Caratterizzazione e contributo della metilazione del DNA dell'intero genoma (epifirme della metilazione del DNA) nelle malattie rare ad esordio prenatale (FOETEPISIGN)
24 marzo 2026 aggiornato da: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
È necessario definire le epifirme di metilazione del DNA di riferimento dal DNA fetale. Le ipotesi sono:
- È possibile definire episignature di metilazione del DNA di riferimento dal DNA fetale estratto dal liquido amniotico o dai tessuti congelati raccolti durante l'esame post-mortem
- Le epifirme di metilazione del DNA fetale possono essere diverse dalle epifirme di metilazione del DNA postanale definite sul DNA estratto dal sangue
Panoramica dello studio
Stato
Reclutamento
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Le anomalie congenite (CA) complicano il 3-5% delle gravidanze e possono essere associate a malattie genetiche. La diagnosi delle malattie genetiche rappresenta una sfida medica importante, soprattutto durante la gravidanza.
Negli ultimi due decenni, il sequenziamento di nuova generazione (NGS) ha rivoluzionato la nostra capacità di identificare la condizione genetica associata alla CA. Durante la gravidanza, il sequenziamento dell'esoma prenatale ha identificato una diagnosi aggiuntiva in circa il 30% dei feti affetti da CA quando le indagini cromosomiche standard (analisi del cariotipo e dei microarray cromosomici, CMA) non riescono a fornire una diagnosi.
Nonostante questi importanti progressi, circa il 40% delle malattie rare rimane irrisolto, compreso il 10-15% dei pazienti che presentano varianti di significato incerto (VUS).
Dopo la nascita, possono essere offerte ulteriori analisi funzionali ("multi-OMICS"), inclusi studi di metilazione del DNA sull'intero genoma, per riclassificare il VUS.
Le anomalie della metilazione del DNA svolgono un ruolo importante nelle patologie (disturbi dello sviluppo e oncologia).
Metilazione del DNA È stato riconosciuto che le episignature, definite come modelli cumulativi di metilazione del DNA che si verificano in più dinucleotidi CpG attraverso il genoma, sono strettamente associate a molti tratti umani, tra cui età, sesso e stato di malattia. Recentemente, nel sangue di bambini o adulti sono state identificate tracce di metilazione del DNA per diverse malattie genetiche ben caratterizzate. Tuttavia, queste epifirme di metilazione del DNA postnatale non possono essere utilizzate durante la gravidanza, perché la metilazione del DNA cambia da un tessuto all'altro e nel tempo, soprattutto durante lo sviluppo fetale. Inoltre, i tessuti disponibili durante la gravidanza sono diversi da quelli analizzati dopo la nascita (sangue).
Tipo di studio
Osservativo
Iscrizione (Stimato)
63
Contatti e Sedi
Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.
Contatto studio
- Nome: Nelly BRIAND, PhD
- Numero di telefono: 0144381862
- Email: nelly.briand@aphp.fr
Backup dei contatti dello studio
- Nome: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Numero di telefono: +33 1 42 19 27 96
- Email: nicolas.bourgon@aphp.fr
Luoghi di studio
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-
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Paris, Francia, 75015
- Reclutamento
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
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Contatto:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Numero di telefono: : +33 1 42 19 27 96
- Email: nicolas.bourgon@aphp.fr
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Criteri di partecipazione
I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Bambino
- Adulto
Accetta volontari sani
Sì
Metodo di campionamento
Campione non probabilistico
Popolazione di studio
La popolazione dello studio proviene dal Dipartimento di Medicina Genomica per le Malattie Rare e dal Centro Multidisciplinare di Diagnosi Prenatale dell'Ospedale Necker-Enfants malades - APHP - GHU Paris Cité.
I genitori hanno firmato un consenso alla conservazione e all'utilizzo dei campioni biologici, affermando che questi campioni prelevati nell'ambito del trattamento potrebbero essere riutilizzati per la ricerca medica.
Descrizione
Criterio di inclusione:
Criteri di inclusione dei pazienti:
- Feti con esame autoptico nell'ambito della diagnosi eziologica di anomalie dello sviluppo presso il reparto di Medicina Genomica delle Malattie Rare dell'Ospedale Pediatrico Necker e di cui è disponibile il DNA estratto dal polmone e dal liquido amniotico
- OPPURE un bambino curato nel reparto di Medicina Genomica per le Malattie Rare dell'Ospedale Pediatrico Necker e di cui è disponibile il DNA estratto dal sangue intero
- con variazione patogena o probabilmente patogena in un gene che segue CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 o FLVCR2
- i cui genitori hanno acconsentito ai test genetici molecolari come parte della diagnosi e della ricerca
Controlli negativi:
- Feti con esame autoptico nell'ambito della diagnosi eziologica di anomalie dello sviluppo presso il dipartimento di Medicina Genomica delle Malattie Rare dell'Ospedale Pediatrico Necker e il cui DNA estratto dal polmone e dal liquido amniotico è disponibile
- OPPURE un bambino curato nel reparto di Medicina Genomica per le Malattie Rare dell'Ospedale Pediatrico Necker e di cui è disponibile il DNA estratto dal sangue intero
- non presenta variazioni patogene o probabilmente patogene in un gene che segue CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 o FLVCR2
- i cui genitori hanno acconsentito ai test genetici molecolari come parte della diagnosi e della ricerca
Per tutti:
• Per i partecipanti viventi: Non opposizione da parte dei titolari della potestà genitoriale al riutilizzo dei dati clinici e dei campioni biologici raccolti e conservati nel contesto delle cure (consenso alle cure).
• Per i partecipanti deceduti:
- Consenso dei titolari della potestà genitoriale all'utilizzo dei campioni conservati per scopi di ricerca, sottoscritto nell'ambito del trattamento
- Nessuna menzione di opposizione al riutilizzo dei dati clinici del trattamento nella cartella clinica del paziente
Criteri di esclusione:
- Rifiuto dell'autopsia in caso di perdita del feto
- Rifiuto dei genitori alle indagini molecolari
Piano di studio
Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
Intervento / Trattamento |
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Pacchetto di lavoro 1, gruppo 1
Pazienti (bambini) con sindrome CHARGE
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 1, gruppo 2
Controlli negativi sani (bambini) abbinati per età e sesso
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 1, gruppo 3
Feti con sindrome CHARGE
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 1, gruppo 4
Feti senza patologia genetica
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 2, gruppo 5
Pazienti (bambini) con sindrome KABUKI
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 2, gruppo 6
Feti con sindrome di KABUKI
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 3, gruppo 7
Feti con sindrome dell'idroletalo
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 3, gruppo 8
Feti con sindrome di Meckel/OFD IV
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Pacchetto di lavoro 3, gruppo 9
Feti con sindrome di Fowler
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Il DNA genomico sarà trattato con bisolfito.
500 ng di DNA processato vengono quindi ibridati su una metilazione Infinium dell'array EPICv2 (Illumina, San Diego, CA, USA).
Questo microarray consente l'analisi di circa 865.000 siti di metilazione in promotori, potenziatori, isole CpG, regioni intergeniche e intrageniche.
È il chip più utilizzato in letteratura, comprendendo la quasi totalità delle FIRME EPIGENETICHE riportate nella patologia umana.
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Firma epigenetica associata a variazioni patogene nel gene CHD7 (sindrome CHARGE)
Lasso di tempo: 12 mesi
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Prova della firma epigenetica dal DNA del tessuto fetale in feti con variazione patogena o probabilmente patogena
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12 mesi
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Firma epigenetica associata a variazioni patogene nel gene KMT2D (sindrome KABUKI)
Lasso di tempo: 12 mesi
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Prova della firma epigenetica dal DNA del tessuto fetale in feti con variazione patogena o probabilmente patogena
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12 mesi
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Metilazione differenziale tra firma epigenetica fetale e postnatale
Lasso di tempo: 12 mesi
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Prova di metilazione differenziale tra firma epigenetica fetale e postnatale
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12 mesi
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Metilazione differenziale tra firme epigenetiche del tessuto e del liquido amniotico
Lasso di tempo: 12 mesi
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Prova di metilazione differenziale tra firme epigenetiche del tessuto e del liquido amniotico
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12 mesi
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Parametro di previsione statistica per ciascuna firma epigenetica
Lasso di tempo: 12 mesi
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Misurazione del parametro di previsione statistica per ciascuna firma epigenetica
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12 mesi
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Identificazione di una nuova firma epigenetica nelle patologie fetali
Lasso di tempo: 12 mesi
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Identificazione di nuove firme epigenetiche di patologie esclusivamente associate ai geni HYLS1, TCTN3 e FLVCR2
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12 mesi
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Collaboratori e investigatori
Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.
Collaboratori
Investigatori
- Direttore dello studio: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Pubblicazioni e link utili
La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.
Pubblicazioni generali
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Studiare le date dei record
Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
26 febbraio 2026
Completamento primario (Stimato)
26 agosto 2026
Completamento dello studio (Stimato)
26 agosto 2026
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
20 giugno 2024
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
20 giugno 2024
Primo Inserito (Effettivo)
26 giugno 2024
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
27 marzo 2026
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
24 marzo 2026
Ultimo verificato
1 marzo 2026
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
- Manifestazioni neurologiche
- Malattie del sistema nervoso
- Malattie genetiche, congenite
- Malattie degli occhi
- Malattie degli occhi, ereditarie
- Malattie otorinolaringoiatriche
- Disturbi della vista
- Disturbi della sensibilità
- Anomalie multiple
- Malattie dell'orecchio
- Disturbi sordo-ciechi
- Sordità
- Perdita dell'udito
- Disturbi dell'udito
- Cecità
- Coloboma
- Malattie e anomalie congenite, ereditarie e neonatali
- Condizioni patologiche, segni e sintomi
- Segni e sintomi
- Anomalie congenite
- Sindrome da CARICA
- Sindrome di Hydrolethalus 1
- Sindrome di Kabuki
Altri numeri di identificazione dello studio
- APHP231311
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?
NO
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
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