Karakterisering og bidrag af genom-dækkende DNA-methylering (DNA Methylation Episignatures) i sjældne sygdomme med prænatal debut (FOETEPISIGN)
24. marts 2026 opdateret af: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Det er nødvendigt at definere reference DNA Methylation Episignatures fra føtalt DNA. Hypoteserne er:
- Det er muligt at definere reference-DNA Methylation Episignaturer fra føtalt DNA ekstraheret fra fostervand eller frosset væv indsamlet under obduktionsundersøgelsen
- Fosterets DNA-methyleringsepisignaturer kan være anderledes end postanale DNA-methyleringsepisignaturer defineret på DNA ekstraheret fra blod
Studieoversigt
Status
Rekruttering
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Medfødte anomalier (CA) komplicerer 3 til 5 % af graviditeterne og kan være forbundet med genetiske lidelser. Diagnose af genetiske sygdomme er en stor medicinsk udfordring, især under graviditet.
I løbet af de sidste to årtier har næste generations sekventering (NGS) revolutioneret vores evne til at identificere den genetiske tilstand forbundet med CA. Under graviditet identificerede prænatal exome-sekventering en yderligere diagnose hos omkring 30 % af fostre med CA, når standard kromosomundersøgelser (karyotype og kromosomal mikroarray-analyse, CMA) ikke giver en diagnose.
På trods af disse store fremskridt forbliver omkring 40 % af de sjældne sygdomme uløste, herunder 10-15 % af patienterne med varianter af usikker betydning (VUS).
Efter fødslen kan yderligere funktionelle analyser ("multi-OMICS"), herunder genomomfattende DNA-methyleringsundersøgelser, tilbydes for at omklassificere VUS.
DNA-methyleringsanomalier spiller en vigtig rolle i patologier (udviklingsforstyrrelser og onkologi).
DNA-methylering Episignaturer, defineret som de kumulative DNA-methyleringsmønstre, der forekommer ved flere CpG-dinukleotider på tværs af genomet, er blevet anerkendt for at være indviklet forbundet med mange menneskelige egenskaber, herunder alder, køn og sygdomsstatus. For nylig er DNA Methylation Episignatures blevet identificeret i blodet hos børn eller voksne for flere velkarakteriserede genetiske sygdomme. Imidlertid kan disse postnatale DNA-methylerings-episignaturer ikke anvendes under graviditet, fordi DNA-methylering ændres fra et væv til et andet og over tid, især under fosterudvikling. Derudover er de tilgængelige væv under graviditeten forskellige fra dem, der analyseres postnatalt (blod).
Undersøgelsestype
Observationel
Tilmelding (Anslået)
63
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiekontakt
- Navn: Nelly BRIAND, PhD
- Telefonnummer: 0144381862
- E-mail: nelly.briand@aphp.fr
Undersøgelse Kontakt Backup
- Navn: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonnummer: +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
Studiesteder
-
-
-
Paris, Frankrig, 75015
- Rekruttering
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Kontakt:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefonnummer: : +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
- Barn
- Voksen
Tager imod sunde frivillige
Ja
Prøveudtagningsmetode
Ikke-sandsynlighedsprøve
Studiebefolkning
Undersøgelsespopulationen stammer fra afdelingen for genomisk medicin for sjældne sygdomme og det multidisciplinære center for prænatal diagnose af Necker-Enfants malades Hospital - APHP - GHU Paris Cité.
Forældrene underskrev et samtykke til opbevaring og brug af biologiske prøver, hvori det stod, at disse prøver taget som en del af behandlingen kunne genbruges til medicinsk forskning.
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
Patientinkluderingskriterier:
- Fostre med en obduktion som led i den ætiologiske diagnose af udviklingsabnormitet i afdelingen Genomic Medicine of Rare Diseases på Necker Børnehospitalet, og hvis DNA ekstraheret fra lunge og fostervand er tilgængeligt
- ELLER et barn passet i afdelingen Genomic Medicine for Rare Diseases på Necker Children's Hospital, og hvis DNA ekstraheret fra fuldblod er tilgængeligt
- med patogen eller sandsynligvis patogen variation i et gen efter CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 eller FLVCR2
- hvis forældre har givet samtykke til molekylær genetisk testning som led i diagnosticering og forskning
Negative kontroller:
- Fostre med en obduktion som led i den ætiologiske diagnose af udviklingsabnormitet i afdelingen Genomic Medicine of Rare Diseases på Necker Børnehospitalet, og hvis DNA ekstraheret fra lunge og fostervand er tilgængeligt
- ELLER et barn passet i afdelingen Genomic Medicine for Rare Diseases på Necker Children's Hospital, og hvis DNA ekstraheret fra fuldblod er tilgængeligt
- har ikke patogen eller sandsynligvis patogen variation i et gen efter CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 eller FLVCR2
- hvis forældre har givet samtykke til molekylær genetisk testning som led i diagnosticering og forskning
For alle:
• For levende deltagere: Indehavere af forældremyndigheds manglende indsigelse mod genbrug af kliniske data og biologiske prøver indsamlet og opbevaret i forbindelse med pleje (samtykke til pleje).
• For afdøde deltagere:
- Samtykke fra indehaverne af forældremyndigheden til brug af prøverne, der opbevares til forskningsformål, underskrevet som en del af behandlingen
- Ingen omtale af modstand mod genbrug af kliniske data fra behandlingen i patientens journal
Ekskluderingskriterier:
- Afslag på obduktion ved fostertab
- Forældres afvisning af molekylære undersøgelser
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorte |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
Arbejdspakke 1, gruppe 1
Patienter (børn) med CHARGE syndrom
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 1, gruppe 2
Sunde negative kontroller (børn) matchet for alder og køn
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 1, gruppe 3
Fostre med CHARGE syndrom
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 1, gruppe 4
Fostre uden genetisk patologi
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 2, gruppe 5
Patienter (børn) med KABUKI syndrom
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 2, gruppe 6
Fostre med KABUKI syndrom
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 3, gruppe 7
Fostre med hydrolethalus syndrom
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 3, gruppe 8
Fostre med Meckel/OFD IV syndrom
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
|
Arbejdspakke 3, gruppe 9
Fostre med Fowler syndrom
|
Genomisk DNA vil blive behandlet med bisulfit.
500 ng behandlet DNA hybriseres derefter på en EPICv2-array Infinium-methylering (Illumina, San Diego, CA, USA).
Dette mikroarray muliggør analyse af cirka 865.000 methyleringssteder ved promotorer, enhancere, CpG-øer, intergene og intragene regioner.
Det er den mest udbredte chip i litteraturen, inklusive næsten alle de EPIGENETISKE SIGNATURER, der er rapporteret i human patologi.
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Epigenetisk signatur forbundet med patogene variationer i CHD7-genet (CHARGE-syndrom)
Tidsramme: 12 måneder
|
Evidens for epigenetisk signatur fra føtalt vævs-DNA hos fostre med patogen eller sandsynligvis patogen variation
|
12 måneder
|
|
Epigenetisk signatur forbundet med patogene variationer i KMT2D-genet (KABUKI syndrom)
Tidsramme: 12 måneder
|
Evidens for epigenetisk signatur fra føtalt vævs-DNA hos fostre med patogen eller sandsynligvis patogen variation
|
12 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Differentiel methylering mellem føtal og postnatal epigenetisk signatur
Tidsramme: 12 måneder
|
Bevis på differentiel methylering mellem foster og postnatal epigenetisk signatur
|
12 måneder
|
|
Differentiel methylering mellem epigenetiske signaturer i væv og fostervand
Tidsramme: 12 måneder
|
Bevis på differentiel methylering mellem epigenetiske signaturer i væv og fostervand
|
12 måneder
|
|
Statistisk forudsigelsesparameter for hver epigenetisk signatur
Tidsramme: 12 måneder
|
Måling af den statistiske forudsigelsesparameter for hver epigenetisk signatur
|
12 måneder
|
|
Identifikation af en ny epigenetisk signatur i føtale patologier
Tidsramme: 12 måneder
|
Identifikation af epigenetiske nyhedssignaturer af udelukkende patologier forbundet med HYLS1, TCTN3 og FLVCR2 generne
|
12 måneder
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Samarbejdspartnere
Efterforskere
- Studieleder: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publikationer og nyttige links
Den person, der er ansvarlig for at indtaste oplysninger om undersøgelsen, leverer frivilligt disse publikationer. Disse kan handle om alt relateret til undersøgelsen.
Generelle publikationer
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
26. februar 2026
Primær færdiggørelse (Anslået)
26. august 2026
Studieafslutning (Anslået)
26. august 2026
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
20. juni 2024
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
20. juni 2024
Først opslået (Faktiske)
26. juni 2024
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
27. marts 2026
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
24. marts 2026
Sidst verificeret
1. marts 2026
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Nøgleord
Yderligere relevante MeSH-vilkår
- Neurologiske manifestationer
- Sygdomme i nervesystemet
- Genetiske sygdomme, medfødte
- Øjensygdomme
- Øjensygdomme, arvelig
- Otorhinolaryngologiske sygdomme
- Synsforstyrrelser
- Sensationsforstyrrelser
- Abnormiteter, multiple
- Øresygdomme
- Døv-blinde lidelser
- Døvhed
- Høretab
- Hørelidelser
- Blindhed
- Coloboma
- Medfødte, arvelige og neonatale sygdomme og abnormiteter
- Patologiske tilstande, tegn og symptomer
- Tegn og symptomer
- Medfødte abnormiteter
- CHARGE syndrom
- Hydrolethalus Syndrom 1
- Kabuki-syndrom
Andre undersøgelses-id-numre
- APHP231311
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
INGEN
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .