- ICH GCP
- Register voor klinische proeven in de VS.
- Klinische proef NCT06475651
Karakterisering en bijdrage van genoombrede DNA-methylatie (DNA-methylatie-episignaturen) bij zeldzame ziekten met prenataal begin (FOETEPISIGN)
Het is noodzakelijk om referentie-DNA-methylatie-episignaturen te definiëren op basis van foetaal DNA. De hypothesen zijn:
- Het is mogelijk om referentie-DNA-methylatie-episignaturen te definiëren op basis van foetaal DNA dat is geëxtraheerd uit vruchtwater of bevroren weefsel dat is verzameld tijdens het postmortemonderzoek
- Foetale DNA-methylatie-episignaturen kunnen verschillen van postanale DNA-methylatie-episignaturen gedefinieerd op DNA geëxtraheerd uit bloed
Studie Overzicht
Toestand
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
Congenitale afwijkingen (CA) compliceren 3 tot 5% van de zwangerschappen en kunnen in verband worden gebracht met genetische aandoeningen. De diagnose van genetische ziekten is een grote medische uitdaging, vooral tijdens de zwangerschap.
De afgelopen twintig jaar heeft next-generation sequencing (NGS) een revolutie teweeggebracht in ons vermogen om de genetische aandoening die verband houdt met CA te identificeren. Tijdens de zwangerschap identificeerde prenatale exoomsequencing een aanvullende diagnose bij ongeveer 30% van de foetussen met CA wanneer standaard chromosomaal onderzoek (karyotype en chromosomale microarray-analyse, CMA) geen diagnose opleverde.
Ondanks deze grote vooruitgang blijft ongeveer 40% van de zeldzame ziekten onopgelost, waaronder 10-15% van de patiënten met varianten van onzekere betekenis (VUS).
Na de geboorte kunnen aanvullende functionele analyses ("multi-OMICS"), waaronder genoombrede DNA-methylatiestudies, worden aangeboden om VUS opnieuw te classificeren.
DNA-methyleringsafwijkingen spelen een belangrijke rol bij pathologieën (ontwikkelingsstoornissen en oncologie).
DNA-methylatie Episignaturen, gedefinieerd als de cumulatieve DNA-methylatiepatronen die voorkomen bij meerdere CpG-dinucleotiden in het genoom, zijn op ingewikkelde wijze geassocieerd met veel menselijke eigenschappen, waaronder leeftijd, geslacht en ziektestatus. Onlangs zijn DNA-methylatie-episignaturen geïdentificeerd in het bloed van kinderen of volwassenen voor verschillende goed gekarakteriseerde genetische ziekten. Deze postnatale DNA-methylatie-episignaturen kunnen echter niet tijdens de zwangerschap worden gebruikt, omdat DNA-methylatie van het ene weefsel naar het andere en in de loop van de tijd verandert, vooral tijdens de ontwikkeling van de foetus. Bovendien zijn de weefsels die beschikbaar zijn tijdens de zwangerschap anders dan de weefsels die postnataal worden geanalyseerd (bloed).
Studietype
Inschrijving (Geschat)
Contacten en locaties
Studiecontact
- Naam: Nelly BRIAND, PhD
- Telefoonnummer: 0144381862
- E-mail: nelly.briand@aphp.fr
Studie Contact Back-up
- Naam: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefoonnummer: +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
Studie Locaties
-
-
-
Paris, Frankrijk, 75015
- Werving
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Contact:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Telefoonnummer: : +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Kind
- Volwassen
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
De onderzoekspopulatie is afkomstig van de afdeling Genomische Geneeskunde voor Zeldzame Ziekten en het Multidisciplinaire Centrum voor Prenatale Diagnose van het Necker-Enfants malades Ziekenhuis - APHP - GHU Paris Cité.
De ouders ondertekenden een toestemming voor de opslag en het gebruik van biologische monsters, waarin stond dat deze monsters, genomen als onderdeel van de behandeling, hergebruikt konden worden voor medisch onderzoek.
Beschrijving
Inclusiecriteria:
Patiëntinclusiecriteria:
- Foetussen met een postmortemonderzoek als onderdeel van de etiologische diagnose van ontwikkelingsstoornissen op de afdeling Genomische Geneeskunde van Zeldzame Ziekten van het Necker Kinderziekenhuis, en van wie het uit long- en vruchtwater geëxtraheerde DNA beschikbaar is
- OF een kind dat wordt verzorgd op de afdeling Genomische Geneeskunde voor Zeldzame Ziekten van het Necker Kinderziekenhuis en wiens DNA uit volbloed beschikbaar is
- met pathogene of waarschijnlijk pathogene variatie in een gen volgend op CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 of FLVCR2
- wiens ouders hebben ingestemd met moleculair genetisch testen als onderdeel van diagnose en onderzoek
Negatieve controles:
- Foetussen met een postmortemonderzoek als onderdeel van de etiologische diagnose van ontwikkelingsstoornissen op de afdeling Genomische Geneeskunde van Zeldzame Ziekten van het Necker Kinderziekenhuis, en wier DNA geëxtraheerd uit long- en vruchtwater beschikbaar is
- OF een kind dat wordt verzorgd op de afdeling Genomische Geneeskunde voor Zeldzame Ziekten van het Necker Kinderziekenhuis en wiens DNA uit volbloed beschikbaar is
- heeft geen pathogene of waarschijnlijk pathogene variatie in een gen volgend op CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 of FLVCR2
- wiens ouders hebben ingestemd met moleculair genetisch testen als onderdeel van diagnose en onderzoek
Voor iedereen:
• Voor levende deelnemers: Geen bezwaar van houders van ouderlijk gezag tegen het hergebruik van klinische gegevens en biologische monsters die zijn verzameld en opgeslagen in het kader van de zorg (toestemming van zorg).
• Voor overleden deelnemers:
- Toestemming van de houders van het ouderlijk gezag voor het gebruik van de bewaarde monsters voor onderzoeksdoeleinden, ondertekend als onderdeel van de behandeling
- Geen melding gemaakt van verzet tegen hergebruik van klinische gegevens uit de behandeling in het medisch dossier van de patiënt
Uitsluitingscriteria:
- Weigering van postmortemonderzoek in geval van verlies van de foetus
- Weigering van ouders om moleculair onderzoek te doen
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Werkpakket 1, groep 1
Patiënten (kinderen) met CHARGE-syndroom
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 1, groep 2
Gezonde negatieve controles (kinderen) kwamen overeen op basis van leeftijd en geslacht
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 1, groep 3
Foetussen met CHARGE-syndroom
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 1, groep 4
Foetussen zonder genetische pathologie
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 2, groep 5
Patiënten (kinderen) met het KABUKI-syndroom
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 2, groep 6
Foetussen met het KABUKI-syndroom
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 3, groep 7
Foetussen met het hydrolethalussyndroom
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 3, groep 8
Foetussen met het Meckel/OFD IV-syndroom
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
|
Werkpakket 3, groep 9
Foetussen met het Fowler-syndroom
|
Genomisch DNA zal worden behandeld met bisulfiet.
500 ng verwerkt DNA wordt vervolgens gehybriseerd op een EPICv2-array Infinium-methylatie (Illumina, San Diego, CA, VS).
Deze microarray maakt de analyse mogelijk van ongeveer 865.000 methyleringsplaatsen op promoters, versterkers, CpG-eilanden, intergene en intragene regio's.
Het is de meest gebruikte chip in de literatuur en omvat bijna alle EPIGENETISCHE HANDTEKENINGEN die in de menselijke pathologie zijn gerapporteerd.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Epigenetische signatuur geassocieerd met pathogene variaties in het CHD7-gen (CHARGE-syndroom)
Tijdsspanne: 12 maanden
|
Bewijs van epigenetische signatuur van foetaal weefsel-DNA bij foetussen met pathogene of waarschijnlijk pathogene variatie
|
12 maanden
|
|
Epigenetische signatuur geassocieerd met pathogene variaties in het KMT2D-gen (KABUKI-syndroom)
Tijdsspanne: 12 maanden
|
Bewijs van epigenetische signatuur van foetaal weefsel-DNA bij foetussen met pathogene of waarschijnlijk pathogene variatie
|
12 maanden
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Differentiële methylatie tussen foetale en postnatale epigenetische signatuur
Tijdsspanne: 12 maanden
|
Bewijs van differentiële methylatie tussen foetale en postnatale epigenetische signatuur
|
12 maanden
|
|
Differentiële methylatie tussen epigenetische handtekeningen van weefsel en vruchtwater
Tijdsspanne: 12 maanden
|
Bewijs van differentiële methylatie tussen epigenetische handtekeningen van weefsel en vruchtwater
|
12 maanden
|
|
Statistische voorspellingsparameter voor elke epigenetische signatuur
Tijdsspanne: 12 maanden
|
Meting van de statistische voorspellingsparameter voor elke epigenetische signatuur
|
12 maanden
|
|
Identificatie van een nieuwe epigenetische signatuur in foetale pathologieën
Tijdsspanne: 12 maanden
|
Identificatie van nieuws-epigenetische handtekeningen van uitsluitend pathologieën geassocieerd met de HYLS1-, TCTN3- en FLVCR2-genen
|
12 maanden
|
Medewerkers en onderzoekers
Medewerkers
Onderzoekers
- Studie directeur: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publicaties en nuttige links
Algemene publicaties
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Geschat)
Studie voltooiing (Geschat)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
- Neurologische manifestaties
- Ziekten van het zenuwstelsel
- Genetische ziekten, aangeboren
- Oogziekten
- Oogziekten, Erfelijk
- KNO-ziekten
- Gezichtsstoornissen
- Sensatiestoornissen
- Afwijkingen, meerdere
- Oor Ziekten
- Doofblinde aandoeningen
- Doofheid
- Gehoorverlies
- Gehoorstoornissen
- Blindheid
- Coloboom
- Aangeboren, erfelijke en neonatale ziekten en afwijkingen
- Pathologische aandoeningen, tekenen en symptomen
- Tekenen en symptomen
- Aangeboren afwijkingen
- CHARGE-syndroom
- Hydrolethalussyndroom 1
- Kabuki-syndroom
Andere studie-ID-nummers
- APHP231311
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .