네트워크 의학, 후성 유전학 및 비만 (NEWTON)
비만 정밀 의학의 네트워크 기반 후성유전학연관 연구: NEWTON 임상 시험
연구 개요
상세 설명
모집단 연구는 캄파니아 대학 "Luigi Vanvitelli"에 속한 고급 임상 및 외과 과학과 내과 및 전문의 임상과에서 모집됩니다. 이 연구는 헬싱키 선언에 명시된 원칙에 따라 수행될 것입니다. 비만 피험자 50명(제2형 당뇨병이 있는 비만 피험자 25명 vs 제2형 당뇨병이 없는 비만 피험자 25명)에서 생체 시료의 분해를 피하기 위해 수술 절개 부위에 위치한 피하 지방 조직을 수술 도구를 사용하지 않고 제거합니다. 수술. 대조군(n=50)으로서 스트레스 서혜부 탈장 수술을 받는 심혈관 또는 대사 이상 질환의 임상 병력이 없는 환자의 피하 지방 조직을 모집합니다. 연구 모집단의 임상 및 인구통계학적 특성은 의사가 생성한 데이터 세트에서 사용할 수 있습니다.
조직 샘플에서 게놈 DNA와 전체 RNA가 추출됩니다. 제조사 프로토콜에 따라 DNeasy Blood & Tissue kit(QIAGEN)을 사용하여 Genomic DNA를 추출합니다. 케이스 및 컨트롤에서 동일한 양의 DNA(2µg)로 구성된 풀링된 DNA 샘플은 글로벌 DNA 메틸화 분석을 수행하기 위해 Genomix4Life Genomics 및 Bioinformatics Service로 배송됩니다. 이를 위해 Bisulfite 변환 기술(BBRS-Seq)을 사용하는 Human Methylation 27K BeadChip 플랫폼을 사용할 것입니다. 제조업체 프로토콜에 따라 RNeasy Mini Kit(QIAGEN)을 사용하여 조직에서 총 RNA를 추출합니다. cDNA 라이브러리 준비는 Illumina TruSeq Libraries를 사용하여 총 RNA 4ug부터 시작하여 Illumina HiSeq 2500 NGS 플랫폼에서 높은 적용 범위에서 시퀀싱됩니다. Genomix4Life의 핵산 농도 및 품질 관리는 Nanodrop 분광광도계(Thermo Fisher Scientific) 및 Qubit 분석(Thermo Fisher Scientific) 및 TapeStation 4200(Agilent)을 사용하여 평가됩니다. 가중된 인간 DNA 메틸화 PPI 네트워크(WMPN)는 추정되는 유용한 진단 바이오마커를 식별하기 위해 차등적으로 메틸화된 유전자를 기반으로 두 하위 그룹(비만 및 T2D 대 대조군의 비만)에서 비만 상호작용을 얻기 위해 구성될 것입니다. TargetScan 알고리즘은 전체 게놈 정렬을 기반으로 유전자의 3' untraslated region(UTR)에서 보존된 시드 페어링 영역을 검색하여 동일한 연구 집단에서 miRNA-표적 유전자 쌍을 강력하게 예측하는 데 사용됩니다.
연구 유형
등록 (예상)
참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
연구 대상 성별
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 당뇨병(당뇨병군) 및 비만의 진단을 위한 현행 미국당뇨병협회 가이드라인 충족
- 학습 요구 사항을 준수할 의지와 능력이 있어야 합니다.
- 적절한 정보에 입각한 동의서에 서명하여 연구에 대한 이해와 참여 의사를 표시해야 합니다.
제외 기준:
- 암의 역사
- 악성 질환
- 활성 감염
- 만성 또는 면역 매개 질환
- 외과 적 개입이 필요한 주요 질병
- 합병증 선별 검사를 준수하지 못함
- 18세 미만
- 조사 기간 동안 임신했거나 임신할 계획이 있는 사람
- 기대 수명 <12m
- 현재 다른 임상 조사에 참여 중
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 관찰 모델: 케이스 컨트롤
- 시간 관점: 유망한
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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제어 대상
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추정되는 유용한 임상 바이오마커와 임상적 특징을 연관시키기 위해 생물정보학적 분석과 결합된 후성유전학 도구
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T2D가 있거나 없는 비만 피험자
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추정되는 유용한 임상 바이오마커와 임상적 특징을 연관시키기 위해 생물정보학적 분석과 결합된 후성유전학 도구
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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지방 조직의 DNA 메틸화 패턴
기간: 3 개월
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Bisulfite 변환 기술에 기반한 Methylation 27K BeadChip 플랫폼을 사용하여 미리 선택된 25명의 비만 피험자와 25명의 비만 피험자의 지방 조직에서 DNA 메틸화 프로필을 대조군(n=50)과 비교하여 수행합니다.
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3 개월
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비만 표현형의 기초가 되는 추정 신규 후보 유전자를 예측하기 위한 생물정보학 분석
기간: 6 개월
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네트워크 기반 알고리즘 "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)"은 대조군과 비교하여 비만 환자와 T2D 비만 환자 모두에서 중요한 차별적으로 메틸화된 유전자를 포함하는 질병 모듈을 얻기 위해 메틸롬 데이터에 적용될 것입니다.
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6 개월
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지방 조직의 RNA 시퀀싱 분석
기간: 3 개월
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Illumina HiSeq2000 NGS(Next Generatin Sequencing) 플랫폼을 사용한 RNA 시퀀싱 분석은 대조군과 비교하여 비만 환자 및 T2D 비만 환자 모두에서 차별적으로 발현된 마이크로 RNA 및 mRNA 표적을 식별하기 위해 수행됩니다.
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3 개월
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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추정되는 DNA 메틸화/마이크로RNA 상호작용을 평가하기 위한 ROC 곡선 분석
기간: 12 개월
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비만 하위 그룹을 구별하기 위한 진단 바이오마커로서 추정되는 DNA 메틸화/마이크로RNA 상호작용을 평가하기 위한 ROC 곡선 분석.
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12 개월
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선형 회귀 분석 및 BMI(Kg/m2).
기간: 12 개월
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다양한 soubgroup에서 후생유전학적 바이오마커와 BMI(Kg/m2)의 상관관계를 나타내는 선형 회귀.
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12 개월
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후생유전학적 바이오마커와 전염증성 사이토카인을 연관시키는 선형 회귀
기간: 12 개월
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상이한 soubgroup에서 후생적 바이오마커를 전염증성 사이토카인(TNF-α, IL-6, PCR) 수준과 연관시키기 위한 선형 회귀.
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12 개월
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후생유전학적 바이오마커와 HOMA 지수의 상관관계를 나타내는 선형 회귀
기간: 12 개월
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서로 다른 soubgroup에서 HOMA 지수 혈당(mmol/L) x 인슐린혈증(mUI/L)/ 22.5와 같은 임상 변수와 후생유전학적 바이오마커를 연관시키는 선형 회귀.
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12 개월
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공동 작업자 및 조사자
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (예상)
기본 완료 (예상)
연구 완료 (예상)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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