutvikling. I tillegg er vevene som er tilgjengelige under graviditet forskjellig fra de som er analysert postnatalt (blod).
Studietype
Registrering (Antatt)
Kontakter og plasseringer
Studiekontakt
- Navn: Nelly BRIAND, PhD
- Telefonnummer: 0144381862
- E-post: nelly.briand@aphp.fr
Studer Kontakt Backup
- Navn: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonnummer: +33 1 42 19 27 96
- E-post: nicolas.bourgon@aphp.fr
Studiesteder
-
-
-
Paris, Frankrike, 75015
- Rekruttering
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Ta kontakt med:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonnummer: : +33 1 42 19 27 96
- E-post: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
- Barn
- Voksen
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Studiepopulasjonen er hentet fra Institutt for genomisk medisin for sjeldne sykdommer og Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital - APHP - GHU Paris Cité.
Foreldrene skrev under på et samtykke til oppbevaring og bruk av biologiske prøver, der de sa at disse prøvene tatt som en del av behandlingen kunne gjenbrukes til medisinsk forskning.
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
Pasientinkluderingskriterier:
- Fostre med obduksjonsundersøkelse som en del av den etiologiske diagnosen utviklingsavvik ved avdelingen Genomic Medicine of Rare Diseases ved Necker Children's Hospital, og hvis DNA ekstrahert fra lunge og fostervann er tilgjengelig
- ELLER et barn som blir tatt hånd om i avdelingen Genomic Medicine for Rare Diseases ved Necker Children's Hospital, og hvis DNA ekstrahert fra fullblod er tilgjengelig
- med patogen eller sannsynligvis patogen variasjon i et gen etter CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 eller FLVCR2
- hvis foreldre har samtykket til molekylær genetisk testing som en del av diagnose og forskning
Negative kontroller:
- Fostre med obduksjonsundersøkelse som en del av den etiologiske diagnosen utviklingsavvik ved avdelingen Genomic Medicine of Rare Diseases ved Necker Children's Hospital, og hvis DNA ekstrahert fra lunge og fostervann er tilgjengelig
- ELLER et barn som blir tatt hånd om i avdelingen Genomic Medicine for Rare Diseases ved Necker Children's Hospital, og hvis DNA ekstrahert fra fullblod er tilgjengelig
- har ikke patogen eller sannsynligvis patogen variasjon i et gen etter CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 eller FLVCR2
- hvis foreldre har samtykket til molekylær genetisk testing som en del av diagnose og forskning
For alle:
• For levende deltakere: Ikke-motsigelse fra innehavere av foreldremyndighet mot gjenbruk av kliniske data og biologiske prøver samlet inn og lagret i forbindelse med omsorg (samtykke til omsorg).
• For avdøde deltakere:
- Samtykke fra innehaverne av foreldremyndighet til bruk av prøvene som oppbevares til forskningsformål, signert som en del av behandlingen
- Ingen omtale av motstand mot gjenbruk av kliniske data fra behandlingen i pasientens journal
Ekskluderingskriterier:
- Avslag på obduksjon ved fostertap
- Foreldres avslag på molekylære undersøkelser
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Arbeidspakke 1, gruppe 1
Pasienter (barn) med CHARGE-syndrom
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 1, gruppe 2
Sunne negative kontroller (barn) matchet for alder og kjønn
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 1, gruppe 3
Fostre med CHARGE-syndrom
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 1, gruppe 4
Fostre uten genetisk patologi
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 2, gruppe 5
Pasienter (barn) med KABUKI syndrom
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 2, gruppe 6
Fostre med KABUKI syndrom
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 3, gruppe 7
Fostre med hydrolethalus syndrom
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 3, gruppe 8
Fostre med Meckel/OFD IV syndrom
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
|
Arbeidspakke 3, gruppe 9
Fostre med Fowler syndrom
|
Genomisk DNA vil bli behandlet med bisulfitt.
500 ng bearbeidet DNA blir deretter hybridisert på en EPICv2-array Infinium-metylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Denne mikromatrisen muliggjør analyse av omtrent 865 000 metyleringssteder ved promotere, enhancere, CpG-øyer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest brukte brikken i litteraturen, inkludert nesten alle de EPIGENETISKE SIGNATURENE rapportert i human patologi.
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Epigenetisk signatur assosiert med patogene variasjoner i CHD7-genet (CHARGE-syndrom)
Tidsramme: 12 måneder
|
Bevis på epigenetisk signatur fra fostervevs-DNA hos fostre med patogen eller sannsynligvis patogen variasjon
|
12 måneder
|
|
Epigenetisk signatur assosiert med patogene variasjoner i KMT2D-genet (KABUKI syndrom)
Tidsramme: 12 måneder
|
Bevis på epigenetisk signatur fra fostervevs-DNA hos fostre med patogen eller sannsynligvis patogen variasjon
|
12 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Differensiell metylering mellom føtal og postnatal epigenetisk signatur
Tidsramme: 12 måneder
|
Bevis på differensiell metylering mellom foster og postnatal epigenetisk signatur
|
12 måneder
|
|
Differensiell metylering mellom epigenetiske signaturer av vev og fostervann
Tidsramme: 12 måneder
|
Bevis på differensiell metylering mellom epigenetiske signaturer av vev og fostervann
|
12 måneder
|
|
Statistisk prediksjonsparameter for hver epigenetisk signatur
Tidsramme: 12 måneder
|
Måling av den statistiske prediksjonsparameteren for hver epigenetisk signatur
|
12 måneder
|
|
Identifikasjon av en ny epigenetisk signatur i føtale patologier
Tidsramme: 12 måneder
|
Identifikasjon av epigenetiske nyhetssignaturer av utelukkende patologier assosiert med HYLS1-, TCTN3- og FLVCR2-genene
|
12 måneder
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Samarbeidspartnere
Etterforskere
- Studieleder: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publikasjoner og nyttige lenker
Generelle publikasjoner
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Antatt)
Studiet fullført (Antatt)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Nøkkelord
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
- Nevrologiske manifestasjoner
- Sykdommer i nervesystemet
- Genetiske sykdommer, medfødte
- Øyesykdommer
- Øyesykdommer, arvelig
- Otorhinolaryngologiske sykdommer
- Synsforstyrrelser
- Sensasjonsforstyrrelser
- Abnormiteter, flere
- Øresykdommer
- Døv-blinde lidelser
- Døvhet
- Hørselstap
- Hørselsforstyrrelser
- Blindhet
- Coloboma
- Medfødte, arvelige og neonatale sykdommer og abnormiteter
- Patologiske tilstander, tegn og symptomer
- Tegn og symptomer
- Medfødte abnormiteter
- CHARGE syndrom
- Hydrolethalussyndrom 1
- Kabuki-syndrom
Andre studie-ID-numre
- APHP231311
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .