Réseau Médecine, Épigénétique et Obésité (NEWTON)
Étude d'association à l'échelle de l'épigénome basée sur le réseau dans la médecine de précision de l'obésité : essai clinique NEWTON
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
L'étude de la population sera recrutée au Département clinique de médecine interne et de spécialistes, Département des sciences cliniques et chirurgicales avancées appartenant à l'Université de Campanie "Luigi Vanvitelli". Cette étude sera réalisée selon les principes énoncés dans la Déclaration d'Helsinki. Les tissus adipeux sous-cutanés situés dans l'incision chirurgicale seront prélevés sans l'utilisation de dispositifs chirurgicaux afin d'éviter la dégradation de l'échantillon biologique de 50 sujets obèses (25 sujets obèses avec diabète de type 2 vs 25 sujets obèses sans diabète de type 2) subissant une bariatrie chirurgie. Comme témoins (n = 50), nous recruterons des tissus adipeux sous-cutanés de patients sans antécédents cliniques de maladies cardiovasculaires ou dysmétaboliques subissant une chirurgie pour hernie inguinale de stress. Les caractéristiques cliniques et démographiques de la population étudiée seront disponibles à partir d'ensembles de données générés par des médecins.
A partir d'échantillons de tissus, l'ADN génomique et l'ARN total seront extraits. L'ADN génomique sera extrait à l'aide du kit DNeasy Blood & Tissue (QIAGEN), conformément au protocole du fabricant. Des échantillons d'ADN regroupés constitués de quantités égales d'ADN (2 µg) provenant de cas et de témoins seront expédiés au service de génomique et de bioinformatique de Genomix4Life, pour effectuer une analyse globale de la méthylation de l'ADN. Pour cela, il sera utilisé la plateforme Human Methylation 27K BeadChip en utilisant la technologie de conversion au bisulfite (BBRS-Seq). L'ARN total sera extrait des tissus à l'aide du kit RNeasy Mini (QIAGEN) conformément au protocole du fabricant. La préparation de la bibliothèque d'ADNc sera effectuée à partir de 4 ug d'ARN total en utilisant les bibliothèques Illumina TruSeq, puis séquencée à haute couverture sur la plateforme Illumina HiSeq 2500 NGS. Les concentrations d'acides nucléiques et le contrôle qualité de Genomix4Life seront évalués à l'aide du spectrophotomètre Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) et du test Qubit (Thermo Fisher Scientific) et de la TapeStation 4200 (Agilent). Le réseau PPI de méthylation de l'ADN humain pondéré (WMPN) sera construit pour obtenir un interactome de l'obésité dans les deux sous-groupes (obèses et obèses avec DT2 vs témoins) basé sur des gènes différentiellement méthylés afin d'identifier des biomarqueurs diagnostiques utiles putatifs. L'algorithme TargetScan, en recherchant les régions d'appariement des graines conservées dans les régions 3' non traduites (UTR) des gènes sur la base de l'alignement du génome entier, sera utilisé pour prédire de manière robuste les paires de gènes miARN-cibles de la même population d'étude.
Type d'étude
Inscription (Anticipé)
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Sexes éligibles pour l'étude
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- Répond aux directives actuelles de l'American Diabetes Association pour le diagnostic du diabète (groupe diabétique) et de l'obésité
- Doit être disposé et capable de se conformer aux exigences de l'étude
- Doit indiquer sa compréhension de l'étude et sa volonté de participer en signant un formulaire de consentement éclairé approprié
Critère d'exclusion:
- Antécédents de cancer
- Troubles malins
- Infections actives
- Maladies chroniques ou à médiation immunitaire
- Maladie primaire nécessitant une intervention chirurgicale
- Incapable de se conformer au dépistage des complications
- Moins de 18 ans
- Enceinte ou envisagez de devenir enceinte pendant la durée de l'enquête
- Espérance de vie <12 m
- Participe actuellement à toute autre investigation clinique
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Cas-témoins
- Perspectives temporelles: Éventuel
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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sujets témoins
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Outils épigénomiques combinés à une analyse bioinformatique pour corréler des biomarqueurs cliniques utiles putatifs avec des caractéristiques cliniques
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Sujets obèses avec et sans DT2
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Outils épigénomiques combinés à une analyse bioinformatique pour corréler des biomarqueurs cliniques utiles putatifs avec des caractéristiques cliniques
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Modèle de méthylation de l'ADN dans les tissus adipeux
Délai: 3 mois
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À l'aide de la plate-forme Methylation 27K BeadChip basée sur la technologie de conversion au bisulfite, le profil de méthylation de l'ADN dans les tissus adipeux de 25 sujets obèses présélectionnés et de 25 sujets obèses respectant les contrôles (n = 50) sera effectué.
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3 mois
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Analyse bioinformatique pour prédire les nouveaux gènes candidats putatifs sous-jacents au phénotype de l'obésité
Délai: 6 mois
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L'algorithme basé sur le réseau "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)" sera appliqué aux données du méthylome afin d'obtenir un module de maladie contenant les gènes cruciaux différentiellement méthylés à la fois chez les patients obèses et les patients obèses atteints de DT2 par rapport aux témoins.
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6 mois
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Analyse de séquençage d'ARN dans les tissus adipeux
Délai: 3 mois
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Une analyse de séquençage d'ARN à l'aide de la plate-forme Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) sera effectuée pour identifier les cibles de micro-ARN et d'ARNm exprimés de manière différentielle chez les patients obèses et les patients obèses atteints de DT2 par rapport aux témoins.
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3 mois
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Analyse des courbes ROC pour évaluer les interactions putatives méthylation de l'ADN/microARN
Délai: 12 mois
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Analyse des courbes ROC pour évaluer les interactions putatives méthylation de l'ADN/microARN comme biomarqueurs diagnostiques pour discriminer les sous-groupes d'obésité.
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12 mois
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Analyse de régression linéaire et IMC (Kg/m2).
Délai: 12 mois
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Régression linéaire pour corréler les biomarqueurs épigénétiques avec l'IMC (Kg/m2) dans différents sous-groupes.
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12 mois
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Régression linéaire pour corréler les biomarqueurs épigénétiques avec les cytokines pro-inflammatoires
Délai: 12 mois
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Régression linéaire pour corréler les biomarqueurs épigénétiques avec les niveaux de cytokines pro-inflammatoires (TNF-α, IL-6, PCR) dans différents sous-groupes.
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12 mois
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Régression linéaire pour corréler les biomarqueurs épigénétiques avec l'indice HOMA
Délai: 12 mois
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Régression linéaire pour corréler les biomarqueurs épigénétiques avec des variables cliniques, telles que l'indice HOMA de la glycémie (mmol/L) x l'insulinémie (mUI/L)/22,5, dans différents sous-groupes.
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12 mois
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Collaborateurs et enquêteurs
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Anticipé)
Achèvement primaire (Anticipé)
Achèvement de l'étude (Anticipé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- PRIN2017F8ZB89 (Autre subvention/numéro de financement: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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