Caracterização e contribuição da metilação do DNA em todo o genoma (epiassinaturas de metilação do DNA) em doenças raras com início pré-natal (FOETEPISIGN)
24 de março de 2026 atualizado por: Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
É necessário definir epiassinaturas de referência de metilação do DNA do DNA fetal. As hipóteses são:
- É possível definir Epiassinaturas de Metilação de DNA de referência a partir de DNA fetal extraído de líquido amniótico ou tecidos congelados coletados durante o exame post mortem
- As epiassinaturas de metilação do DNA fetal podem ser diferentes das epiassinaturas de metilação do DNA pós-anal definidas no DNA extraído do sangue
Visão geral do estudo
Status
Recrutamento
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
As anomalias congênitas (AC) complicam de 3 a 5% das gestações e podem estar associadas a doenças genéticas. O diagnóstico de doenças genéticas é um grande desafio médico, especialmente durante a gravidez.
Nas últimas duas décadas, o sequenciamento de próxima geração (NGS) revolucionou nossa capacidade de identificar a condição genética associada à AC. Durante a gravidez, o sequenciamento pré-natal do exoma identificou um diagnóstico adicional em cerca de 30% dos fetos com CA quando as investigações cromossômicas padrão (cariótipo e análise de microarray cromossômico, CMA) não conseguem fornecer um diagnóstico.
Apesar destes grandes avanços, cerca de 40% das doenças raras permanecem sem solução, incluindo 10-15% dos pacientes que apresentam variantes de significado incerto (VUS).
Após o nascimento, análises funcionais adicionais ("multi-OMICS"), incluindo estudos de metilação do DNA em todo o genoma, podem ser oferecidas para reclassificar VUS.
As anomalias de metilação do DNA desempenham um papel importante em patologias (distúrbios do desenvolvimento e oncologia).
Metilação do DNA As epiassinaturas, definidas como os padrões cumulativos de metilação do DNA que ocorrem em múltiplos dinucleotídeos CpG em todo o genoma, foram reconhecidas como intrinsecamente associadas a muitas características humanas, incluindo idade, sexo e estado da doença. Recentemente, epiassinaturas de metilação do DNA foram identificadas no sangue de crianças ou adultos para várias doenças genéticas bem caracterizadas. No entanto, essas epiassinaturas de metilação do DNA pós-natal não podem ser usadas durante a gravidez, porque a metilação do DNA muda de um tecido para outro e ao longo do tempo, especialmente durante o desenvolvimento fetal. Além disso, os tecidos disponíveis durante a gravidez são diferentes daqueles analisados no pós-natal (sangue).
Tipo de estudo
Observacional
Inscrição (Estimado)
63
Contactos e Locais
Esta seção fornece os detalhes de contato para aqueles que conduzem o estudo e informações sobre onde este estudo está sendo realizado.
Contato de estudo
- Nome: Nelly BRIAND, PhD
- Número de telefone: 0144381862
- E-mail: nelly.briand@aphp.fr
Estude backup de contato
- Nome: Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Número de telefone: +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
Locais de estudo
-
-
-
Paris, França, 75015
- Recrutamento
- Department of Genomic Medicine for Rare Diseases and the Multidisciplinary Center for Prenatal Diagnosis of the Necker-Enfants malades Hospital
-
Contato:
- Nicolas BOURGON, MD, PhD
- Número de telefone: : +33 1 42 19 27 96
- E-mail: nicolas.bourgon@aphp.fr
-
-
Critérios de participação
Os pesquisadores procuram pessoas que se encaixem em uma determinada descrição, chamada de critérios de elegibilidade. Alguns exemplos desses critérios são a condição geral de saúde de uma pessoa ou tratamentos anteriores.
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Filho
- Adulto
Aceita Voluntários Saudáveis
Sim
Método de amostragem
Amostra Não Probabilística
População do estudo
A população do estudo é derivada do Departamento de Medicina Genômica para Doenças Raras e do Centro Multidisciplinar de Diagnóstico Pré-natal do Hospital Necker-Enfants malades - APHP - GHU Paris Cité.
Os pais assinaram um consentimento para o armazenamento e uso de amostras biológicas, afirmando que essas amostras colhidas como parte do tratamento poderiam ser reutilizadas para pesquisas médicas.
Descrição
Critério de inclusão:
Critérios de inclusão de pacientes:
- Fetos com exame post mortem como parte do diagnóstico etiológico de anomalia de desenvolvimento no departamento de Medicina Genômica de Doenças Raras do Hospital Infantil Necker, e cujo DNA extraído do pulmão e do líquido amniótico está disponível
- OU uma criança atendida no departamento de Medicina Genômica para Doenças Raras do Hospital Infantil Necker, e cujo DNA extraído do sangue total esteja disponível
- com variação patogênica ou provavelmente patogênica em um gene após CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 ou FLVCR2
- cujos pais consentiram com testes genéticos moleculares como parte do diagnóstico e pesquisa
Controles negativos:
- Fetos com exame post mortem como parte do diagnóstico etiológico de anomalia de desenvolvimento no departamento de Medicina Genômica de Doenças Raras do Hospital Infantil Necker, e cujo DNA extraído do pulmão e do líquido amniótico está disponível
- OU uma criança atendida no departamento de Medicina Genômica para Doenças Raras do Hospital Infantil Necker, e cujo DNA extraído do sangue total esteja disponível
- não tem variação patogênica ou provavelmente patogênica em um gene após CHD7, KMT2D, HYLS1, TCTN3 ou FLVCR2
- cujos pais consentiram com testes genéticos moleculares como parte do diagnóstico e pesquisa
Para todos:
• Para participantes vivos: Não objeção dos titulares do poder parental à reutilização de dados clínicos e amostras biológicas recolhidas e armazenadas no contexto de cuidados (consentimento de cuidados).
• Para participantes falecidos:
- Consentimento dos titulares do poder parental para a utilização das amostras conservadas para fins de investigação, assinado no âmbito do tratamento
- Não há menção de oposição à reutilização de dados clínicos do tratamento no prontuário do paciente
Critério de exclusão:
- Recusa de exame post mortem em caso de perda fetal
- Recusa dos pais em investigações moleculares
Plano de estudo
Esta seção fornece detalhes do plano de estudo, incluindo como o estudo é projetado e o que o estudo está medindo.
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
|---|---|
|
Pacote de trabalho 1, grupo 1
Pacientes (crianças) com síndrome CHARGE
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 1, grupo 2
Controles negativos saudáveis (crianças) pareados por idade e sexo
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 1, grupo 3
Fetos com síndrome CHARGE
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 1, grupo 4
Fetos sem patologia genética
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 2, grupo 5
Pacientes (crianças) com síndrome de KABUKI
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 2, grupo 6
Fetos com síndrome de KABUKI
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 3, grupo 7
Fetos com síndrome hidroletal
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 3, grupo 8
Fetos com síndrome de Meckel/OFD IV
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
|
Pacote de trabalho 3, grupo 9
Fetos com síndrome de Fowler
|
O DNA genômico será tratado com bissulfito.
500 ng de DNA processado são então hibridizados em uma metilação EPICv2 array Infinium (Illumina, San Diego, CA, EUA).
Este microarranjo permite a análise de aproximadamente 865.000 locais de metilação em promotores, intensificadores, ilhas CpG, regiões intergênicas e intragênicas.
É o chip mais utilizado na literatura, incluindo quase todas as ASSINATURAS EPIGENÉTICAS relatadas em patologia humana.
|
O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
|
Assinatura epigenética associada a variações patogênicas no gene CHD7 (Síndrome CHARGE)
Prazo: 12 meses
|
Evidência de assinatura epigenética do DNA do tecido fetal em fetos com variação patogênica ou provavelmente patogênica
|
12 meses
|
|
Assinatura epigenética associada a variações patogênicas no gene KMT2D (síndrome de KABUKI)
Prazo: 12 meses
|
Evidência de assinatura epigenética do DNA do tecido fetal em fetos com variação patogênica ou provavelmente patogênica
|
12 meses
|
Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
|
Metilação diferencial entre assinatura epigenética fetal e pós-natal
Prazo: 12 meses
|
Evidência de metilação diferencial entre assinatura epigenética fetal e pós-natal
|
12 meses
|
|
Metilação diferencial entre assinaturas epigenéticas de tecido e líquido amniótico
Prazo: 12 meses
|
Evidência de metilação diferencial entre assinaturas epigenéticas de tecido e líquido amniótico
|
12 meses
|
|
Parâmetro de predição estatística para cada assinatura epigenética
Prazo: 12 meses
|
Medição do parâmetro de predição estatística para cada assinatura epigenética
|
12 meses
|
|
Identificação de uma nova assinatura epigenética em patologias fetais
Prazo: 12 meses
|
Identificação de novas assinaturas epigenéticas exclusivamente de patologias associadas aos genes HYLS1, TCTN3 e FLVCR2
|
12 meses
|
Colaboradores e Investigadores
É aqui que você encontrará pessoas e organizações envolvidas com este estudo.
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Diretor de estudo: Manon TESSIER, MD, PhD, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Publicações e links úteis
A pessoa responsável por inserir informações sobre o estudo fornece voluntariamente essas publicações. Estes podem ser sobre qualquer coisa relacionada ao estudo.
Publicações Gerais
- Butcher DT, Cytrynbaum C, Turinsky AL, Siu MT, Inbar-Feigenberg M, Mendoza-Londono R, Chitayat D, Walker S, Machado J, Caluseriu O, Dupuis L, Grafodatskaya D, Reardon W, Gilbert-Dussardier B, Verloes A, Bilan F, Milunsky JM, Basran R, Papsin B, Stockley TL, Scherer SW, Choufani S, Brudno M, Weksberg R. CHARGE and Kabuki Syndromes: Gene-Specific DNA Methylation Signatures Identify Epigenetic Mechanisms Linking These Clinically Overlapping Conditions. Am J Hum Genet. 2017 May 4;100(5):773-788. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.004.
- Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Pedro VP; Groupe DI France; Barat-Houari M, Ruiz-Pallares N, Andrau JC, Lacombe D, Van-Gils J, Fergelot P, Dubourg C, Cormier-Daire V, Rondeau S, Lecoquierre F, Saugier-Veber P, Nicolas G, Lesca G, Chatron N, Sanlaville D, Vitobello A, Faivre L, Thauvin-Robinet C, Laumonnier F, Raynaud M, Alders M, Mannens M, Henneman P, Hennekam RC, Velasco G, Francastel C, Ulveling D, Ciolfi A, Pizzi S, Tartaglia M, Heide S, Heron D, Mignot C, Keren B, Whalen S, Afenjar A, Bienvenu T, Campeau PM, Rousseau J, Levy MA, Brick L, Kozenko M, Balci TB, Siu VM, Stuart A, Kadour M, Masters J, Takano K, Kleefstra T, de Leeuw N, Field M, Shaw M, Gecz J, Ainsworth PJ, Lin H, Rodenhiser DI, Friez MJ, Tedder M, Lee JA, DuPont BR, Stevenson RE, Skinner SA, Schwartz CE, Genevieve D, Sadikovic B. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020 Mar 5;106(3):356-370. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.01.019. Epub 2020 Feb 27.
Datas de registro do estudo
Essas datas acompanham o progresso do registro do estudo e os envios de resumo dos resultados para ClinicalTrials.gov. Os registros do estudo e os resultados relatados são revisados pela National Library of Medicine (NLM) para garantir que atendam aos padrões específicos de controle de qualidade antes de serem publicados no site público.
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
26 de fevereiro de 2026
Conclusão Primária (Estimado)
26 de agosto de 2026
Conclusão do estudo (Estimado)
26 de agosto de 2026
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
20 de junho de 2024
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
20 de junho de 2024
Primeira postagem (Real)
26 de junho de 2024
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
27 de março de 2026
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
24 de março de 2026
Última verificação
1 de março de 2026
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
- Manifestações Neurológicas
- Doenças do Sistema Nervoso
- Doenças Genéticas, Congênitas
- Doenças oculares
- Doenças Oculares, Hereditárias
- Doenças Otorrinolaringológicas
- Distúrbios da Visão
- Distúrbios da Sensação
- Anormalidades, Múltiplas
- Doenças do ouvido
- Transtornos surdo-cegos
- Surdez
- Perda de audição
- Distúrbios da Audição
- Cegueira
- Coloboma
- Doenças e Anormalidades Congênitas, Hereditárias e Neonatais
- Condições Patológicas, Sinais e Sintomas
- Sinais e sintomas
- Anomalias congénitas
- Síndrome de CHARGE
- Síndrome de Hydrolethalus 1
- Síndrome de Kabuki
Outros números de identificação do estudo
- APHP231311
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
NÃO
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Não
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
Não
Essas informações foram obtidas diretamente do site clinicaltrials.gov sem nenhuma alteração. Se você tiver alguma solicitação para alterar, remover ou atualizar os detalhes do seu estudo, entre em contato com register@clinicaltrials.gov. Assim que uma alteração for implementada em clinicaltrials.gov, ela também será atualizada automaticamente em nosso site .