Genominlaajuisen DNA-metylaation (DNA-metylaatioepisignatuurit) karakterisointi ja vaikutus harvinaisissa synnytystä edeltävissä sairauksissa (FOETEPISIGN)
tiistai 24. maaliskuuta 2026 päivittänyt: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Sikiön DNA:sta on määriteltävä viite-DNA-metylaatioepisignatuurit. Hypoteesit ovat:
- On mahdollista määrittää viite-DNA-metylaatioepisignatuurit sikiön DNA:sta, joka on uutettu lapsivedestä tai jäädytetyistä kudoksista, jotka on kerätty post mortem -tutkimuksen aikana
- Sikiön DNA:n metylaatiomerkinnät voivat olla erilaisia kuin verestä uutetussa DNA:ssa määritellyt postanaaaliset DNA-metylaatiomerkinnät
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Synnynnäiset epämuodostumat (CA) vaikeuttavat 3–5 % raskauksista ja voivat liittyä geneettisiin häiriöihin. Geneettisten sairauksien diagnosointi on suuri lääketieteellinen haaste varsinkin raskauden aikana.
Kahden viime vuosikymmenen aikana seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) on mullistanut kykymme tunnistaa CA:han liittyvä geneettinen tila. Raskauden aikana synnytystä edeltävä eksomin sekvensointi tunnisti lisädiagnoosin noin 30 %:lla CA:ta sairastavista sikiöistä, kun tavanomaiset kromosomitutkimukset (karyotyyppi- ja kromosomimikrosiruanalyysi, CMA) eivät tuottaneet diagnoosia.
Näistä merkittävistä edistysaskeleista huolimatta noin 40 prosenttia harvinaisista sairauksista on edelleen ratkaisematta, mukaan lukien 10–15 prosenttia potilaista, joilla on epävarman merkityksen muunnelmia (VUS).
Syntymän jälkeen voidaan tarjota lisätoiminnallisia analyysejä ("multi-OMICS"), mukaan lukien genominlaajuiset DNA-metylaatiotutkimukset, jotta VUS voidaan luokitella uudelleen.
DNA-metylaatiohäiriöillä on tärkeä rooli patologioissa (kehityshäiriöissä ja onkologiassa).
DNA-metylaatio Episignatuurit, jotka määritellään kumulatiivisiksi DNA-metylaatiokuvioksi, joita esiintyy useissa CpG-dinukleotideissa genomissa, on havaittu liittyvän monimutkaisesti moniin ihmisen ominaisuuksiin, mukaan lukien ikä, sukupuoli ja sairauden tila. Viime aikoina lasten tai aikuisten verestä on tunnistettu DNA-metylaatioepisignatuureja useiden hyvin karakterisoitujen geneettisten sairauksien vuoksi. Näitä postnataalisia DNA-metylaatioepisignatuureja ei kuitenkaan voida käyttää raskauden aikana, koska DNA-metylaatio muuttuu kudoksesta toiseen ja ajan kuluessa, erityisesti sikiön kehityksen aikana. Lisäksi raskauden aikana saatavilla olevat kudokset eroavat synnytyksen jälkeen analysoiduista (veri).
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
63
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Nelly BRIAND, PhD
- Puhelinnumero: 0144381862
- Sähköposti: nelly.briand@aphp.fr
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Puhelinnumero: +33 1 42 19 27 96
- Sähköposti: nicolas.bourgon@aphp.fr
Opiskelupaikat
-
-
-
Paris, Ranska, 75015
- Rekrytointi
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Ottaa yhteyttä:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Puhelinnumero: : +33 1 42 19 27 96
- Sähköposti: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Tutkimuspopulaatio on peräisin harvinaisten sairauksien genomisen lääketieteen osastolta ja Necker-Enfantsin sairaalan synnytystä edeltävästä diagnosointikeskuksesta - APHP - GHU Paris Cité.
Vanhemmat allekirjoittivat suostumuksen biologisten näytteiden säilytykseen ja käyttöön, jossa todettiin, että osana hoitoa otetut näytteet voidaan käyttää uudelleen lääketieteelliseen tutkimukseen.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
Potilaan osallistumiskriteerit:
- Sikiöt, joille on tehty post mortem -tutkimus osana kehityshäiriön etiologista diagnoosia Neckerin lastensairaalan harvinaisten sairauksien genomisen lääketieteen osastolla ja joiden keuhkoista ja lapsivedestä erotettu DNA on saatavilla
- TAI lapsi, jota hoidetaan Neckerin lastensairaalan genomisen harvinaisten sairauksien osastolla ja jonka kokoverestä erotettu DNA on saatavilla
- jossa on patogeeninen tai todennäköisesti patogeeninen vaihtelu geenissä, joka seuraa CHD7:tä, KMT2D:tä, HYLS1:tä, TCTN3:ta tai FLVCR2:ta
- joiden vanhemmat ovat suostuneet molekyyligeneettiseen testaukseen osana diagnoosia ja tutkimusta
Negatiiviset kontrollit:
- Sikiöt, joille on tehty post mortem -tutkimus osana kehityshäiriön etiologista diagnoosia Neckerin lastensairaalan harvinaisten sairauksien genomisen lääketieteen osastolla ja joiden keuhkoista ja lapsivedestä erotettu DNA on saatavilla
- TAI lapsi, jota hoidetaan Neckerin lastensairaalan genomisen harvinaisten sairauksien osastolla ja jonka kokoverestä erotettu DNA on saatavilla
- sillä ei ole patogeenistä tai todennäköisesti patogeenistä vaihtelua CHD7:n, KMT2D:n, HYLS1:n, TCTN3:n tai FLVCR2:n jälkeisessä geenissä
- joiden vanhemmat ovat suostuneet molekyyligeneettiseen testaukseen osana diagnoosia ja tutkimusta
Kaikille:
• Eläville osallistujille: Vanhempainvallan haltijat eivät vastusta hoidon yhteydessä kerättyjen ja tallennettujen kliinisten tietojen ja biologisten näytteiden uudelleenkäyttöä (hoidon suostumus).
• Kuolleet osallistujat:
- Vanhempainvallan haltijoiden suostumus tutkimustarkoituksiin säilytettyjen näytteiden käyttöön, allekirjoitettu osana hoitoa
- Ei mainintaa potilaan sairauskertomuksessa hoidosta saatujen kliinisten tietojen uudelleenkäytön vastustamisesta
Poissulkemiskriteerit:
- Post mortem -tutkimuksesta kieltäytyminen sikiön menetyksen yhteydessä
- Vanhempien kieltäytyminen molekyylitutkimuksista
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Työpaketti 1, ryhmä 1
Potilaat (lapset), joilla on CHARGE-oireyhtymä
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 1, ryhmä 2
Terveet negatiiviset kontrollit (lapset) iän ja sukupuolen mukaan
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 1, ryhmä 3
Sikiöt, joilla on CHARGE-oireyhtymä
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 1, ryhmä 4
Sikiöt, joilla ei ole geneettistä patologiaa
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 2, ryhmä 5
Potilaat (lapset), joilla on KABUKI-oireyhtymä
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 2, ryhmä 6
Sikiöt, joilla on KABUKI-oireyhtymä
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 3, ryhmä 7
Sikiöt, joilla on hydrolethalus-oireyhtymä
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 3, ryhmä 8
Sikiöt, joilla on Meckel/OFD IV -oireyhtymä
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
|
Työpaketti 3, ryhmä 9
Sikiöt, joilla on Fowlerin oireyhtymä
|
Genominen DNA käsitellään bisulfiitilla.
500 ng prosessoitua DNA:ta hybridisoidaan sitten EPICv2-rivi Infinium-metylaatiolla (Illumina, San Diego, CA, USA).
Tämä mikrosiru mahdollistaa noin 865 000 metylaatiokohdan analysoinnin promoottoreissa, tehostajissa, CpG-saarilla, intergeenisillä ja intrageenisillä alueilla.
Se on kirjallisuudessa laajimmin käytetty siru, mukaan lukien lähes kaikki ihmisen patologiassa raportoidut epigeneettiset merkinnät.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Epigeneettinen allekirjoitus, joka liittyy CHD7-geenin patogeenisiin variaatioihin (CHARGE-oireyhtymä)
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Todisteet epigeneettisestä allekirjoituksesta sikiön kudoksen DNA:sta sikiöissä, joilla on patogeeninen tai todennäköisesti patogeeninen vaihtelu
|
12 kuukautta
|
|
KMT2D-geenin patogeenisiin vaihteluihin liittyvä epigeneettinen allekirjoitus (KABUKI-oireyhtymä)
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Todisteet epigeneettisestä allekirjoituksesta sikiön kudoksen DNA:sta sikiöissä, joilla on patogeeninen tai todennäköisesti patogeeninen vaihtelu
|
12 kuukautta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Differentiaalinen metylaatio sikiön ja postnataalisen epigeneettisen allekirjoituksen välillä
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Todisteet erilaisesta metylaatiosta sikiön ja postnataalisen epigeneettisen allekirjoituksen välillä
|
12 kuukautta
|
|
Differentiaalinen metylaatio kudoksen ja lapsivesien epigeneettisten allekirjoitusten välillä
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Todisteet erilaisesta metylaatiosta kudoksen ja lapsivesien epigeneettisten allekirjoitusten välillä
|
12 kuukautta
|
|
Tilastollinen ennusteparametri jokaiselle epigeneettiselle allekirjoitukselle
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Tilastollisen ennusteparametrin mittaus jokaiselle epigeneettiselle allekirjoitukselle
|
12 kuukautta
|
|
Uuden epigeneettisen allekirjoituksen tunnistaminen sikiön patologioissa
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Yksinomaan HYLS1-, TCTN3- ja FLVCR2-geeneihin liittyvien patologioiden uutisten epigeneettisten allekirjoitusten tunnistaminen
|
12 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Opintojohtaja: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Torstai 26. helmikuuta 2026
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Keskiviikko 26. elokuuta 2026
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Keskiviikko 26. elokuuta 2026
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Torstai 20. kesäkuuta 2024
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Torstai 20. kesäkuuta 2024
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Keskiviikko 26. kesäkuuta 2024
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Perjantai 27. maaliskuuta 2026
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 24. maaliskuuta 2026
Viimeksi vahvistettu
Sunnuntai 1. maaliskuuta 2026
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
- Neurologiset ilmenemismuodot
- Hermoston sairaudet
- Geneettiset sairaudet, synnynnäiset
- Silmäsairaudet
- Silmäsairaudet, perinnölliset
- Otorinolaryngologiset sairaudet
- Näköhäiriöt
- Sensaatiohäiriöt
- Poikkeavuuksia, useita
- Korvan sairaudet
- Kuurosokeat häiriöt
- Kuurous
- Kuulon menetys
- Kuulohäiriöt
- Sokeus
- Coloboma
- Synnynnäiset, perinnölliset ja vastasyntyneiden sairaudet ja poikkeavuudet
- Patologiset tilat, merkit ja oireet
- Merkit ja oireet
- Synnynnäiset poikkeavuudet
- CHARGE-oireyhtymä
- Hydrolethalus-oireyhtymä 1
- Kabuki-oireyhtymä
Muut tutkimustunnusnumerot
- APHP231311
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .