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Network Medicine, epigenetica e obesità (NEWTON)

17 settembre 2019 aggiornato da: Giuditta Benincasa, University of Campania "Luigi Vanvitelli"

Studio di associazione epigenome-wide basato sulla rete nella medicina di precisione dell'obesità: studio clinico NEWTON

La prevalenza dell'obesità è in aumento e colpisce più di 650 milioni di persone di tutte le età per diventare una delle principali minacce per la salute globale. L'obesità è una sindrome complessa che può compromettere seriamente la salute attraverso un'ampia gamma di complicazioni come malattie cardiovascolari, diabete di tipo 1 e 2 (T1D e T2D), cancro, disturbi muscoloscheletrici, squilibri psicosociali e ridotta qualità della vita, e influisce sul trattamento di altre condizioni. È stato dimostrato che la riduzione del peso ha un effetto positivo su queste comorbilità e può aumentare l'efficacia dei trattamenti specifici per altre comorbilità. La modifica dello stile di vita è parte integrante del percorso di gestione del peso, ma spesso è insufficiente da sola e può essere integrata da trattamenti aggiuntivi farmacologici e chirurgici per ottenere una perdita di peso maggiore e più sostenibile, a seconda dei casi. È probabile che esistano sottogruppi di pazienti più adatti a determinati tipi di trattamento e i risultati rischiano di diluire l'efficacia percepita a meno che questi gruppi non vengano identificati e il trattamento sia personalizzato. Lo scopo di questo progetto è quello di identificare sottogruppi di obesità patofisiologicamente e clinicamente significativi eseguendo approcci di Next Generation Sequencing (NGS) e algoritmi basati su reti che consentiranno l'ottimizzazione della prevenzione e del trattamento dell'obesità e delle sue complicanze.

Panoramica dello studio

Stato

Sconosciuto

Condizioni

Intervento / Trattamento

Descrizione dettagliata

Lo studio di popolazione sarà reclutato presso il Dipartimento Clinico di Medicina Interna e Specialistica, Dipartimento di Scienze Cliniche e Chirurgiche Avanzate dell'Università della Campania "Luigi Vanvitelli". Questo studio sarà condotto secondo i principi delineati nella Dichiarazione di Helsinki. I tessuti adiposi sottocutanei localizzati nell'incisione chirurgica saranno prelevati senza l'uso di dispositivi chirurgici al fine di evitare la degradazione del campione biologico da 50 soggetti obesi (25 soggetti obesi con diabete di tipo 2 vs 25 soggetti obesi senza diabete di tipo 2) sottoposti a bariatrica chirurgia. Come controlli (n=50) recluteremo tessuto adiposo sottocutaneo da pazienti senza una storia clinica di malattie cardiovascolari o dismetaboliche sottoposti a intervento chirurgico per ernia inguinale da stress. Le caratteristiche cliniche e demografiche della popolazione in studio saranno disponibili da set di dati generati dai medici.

Dai campioni di tessuto verrà estratto il DNA genomico e l'RNA totale. Il DNA genomico sarà estratto utilizzando il kit DNeasy Blood & Tissue (QIAGEN), secondo il protocollo del produttore. I campioni di DNA raggruppati costituiti da quantità uguali di DNA (2 µg) provenienti da casi e controlli verranno spediti a Genomix4Life Genomics and Bioinformatics Service, per eseguire un'analisi globale della metilazione del DNA. A tale scopo verrà utilizzata la piattaforma Human Methylation 27K BeadChip utilizzando la tecnologia di conversione Bisulfite (BBRS-Seq). L'RNA totale sarà estratto dai tessuti utilizzando RNeasy Mini Kit (QIAGEN) secondo il protocollo del produttore. La preparazione della libreria di cDNA verrà eseguita a partire da 4 ug di RNA totale utilizzando Illumina TruSeq Libraries e quindi sequenziata ad alta copertura sulla piattaforma Illumina HiSeq 2500 NGS. Le concentrazioni di acido nucleico e il controllo di qualità di Genomix4Life saranno valutati utilizzando lo spettrofotometro Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) e il test Qubit (Thermo Fisher Scientific) e TapeStation 4200 (Agilent). La rete PPI pesata per la metilazione del DNA umano (WMPN) sarà costruita per ottenere un interattoma dell'obesità in entrambi i sottogruppi (obeso e obeso con T2D vs controlli) basato su geni differenzialmente metilati al fine di identificare putativi utili biomarcatori diagnostici. L'algoritmo TargetScan, ricercando le regioni di accoppiamento dei semi conservate nelle regioni 3' non tradotte (UTR) dei geni in base all'allineamento dell'intero genoma, sarà utilizzato per predire in modo robusto le coppie di geni target miRNA dalla stessa popolazione di studio.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Anticipato)

100

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

Da 18 anni a 60 anni (Adulto)

Accetta volontari sani

No

Sessi ammissibili allo studio

Tutto

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

I tessuti adiposi sottocutanei localizzati nell'incisione chirurgica saranno prelevati senza l'uso di dispositivi chirurgici al fine di evitare la degradazione del campione biologico da 50 soggetti obesi (25 soggetti obesi con diabete di tipo 2 vs 25 soggetti obesi senza diabete di tipo 2) sottoposti a bariatrica chirurgia. Come controlli (n=50) recluteremo tessuto adiposo sottocutaneo da pazienti senza una storia clinica di malattie cardiovascolari o dismetaboliche sottoposti a intervento chirurgico per ernia inguinale da stress.

Descrizione

Criterio di inclusione:

  • Soddisfa le attuali linee guida dell'American Diabetes Association per la diagnosi del diabete (gruppo diabetico) e dell'obesità
  • Deve essere disposto e in grado di soddisfare i requisiti di studio
  • Devono indicare la loro comprensione dello studio e la volontà di partecipare firmando un apposito modulo di consenso informato

Criteri di esclusione:

  • Storia del cancro
  • Malattie maligne
  • Infezioni attive
  • Malattie croniche o immunomediate
  • Malattia primaria che richiede un intervento chirurgico
  • Impossibile rispettare lo screening delle complicanze
  • Meno di 18 anni di età
  • Incinta o sta pianificando una gravidanza durante la durata dell'indagine
  • Aspettativa di vita <12 mesi
  • Attualmente partecipa a qualsiasi altra indagine clinica

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Modelli osservazionali: Caso di controllo
  • Prospettive temporali: Prospettiva

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Intervento / Trattamento
soggetti di controllo
Altro: Metiloma del DNA e sequenziamento dell'RNA totale
Strumenti epigenomici combinati con l'analisi bioinformatica per correlare presunti biomarcatori clinici utili con le caratteristiche cliniche
Soggetti obesi con e senza T2D
Altro: Metiloma del DNA e sequenziamento dell'RNA totale
Strumenti epigenomici combinati con l'analisi bioinformatica per correlare presunti biomarcatori clinici utili con le caratteristiche cliniche

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Modello di metilazione del DNA nei tessuti adiposi
Lasso di tempo: 3 mesi
Utilizzando la piattaforma Methylation 27K BeadChip basata sulla tecnologia di conversione Bisulfite, verrà eseguito il profilo di metilazione del DNA nei tessuti adiposi di 25 soggetti obesi preselezionati e 25 soggetti obesi rispetto ai controlli (n=50).
3 mesi
Analisi bioinformatica per prevedere presunti nuovi geni candidati alla base del fenotipo dell'obesità
Lasso di tempo: 6 mesi
L'algoritmo basato sulla rete "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)" sarà applicato ai dati del metiloma al fine di ottenere un modulo di malattia contenente i geni differenzialmente metilati cruciali sia nei pazienti obesi che nei pazienti obesi con T2D rispetto ai controlli.
6 mesi
Analisi del sequenziamento dell'RNA nei tessuti adiposi
Lasso di tempo: 3 mesi
L'analisi del sequenziamento dell'RNA utilizzando la piattaforma Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) sarà eseguita per identificare target di micro-RNA e mRNA espressi in modo differenziato sia nei pazienti obesi che nei pazienti obesi con T2D rispetto ai controlli.
3 mesi

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Analisi delle curve ROC per valutare le presunte interazioni tra metilazione del DNA e microRNA
Lasso di tempo: 12 mesi
Analisi delle curve ROC per valutare le presunte interazioni metilazione del DNA/microRNA come biomarcatori diagnostici per discriminare i sottogruppi di obesità.
12 mesi
Analisi di regressione lineare e BMI (Kg/m2).
Lasso di tempo: 12 mesi
Regressione lineare per correlare biomarcatori epigenetici con BMI (Kg/m2) in diversi sottogruppi.
12 mesi
Regressione lineare per correlare biomarcatori epigenetici con citochine proinfiammatorie
Lasso di tempo: 12 mesi
Regressione lineare per correlare i biomarcatori epigenetici con i livelli di citochine proinfiammatorie (TNF-α, IL-6, PCR) in diversi sottogruppi.
12 mesi
Regressione lineare per correlare i biomarcatori epigenetici con l'indice HOMA
Lasso di tempo: 12 mesi
Regressione lineare per correlare i biomarcatori epigenetici con le variabili cliniche, come l'indice HOMA glicemia (mmol/L) x insulinemia (mUI/L)/22,5, in diversi sottogruppi.
12 mesi

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

University of Campania "Luigi Vanvitelli"

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Anticipato)

1 dicembre 2019

Completamento primario (Anticipato)

1 giugno 2020

Completamento dello studio (Anticipato)

1 giugno 2021

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

31 marzo 2019

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

2 aprile 2019

Primo Inserito (Effettivo)

4 aprile 2019

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

18 settembre 2019

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

17 settembre 2019

Ultimo verificato

1 settembre 2019

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Parole chiave

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • PRIN2017F8ZB89 (Altro numero di sovvenzione/finanziamento: Italian Ministry of University and Research (MIUR))

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

No

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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