Caracterización y contribución de la metilación del ADN de todo el genoma (epifirmas de metilación del ADN) en enfermedades raras de inicio prenatal (FOETEPISIGN)
24 de marzo de 2026 actualizado por: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Es necesario definir epifirmas de metilación del ADN de referencia a partir del ADN fetal. Las hipótesis son:
- Es posible definir epifirmas de metilación del ADN de referencia a partir del ADN fetal extraído del líquido amniótico o de tejidos congelados recolectados durante el examen post mortem.
- Las epifirmas de metilación del ADN fetal pueden ser diferentes a las epifirmas de metilación del ADN postanal definidas en el ADN extraído de la sangre.
Descripción general del estudio
Estado
Reclutamiento
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Las anomalías congénitas (AC) complican del 3 al 5% de los embarazos y pueden estar asociadas con trastornos genéticos. El diagnóstico de enfermedades genéticas es un desafío médico importante, especialmente durante el embarazo.
Durante las últimas dos décadas, la secuenciación de próxima generación (NGS) ha revolucionado nuestra capacidad para identificar la condición genética asociada con la CA. Durante el embarazo, la secuenciación prenatal del exoma identificó un diagnóstico adicional en alrededor del 30% de los fetos con CA cuando las investigaciones cromosómicas estándar (cariotipo y análisis de microarrays cromosómicos, CMA) no logran proporcionar un diagnóstico.
A pesar de estos importantes avances, alrededor del 40% de las enfermedades raras siguen sin resolverse, incluido entre el 10% y el 15% de los pacientes que albergan variantes de significado incierto (VUS).
Después del nacimiento, se pueden ofrecer análisis funcionales adicionales ("multi-OMICS"), incluidos estudios de metilación del ADN de todo el genoma, para reclasificar VUS.
Las anomalías de la metilación del ADN juegan un papel importante en patologías (trastornos del desarrollo y oncología).
Metilación del ADN Se ha reconocido que las epifirmas, definidas como los patrones acumulativos de metilación del ADN que ocurren en múltiples dinucleótidos CpG en todo el genoma, están estrechamente asociadas con muchos rasgos humanos, incluida la edad, el sexo y el estado de la enfermedad. Recientemente, se han identificado epifirmas de metilación del ADN en la sangre de niños o adultos para varias enfermedades genéticas bien caracterizadas. Sin embargo, estas epifirmas de metilación del ADN posnatales no se pueden utilizar durante el embarazo, porque la metilación del ADN cambia de un tejido a otro y con el tiempo, especialmente durante el desarrollo fetal. Además, los tejidos disponibles durante el embarazo son diferentes a los analizados posnatalmente (sangre).
Tipo de estudio
De observación
Inscripción (Estimado)
63
Contactos y Ubicaciones
Esta sección proporciona los datos de contacto de quienes realizan el estudio e información sobre dónde se lleva a cabo este estudio.
Estudio Contacto
- Nombre: Nelly BRIAND, PhD
- Número de teléfono: 0144381862
- Correo electrónico: nelly.briand@aphp.fr
Copia de seguridad de contactos de estudio
- Nombre: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Número de teléfono: +33 1 42 19 27 96
- Correo electrónico: nicolas.bourgon@aphp.fr
Ubicaciones de estudio
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Paris, Francia, 75015
- Reclutamiento
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
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Contacto:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Número de teléfono: : +33 1 42 19 27 96
- Correo electrónico: nicolas.bourgon@aphp.fr
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Criterios de participación
Los investigadores buscan personas que se ajusten a una determinada descripción, denominada criterio de elegibilidad. Algunos ejemplos de estos criterios son el estado de salud general de una persona o tratamientos previos.
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Niño
- Adulto
Acepta Voluntarios Saludables
Sí
Método de muestreo
Muestra no probabilística
Población de estudio
La población de estudio proviene del Departamento de Medicina Genómica de Enfermedades Raras y del Centro Multidisciplinario de Diagnóstico Prenatal del Hospital Necker-Enfants malades - APHP - GHU Paris Cité.
Los padres firmaron un consentimiento para el almacenamiento y uso de muestras biológicas, indicando que estas muestras tomadas como parte del tratamiento podrían reutilizarse para investigaciones médicas.
Descripción
Criterios de inclusión:
Criterios de inclusión de pacientes:
- Fetos con examen post mortem como parte del diagnóstico etiológico de anomalía del desarrollo dentro del departamento de Medicina Genómica de Enfermedades Raras del Hospital Infantil Necker, y cuyo ADN extraído de pulmón y líquido amniótico está disponible
- O un niño atendido en el departamento de Medicina Genómica para Enfermedades Raras del Necker Children's Hospital, y cuyo ADN extraído de sangre completa esté disponible
- con variación patogénica o probablemente patogénica en un gen que sigue a CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 o FLVCR2
- cuyos padres han dado su consentimiento para las pruebas genéticas moleculares como parte del diagnóstico y la investigación
Controles negativos:
- Fetos con examen post mortem como parte del diagnóstico etiológico de anomalía del desarrollo dentro del departamento de Medicina Genómica de Enfermedades Raras del Hospital Infantil Necker, y cuyo ADN extraído de pulmón y líquido amniótico están disponibles
- O un niño atendido en el departamento de Medicina Genómica para Enfermedades Raras del Necker Children's Hospital, y cuyo ADN extraído de sangre completa esté disponible
- no tiene variación patogénica o probablemente patogénica en un gen posterior a CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 o FLVCR2
- cuyos padres han dado su consentimiento para las pruebas genéticas moleculares como parte del diagnóstico y la investigación
Para todo el mundo:
• Para participantes vivos: No objeción por parte de los titulares de la patria potestad a la reutilización de datos clínicos y muestras biológicas recolectadas y almacenadas en el contexto de la atención (consentimiento de atención).
• Para participantes fallecidos:
- Consentimiento de los titulares de la patria potestad para el uso de las muestras conservadas con fines de investigación, firmado como parte del tratamiento
- No hay mención de oposición a la reutilización de datos clínicos del tratamiento en la historia clínica del paciente.
Criterio de exclusión:
- Denegación de examen post mortem en caso de pérdida fetal
- Rechazo de los padres a las investigaciones moleculares.
Plan de estudios
Esta sección proporciona detalles del plan de estudio, incluido cómo está diseñado el estudio y qué mide el estudio.
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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Paquete de trabajo 1, grupo 1
Pacientes (niños) con síndrome CHARGE
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 1, grupo 2
Controles negativos sanos (niños) emparejados por edad y sexo
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 1, grupo 3
Fetos con síndrome CHARGE
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 1, grupo 4
Fetos sin patología genética.
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 2, grupo 5
Pacientes (niños) con síndrome de KABUKI
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 2, grupo 6
Fetos con síndrome de KABUKI
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 3, grupo 7
Fetos con síndrome de hidroletalo
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 3, grupo 8
Fetos con síndrome de Meckel/OFD IV
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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Paquete de trabajo 3, grupo 9
Fetos con síndrome de Fowler
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El ADN genómico se tratará con bisulfito.
Luego se hibridan 500 ng de ADN procesado en una metilación Infinium de matriz EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, EE. UU.).
Este microarray permite el análisis de aproximadamente 865.000 sitios de metilación en promotores, potenciadores, islas CpG y regiones intergénicas e intragénicas.
Es el chip más utilizado en la literatura, incluyendo casi todas las FIRMAS EPIGENETICAS reportadas en patología humana.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
|---|---|---|
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Firma epigenética asociada a variaciones patogénicas en el gen CHD7 (Síndrome CHARGE)
Periodo de tiempo: 12 meses
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Evidencia de firma epigenética del ADN del tejido fetal en fetos con variación patógena o probablemente patógena
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12 meses
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Firma epigenética asociada a variaciones patogénicas en el gen KMT2D (síndrome de KABUKI)
Periodo de tiempo: 12 meses
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Evidencia de firma epigenética del ADN del tejido fetal en fetos con variación patógena o probablemente patógena
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12 meses
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
|---|---|---|
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Metilación diferencial entre firma epigenética fetal y posnatal.
Periodo de tiempo: 12 meses
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Evidencia de metilación diferencial entre la firma epigenética fetal y posnatal.
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12 meses
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Metilación diferencial entre firmas epigenéticas de tejido y líquido amniótico.
Periodo de tiempo: 12 meses
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Evidencia de metilación diferencial entre firmas epigenéticas de tejido y líquido amniótico
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12 meses
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Parámetro de predicción estadística para cada firma epigenética.
Periodo de tiempo: 12 meses
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Medición del parámetro de predicción estadística para cada firma epigenética.
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12 meses
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Identificación de una nueva firma epigenética en patologías fetales
Periodo de tiempo: 12 meses
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Identificación de nuevas firmas epigenéticas de patologías asociadas exclusivamente a los genes HYLS1, TCTN3 y FLVCR2.
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12 meses
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Colaboradores e Investigadores
Aquí es donde encontrará personas y organizaciones involucradas en este estudio.
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Director de estudio: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publicaciones y enlaces útiles
La persona responsable de ingresar información sobre el estudio proporciona voluntariamente estas publicaciones. Estos pueden ser sobre cualquier cosa relacionada con el estudio.
Publicaciones Generales
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Fechas de registro del estudio
Estas fechas rastrean el progreso del registro del estudio y los envíos de resultados resumidos a ClinicalTrials.gov. Los registros del estudio y los resultados informados son revisados por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) para asegurarse de que cumplan con los estándares de control de calidad específicos antes de publicarlos en el sitio web público.
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
26 de febrero de 2026
Finalización primaria (Estimado)
26 de agosto de 2026
Finalización del estudio (Estimado)
26 de agosto de 2026
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
20 de junio de 2024
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
20 de junio de 2024
Publicado por primera vez (Actual)
26 de junio de 2024
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
27 de marzo de 2026
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
24 de marzo de 2026
Última verificación
1 de marzo de 2026
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
- Manifestaciones neurológicas
- Enfermedades del Sistema Nervioso
- Enfermedades Genéticas Congénitas
- Enfermedades de los ojos
- Enfermedades De Los Ojos Hereditarias
- Enfermedades Otorrinolaringológicas
- Trastornos de la visión
- Trastornos sensoriales
- Anomalías Múltiples
- Enfermedades del oído
- Trastornos sordociegos
- Sordera
- Pérdida de la audición
- Trastornos de la audición
- Ceguera
- Coloboma
- Enfermedades y anomalías congénitas, hereditarias y neonatales
- Condiciones Patológicas, Signos y Síntomas
- Signos y síntomas
- Anomalías congénitas
- Síndrome CHARGE
- Síndrome de Hidroletalus 1
- Síndrome de Kabuki
Otros números de identificación del estudio
- APHP231311
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
NO
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
No
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
No
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