Charakterystyka i udział metylacji DNA obejmującego cały genom (episatury metylacji DNA) w rzadkich chorobach rozpoczynających się w okresie prenatalnym (FOETEPISIGN)
24 marca 2026 zaktualizowane przez: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Konieczne jest zdefiniowanie referencyjnych episygnatur metylacji DNA z płodowego DNA. Hipotezy są następujące:
- Możliwe jest zdefiniowanie referencyjnych episygnatur metylacji DNA z płodowego DNA wyekstrahowanego z płynu owodniowego lub zamrożonych tkanek pobranych podczas sekcji zwłok
- Episygnatury metylacji DNA płodu mogą różnić się od episygnatur metylacji DNA płodu zdefiniowanych na DNA ekstrahowanym z krwi
Przegląd badań
Status
Rekrutacyjny
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Wady wrodzone (CA) wikłają od 3 do 5% ciąż i mogą być związane z chorobami genetycznymi. Diagnostyka chorób genetycznych stanowi duże wyzwanie medyczne, szczególnie w czasie ciąży.
W ciągu ostatnich dwudziestu lat sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) zrewolucjonizowało naszą zdolność do identyfikacji stanu genetycznego związanego z CA. Podczas ciąży prenatalne sekwencjonowanie egzomu umożliwiło postawienie dodatkowego rozpoznania u około 30% płodów z CA, gdy standardowe badania chromosomalne (analiza kariotypu i mikromacierzy chromosomowych, CMA) nie pozwoliły na postawienie diagnozy.
Pomimo tych znaczących postępów około 40% rzadkich chorób pozostaje nierozwiązanych, w tym u 10–15% pacjentów występują warianty o niepewnym znaczeniu (VUS).
Po urodzeniu można zaproponować dodatkowe analizy funkcjonalne („multi-OMICS”), w tym badania metylacji DNA całego genomu, w celu zmiany klasyfikacji VUS.
Anomalie metylacji DNA odgrywają ważną rolę w patologiach (zaburzeniach rozwojowych i onkologii).
Stwierdzono, że metylacja DNA Episygnatury, zdefiniowane jako skumulowane wzorce metylacji DNA występujące przy wielu dinukleotydach CpG w całym genomie, są ściśle powiązane z wieloma cechami ludzkimi, w tym wiekiem, płcią i stanem chorobowym. Niedawno we krwi dzieci i dorosłych zidentyfikowano episygnatury metylacji DNA w przypadku kilku dobrze scharakteryzowanych chorób genetycznych. Jednakże tych poporodowych episygnatur metylacji DNA nie można stosować w czasie ciąży, ponieważ metylacja DNA zmienia się w różnych tkankach i w czasie, zwłaszcza podczas rozwoju płodu. Ponadto tkanki dostępne w czasie ciąży różnią się od tych analizowanych po urodzeniu (krew).
Typ studiów
Obserwacyjny
Zapisy (Szacowany)
63
Kontakty i lokalizacje
Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Nelly BRIAND, PhD
- Numer telefonu: 0144381862
- E-mail: nelly.briand@aphp.fr
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Numer telefonu: +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
Lokalizacje studiów
-
-
-
Paris, Francja, 75015
- Rekrutacyjny
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Kontakt:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Numer telefonu: : +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Kryteria uczestnictwa
Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Tak
Metoda próbkowania
Próbka bez prawdopodobieństwa
Badana populacja
Badana populacja pochodzi z Oddziału Medycyny Genomicznej Chorób Rzadkich i Multidyscyplinarnego Centrum Diagnostyki Prenatalnej Szpitala Necker-Enfants Malades – APHP – GHU Paris Cité.
Rodzice podpisali zgodę na przechowywanie i wykorzystanie próbek biologicznych, stwierdzając, że próbki te pobrane w ramach leczenia mogą zostać ponownie wykorzystane do badań medycznych.
Opis
Kryteria przyjęcia:
Kryteria włączenia pacjenta:
- Płody poddane badaniu pośmiertnemu w ramach diagnostyki etiologicznej nieprawidłowości rozwojowych na oddziale medycyny genomicznej chorób rzadkich szpitala dziecięcego Necker, których DNA pobrane z płuc i płynu owodniowego jest dostępne
- LUB dziecko objęte opieką na oddziale medycyny genomicznej chorób rzadkich szpitala dziecięcego Necker, którego DNA pobrane z krwi pełnej jest dostępne
- z patogenną lub prawdopodobnie patogenną zmiennością genu po CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 lub FLVCR2
- których rodzice wyrazili zgodę na molekularne badania genetyczne w ramach diagnostyki i badań
Kontrole negatywne:
- Płody poddane badaniu pośmiertnemu w ramach diagnostyki etiologicznej nieprawidłowości rozwojowych na oddziale medycyny genomicznej chorób rzadkich szpitala dziecięcego Necker, których DNA wyekstrahowane z płuc i płynu owodniowego jest dostępne
- LUB dziecko objęte opieką na oddziale medycyny genomicznej chorób rzadkich szpitala dziecięcego Necker, którego DNA pobrane z krwi pełnej jest dostępne
- nie ma patogennej lub prawdopodobnie patogennej zmienności w genie po CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 lub FLVCR2
- których rodzice wyrazili zgodę na molekularne badania genetyczne w ramach diagnostyki i badań
Dla wszystkich:
• W przypadku żyjących uczestników: Brak sprzeciwu osób posiadających władzę rodzicielską wobec ponownego wykorzystania danych klinicznych i próbek biologicznych zebranych i przechowywanych w kontekście opieki (zgoda na opiekę).
• Za zmarłych uczestników:
- Zgoda osób sprawujących władzę rodzicielską na wykorzystanie próbek pobranych do celów badawczych, podpisana w ramach zabiegu
- Brak wzmianki o sprzeciwie wobec ponownego wykorzystania danych klinicznych z leczenia w dokumentacji medycznej pacjenta
Kryteria wyłączenia:
- Odmowa przeprowadzenia sekcji zwłok w przypadku utraty płodu
- Odmowa rodziców badań molekularnych
Plan studiów
Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Pakiet roboczy 1, grupa 1
Pacjenci (dzieci) z zespołem CHARGE
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 1, grupa 2
Zdrowe kontrole negatywne (dzieci) dopasowane pod względem wieku i płci
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 1, grupa 3
Płody z zespołem CHARGE
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 1, grupa 4
Płody bez patologii genetycznej
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 2, grupa 5
Pacjenci (dzieci) z zespołem KABUKI
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 2, grupa 6
Płody z zespołem KABUKI
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 3, grupa 7
Płody z zespołem wodniaka
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 3, grupa 8
Płody z zespołem Meckela/OFD IV
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
|
Pakiet roboczy 3, grupa 9
Płody z zespołem Fowlera
|
Genomowy DNA będzie traktowany wodorosiarczynem.
500 ng przetworzonego DNA następnie hybrydyzuje się na matrycy EPICv2 Infinium metylation (Illumina, San Diego, Kalifornia, USA).
Ta mikromacierz umożliwia analizę około 865 000 miejsc metylacji w promotorach, wzmacniaczach, wyspach CpG, regionach międzygenowych i wewnątrzgenowych.
Jest to najczęściej stosowany chip w literaturze, obejmujący prawie wszystkie sygnatury epigenetyczne opisane w patologii człowieka.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Sygnatura epigenetyczna związana z patogennymi zmianami w genie CHD7 (zespół CHARGE)
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Dowody sygnatury epigenetycznej z DNA tkanki płodowej u płodów ze zmiennością patogenną lub prawdopodobnie patogenną
|
12 miesięcy
|
|
Sygnatura epigenetyczna związana z patogennymi zmianami w genie KMT2D (zespół KABUKI)
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Dowody sygnatury epigenetycznej z DNA tkanki płodowej u płodów ze zmiennością patogenną lub prawdopodobnie patogenną
|
12 miesięcy
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Różnicowa metylacja między sygnaturą epigenetyczną płodu i pourodzeniową
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Dowody na zróżnicowaną metylację między płodową a poporodową sygnaturą epigenetyczną
|
12 miesięcy
|
|
Różnicowa metylacja między sygnaturami epigenetycznymi tkanki i płynu owodniowego
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Dowody na zróżnicowaną metylację między sygnaturami epigenetycznymi tkanki i płynu owodniowego
|
12 miesięcy
|
|
Statystyczny parametr przewidywania dla każdej sygnatury epigenetycznej
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Pomiar parametru przewidywania statystycznego dla każdej sygnatury epigenetycznej
|
12 miesięcy
|
|
Identyfikacja nowej sygnatury epigenetycznej w patologiach płodu
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Identyfikacja nowych sygnatur epigenetycznych wyłącznie patologii związanych z genami HYLS1, TCTN3 i FLVCR2
|
12 miesięcy
|
Współpracownicy i badacze
Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.
Współpracownicy
Śledczy
- Dyrektor Studium: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publikacje i pomocne linki
Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.
Publikacje ogólne
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Daty zapisu na studia
Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
26 lutego 2026
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
26 sierpnia 2026
Ukończenie studiów (Szacowany)
26 sierpnia 2026
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
20 czerwca 2024
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
20 czerwca 2024
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
26 czerwca 2024
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
27 marca 2026
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
24 marca 2026
Ostatnia weryfikacja
1 marca 2026
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
- Objawy neurologiczne
- Choroby Układu Nerwowego
- Choroby genetyczne, wrodzone
- Choroby oczu
- Choroby oczu, dziedziczne
- Choroby otorynolaryngologiczne
- Zaburzenia widzenia
- Zaburzenia czucia
- Nieprawidłowości, mnogość
- Choroby uszu
- Zaburzenia głuchoniewidome
- Głuchota
- Utrata słuchu
- Zaburzenia słuchu
- Ślepota
- Coloboma
- Wrodzone, dziedziczne i noworodkowe choroby i nieprawidłowości
- Stany patologiczne, oznaki i objawy
- Objawy i symptomy
- Wady wrodzone
- Syndrom CHARGE'a
- Zespół hydroletalny 1
- Zespół Kabuki
Inne numery identyfikacyjne badania
- APHP231311
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
NIE
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Nie
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .